Document de recherche 2013/076

Variation génétique au sein des populations et entre les populations du saumon de l’Atlantique (Salmo salar L.) de l'est du Cap-Breton et établissement des populations prioritaires aux fins de conservation

Par P. O’Reilly, S. Rafferty et A.J.F. Gibson

Résumé

La variation génétique a été examinée sur 15 loci microsatellitaires de 798 saumons de l’Atlantique (Salmo salar L.) juvéniles de sept rivières de l'unité désignable de l'est du Cap-Breton et plusieurs rivières de référence ailleurs au Canada atlantique, y compris deux rivières de la côte ouest du Cap-Breton. En général, les niveaux de variation génétique au sein des populations (nombre d'allèles et hétérozygotie prévue) étaient légèrement plus bas chez les saumons de l'est du Cap-Breton que chez les saumons des grandes populations de référence analysées, mais les différences n'étaient pas importantes. Dans l'est du Cap-Breton, la variation génétique au sein des populations était légèrement plus basse chez les saumons de l'extrémité est du Cap-Breton (rivières Grand et Inhabitants) que chez les saumons du centre nord du Cap-Breton (rivières North Aspy, North [Victoria], Baddeck et Middle), mais, encore une fois, ces différences étaient légères et n'étaient pas statistiquement significatives. Les échantillons prélevés dans le ruisseau Indian (la seule collecte d'échantillons du lac Bras d'Or) présentaient le plus faible nombre d'allèles parmi toutes les populations provenant de l'est du Cap-Breton; les niveaux étaient près de ceux observés chez les échantillons obtenus de la petite population de référence (rivière Stewiacke) dans le cadre de la présente étude. Dans l'ensemble, les réductions des niveaux de variation génétique étaient légères chez les échantillons prélevés dans l'est du Cap-Breton par rapport aux populations de référence. Toutefois, de nombreux individus avaient plusieurs paires de loci dont les liens semblaient être en déséquilibre, et un sous-ensemble de ces mêmes échantillons avait aussi plusieurs loci montrant des écarts par rapport aux prédictions de Hardy-Weinberg. Ensemble, ces données indiquent que plusieurs populations des rivières de l'est du Cap-Breton (North Aspy, Indian Brook, Grand et Inhabitants) pourraient avoir connu une récente pénurie de population.

Les niveaux de structuration génétique (F_ST) entre les échantillons de différentes rivières de l'est du Cap-Breton variaient de 0,0035 à 0,0363 (=0,0193), et toutes les comparaisons par paire étaient importantes à la suite de modifications pour plusieurs tests. Les échantillons du centre nord du Cap-Breton, à l'exception de ceux de la rivière North (Victoria), présentaient une très faible différenciation génétique (F_ST=0.0035-0.0.0083, F_ST =0.0.00653), et étaient regroupés dans les analyses phylogénétiques et factorielles de correspondance.  Ces trois mêmes échantillons présentaient aussi une très faible différenciation par rapport aux échantillons d'une rivière située à proximité, à savoir la rivière Margaree, de l'unité désignable Gaspésie–sud du golfe du Saint-Laurent (F_ST =0,0086), et cette ressemblance était encore une fois reflétée dans les analyses phylogénétiques et factorielles de correspondance.  Les échantillons du ruisseau Indian présentaient d'importantes différences par rapport aux autres échantillons analysés; ils représentent un deuxième important groupe de l'est du Cap-Breton examiné au cours de la présente étude. Les échantillons des rivières Inhabitants et Grand présentaient des différences entre eux ainsi que par rapport aux autres analyses de l'est du Cap-Breton. Cependant, le premier affichait plus de ressemblances avec les échantillons de la rivière Mabou, de l'unité désignable Gaspésie–sud du golfe du Saint-Laurent, tandis que le deuxième affichait des ressemblances avec les échantillons de la rivière St. Mary’s, de l'unité désignable des hautes terres du Sud.  Ces deux échantillons (Grand et Inhabitants) pourraient représenter deux autres groupes du saumon de l’Atlantique de l'est du Cap-Breton. Des indicateurs possibles de la structuration au sein des populations ont été observés dans les échantillons de la rivière North (Victoria), ce qui laisse entendre la présence d'un cinquième groupe du saumon de l’Atlantique de l'est du Cap-Breton. Toutefois, des analyses additionnelles d'autres échantillons de cet emplacement sont nécessaires afin de corroborer cette conclusion. Les tendances en matière de variation génétique au sein des populations et entre les populations observées au cours de la présente étude pourraient aider à orienter les efforts visant à établir les populations de saumon de l'Atlantique de l'unité désignable de l'est du Cap-Breton prioritaires aux fins de conservation.

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