Document de recherche 2012/077
Variation génétique au sein des populations et entre les populations dans l'unité désignable du saumon de l'Atlantique des hautes terres du Sud, région des Maritimes (Salmo salar L.)
Par P. O’Reilly, S. Rafferty et J. Gibson
Résumé
La variation génétique a été examinée sur 17 loci microsatellitaires de 1 039 individus de 11 rivières du bas-plateau sud de la Nouvelle-Écosse et de plusieurs grandes et petites populations de référence venant d'ailleurs au Canada atlantique. Les niveaux de variation génétique au sein d'une population étaient plus faibles dans les échantillons recueillis des rivières du bas-plateau sud que dans ceux recueillis au Nouveau-Brunswick, mais globalement ils étaient semblables à ceux de populations en voie de disparition à l'intérieur de la baie de Fundy ou légèrement plus élevés que ceux-ci. Au sein du bas-plateau sud, les échantillons recueillis dans le sud et le sud-ouest, notamment dans les rivières Salmon (comté de Digby), Tusket et Round Hill étaient génétiquement plus défectueux, le dernier endroit ne présentant que près de la moitié du nombre d'allèles observés dans les échantillons plus variables de la partie nord-est du bas-plateau sud. Selon plusieurs indicateurs, les échantillons recueillis en même temps dans la rivière Medway, le bras est de la rivière St. Mary’s et la rivière Salmon (comté de Guysborough) sont les plus génétiquement variables de tous ceux analysés de l'unité désignable.
Les niveaux de structuration génétique des échantillons recueillis au sein de différentes populations de rivière (à l'exclusion des échantillons au sein de la rivière) du bas-plateau sud variaient d'un FST allant de 0,014 à 0,168, et le FST moyen était de 0,054. Cependant, après l'exclusion des comparaisons comprenant les échantillons très divergents de Round Hill, le FST moyen estimé était de 0,039, taux comparable à ceux d'autres études couvrant des étendues géographiques semblables. De façon générale, le saumon des 11 populations du bas-plateau sud regroupé dans deux grands sous-groupes, représentant la zone de pêche au saumon 21 (rivières Salmon [comté de Digby], Tusket, Medway, LaHave et Gold) et la zone de pêche du pétoncle 20 (rivières Musquodoboit, Moser, St. Mary’s, Salmon [comté de Digby] et Country Harbour). Dans le premier sous-groupe, le regroupement des échantillons recueillis pour les analyses phylogéniques et factorielles de correspondance semble généralement être fonction de la distance à la côte et reflète probablement les effets d'une migration et d'un flux génétique en décroissance avec de petites augmentations dans la distance géographique. Dans le deuxième sous-groupe, les tendances sont plus complexes, avec des échantillons de rivières avoisinantes présentant parfois des niveaux de différenciation élevés. Les échantillons des rivières Musquodoboit et Moser, en particulier, sont relativement différents l'un de l'autre et par rapport aux autres échantillons de ce sous-groupe. Selon les niveaux et les tendances en matière de variation génétique au sein des populations et entre les populations uniquement, les populations des rivières Medway et du bras est de la rivière St. Mary’s ou de la rivière Salmon (comté de Guysborough) pourraient devenir prioritaires en ce qui concerne les efforts de conservation, suivies des populations des rivières Moser et Musquodoboit.
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