Document de recherche 2016/031
Techniques moléculaires pour l'analyse de parenté afin d'évaluer l'efficacité de l'ensemencement pour le saumon de l'Atlantique (Salmo salar) dans la rivière Miramichi
Par Scott A. Pavey
Résumé
Le programme d'ensemencement actuel pour le saumon de l'Atlantique (Salmo salar) dans la rivière Miramachi consiste à capturer des adultes matures, à faire féconder des œufs et à élever les jeunes dans une écloserie avant de les relâcher dans la nature. Une étude pilote d'une stratégie différente pourrait être réalisée dans la rivière Miramichi Nord-Ouest, consistant à capturer les juvéniles, à les élever en écloserie jusqu'à maturité, puis à les relâcher dans la rivière pour qu'ils y fraient naturellement. Ici, j'effectue une analyse documentaire et je formule des recommandations afin de surveiller l'efficacité de ce projet pilote. La technique proposée consiste à utiliser des marqueurs génétiques pour l'analyse de parenté, de façon à pouvoir comparer la contribution des populations sauvages et des adultes ensemencés à la prochaine génération. Les techniques actuelles de génotypage à haut débit des microsatellites et du polymorphisme touchant un nucléotide unique (SNP) sont comparées à l'aide de simulations. Même lorsque les trois techniques sont effectuées adéquatement, la technique la plus souple et prometteuse est le génotypage par séquençage (GT-seq). Des recommandations sur la conception de l'échantillonnage sont fournies afin que l'échantillonnage génétique touche un nombre égal d'individus sauvages et ensemencés.
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