Cadre de référence

Lignes directrices pour l’utilisation ciblée des analyses d’ADN environnemental (ADNe) pour la gestion des Espèces Aquatiques Envahissantes et des Espèces en Péril

Examen par les pairs national – Région de la capitale nationale

Du 6 au 8 juillet 2020
Réunion virtuelle

Président(e)s : Shauna Baillie et Sophie Foster

Contexte

L’expression « ADN environnemental » (ADNe) fait référence ici à l’ADN qui peut être extrait d’échantillons environnementaux en vrac – soit sous forme d’eau, biofilms, ou sédiments – et analysé afin d’inférer la présence ou l’absence d’espèces dans l’écosystème. La détection d’ADNe est une méthode génétique sensible et non-invasive en rapide évolution, qui peut être utilisée pour le suivi de la présence et de la distribution d’espèces aquatiques. Toutefois, l’évolution rapide des technologies en lien avec l’ADNe, couplée avec la complexité des échantillons environnementaux, soulève des défis en matière d’évaluation du niveau d’incertitude associé aux résultats des études fondées sur l’ADNe.

Pêches et Océans Canada (MPO), par le biais des programmes sur les espèces aquatiques envahissantes (EAE) et les espèces en péril (EEP), a identifié le besoin d’établir des lignes directrices sur l’utilisation de l’ADNe en soutien à la prise de décision dans la gestion des espèces aquatiques et des écosystèmes. Ce besoin a été reconnu également par le Comité national sur les espèces aquatiques envahissantes (CNEAE), qui inclut des représentants de toutes les provinces et territoires, et qui a pour objectif de promouvoir la collaboration et la coordination nationales sur des enjeux liés aux EAE. Bien que des lignes directrices, des meilleures pratiques et des normes sur l’ADNe existent déjà (voir Goldberg et al., 2016), la communauté scientifique continue à avancer pour une standardisation de la recherche et des pratiques sur l’ADNe se poursuivent (p. ex. : Canadian Standards Association / Conseil Canadien des Normes, 2019). Considérant l’évolution rapide de la recherche et du développement dans ce domaine, des lignes directrices s’imposent pour les gestionnaires de MPO qui utilisent ou considèrent l’utilisation de cette approche de monitorage dans la prise de décision quotidienne dans les dossiers des EAE et des EEP.

Ce processus du SCCS permettra de définir les termes scientifiques et les concepts clefs relatifs aux méthodes d’ADNe ciblées (c’est-à-dire celles qui visent la détection d’une espèce en particulier, par opposition aux méthodes semi-ciblées, comme le métabarcodage). Ce processus permettra également d’élaborer des lignes directrices provisoires et un gabarit de rapport pour la communication des résultats d’analyses d’ADNe aux gestionnaires. À cet effet, un document produit récemment par le MPO sur l’état des connaissances sur l’ADNe (Baillie et al., 2019) servira de référence.

Objectifs

L’objectif de ce processus du Secrétariat canadien de consultation scientifique (SCCS) est de fournir une orientation sur l’utilisation des méthodes d’ADNe ciblées (au regard de l’échantillonnage, la détection et l’analyse d’ADNe) pour les espèces aquatiques envahissantes et les espèces en péril, afin de favoriser une présentation et une interprétation plus cohérentes des résultats d’ADNe. Les objectifs précis sont les suivants

1. Définir les termes et concepts scientifiques associés aux technologies et techniques de l’ADNe.
2. Fournir, aux gestionnaires et aux praticiens de l’ADNe, des lignes directrices qui définissent les exigences minimales pour la rédaction de rapport ainsi qu’un gabarit de rapport, en tenant compte (i) de la conception de l’étude; (ii) des méthodes sur le terrain; (iii) des méthodes en laboratoire pour les approches ciblées de l’ADNe; et (iv) des résultats.
3. Fournir un document d’orientation connexe pour les éléments inclus dans le gabarit de rapport, avec une brève explication des limites, des restrictions et des pratiques exemplaires associées à chaque élément.

Publications prévues

• Avis scientifique
• Document(s) de recherche

Participation prévue

• Pêches et Océans Canada (MPO)
• Autres ministères, notamment des gouvernements provinciaux et territoriaux, par l’intermédiaire du CNEAE

Références

Baillie, S.M., McGowan, C., May-McNally, S., Leggatt, R., Sutherland, B., and Robinson, S., 2019. Environmental DNA and its applications to Fisheries and Oceans Canada: National needs and priorities. Can. Tech. Rep. Fish. Aquat. Sci. 3329: xiv + 84p.

Canadian Standards Association / Conseil Canadien des Normes, 2019. Environmental DNA standardization needs for fish and wildlife population assessments and monitoring.

Goldberg, C., Turner, C., Deiner, K., Klymus, K., Thomsen, P., Murphy, M., . . . Taberlet, P., 2016. Critical considerations for the application of environmental DNA methods to detect aquatic species. Methods in Ecology and Evolution, 7(11): 1299-1307.