Document de recherche 2018/044
Évaluer la réussite de la conservation des caractéristiques génétiques de la population de saumons de l'Atlantique (Salmo salar) de l'intérieur de la baie de Fundy sur trois générations de reproduction et d'élevage en captivité
Par O'Reilly, P.T., Harvie, C., McWilliam, S., Lenentine, B., et Jones, R.
Résumé
Le programme de banque de gènes vivants pour le saumon atlantique de l'intérieur de la baie de Fundy (Salmo salar) existe depuis un peu plus de 15 ans et couvre 3 générations. Dans le présent examen, nous évaluons les taux prévus de perte de variance génétique jusqu'en 2015 dans la population de référence de la rivière Stewiacke, en utilisant trois approches différentes. Premièrement, le programme PMx et les données généalogiques sur plusieurs générations permettent de surveiller la diversité des gènes, la rétention des allèles fondateurs et les niveaux de consanguinité dans les groupes de l'année de reproduction (ensembles de saumons reproduits au cours d'une année donnée), d'une année à l'autre; puisque les estimations d'apparentement du saumon G0 (fondateur) ont été incluses dans le pedigree, les mesures mentionnées concernent en réalité les parents invisibles et non échantillonnés (saumon G-1) des fondateurs G0. Deuxièmement, nous mentionnons les niveaux de variance génétique moléculaire, tels que le nombre d'allèles observés, la richesse en allèles, l'hétérozygotie effective et l'hétérozygotie observée, pour les groupes correspondants à l'année de reproduction, d'une année à l'autre. Troisièmement, nous utilisons les données démographiques (y compris la taille de la population adulte du recensement, les données sur le sex-ratio sexe et la variance de la taille de la famille à maturité) pour estimer le nombre effectif de reproducteurs et, dans certains cas, la taille effective de la population; le cas échéant, ces données servent à estimer les taux prévus de perte de diversité génétique et d'accumulation de consanguinité dans le temps. Dans l'ensemble, nous nous attendons à une certaine, mais généralement minime, perte de variance génétique et accumulation de consanguinité entre les générations G0 et G2 ou G3 de saumon. Une grande partie de la variance génétique qui devrait être perdue et de la consanguinité accumulée peut être directement liée à la taille très inégale de la famille apparentée G0 et, essentiellement, au moment de la collecte des reproducteurs d'origine.
Nous étudions également les changements génétiques du saumon atlantique de l'intérieur de la baie de Fundy associés à l'introgression possible de gènes provenant de sources de saumon atlantique d'élevage et sauvage voisines. Les résultats de plusieurs analyses différentes concordent avec le flux génétique historique de sources sauvages de l'extérieur de la baie de Fundy vers les populations voisines de l'intérieur de la baie de Fundy, le long du côté néo-brunswickois de l'intérieur de la baie. L'évolution de la dynamique des populations après 1995 s'est probablement traduite par des taux continus, voire accrus, de flux génétique entre les populations de l'extérieur de la baie et celles de la baie de Chignecto au cours des dernières années; les populations du bassin Minas de l'intérieur de la baie ont peut-être été plus isolées. Nous trouvons également des signes de la présence et du frai réussi du saumon d'élevage européen dans plusieurs rivières (sur plusieurs années) de l'intérieur de la baie de Fundy, en particulier celles de la baie de Chignecto.
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