Compte rendu 2015/039
Compte rendu de l'examen national par les pairs de la plateforme BioMarkMC de Fluidigm®: évaluation visant à déterminer son adéquation pour la surveillance microbienne ; Du 2 au 4 décembre 2014
Président : Gilles Olivier and Roger Wysocki
Rédacteur : Ivan Stefanov
Sommaire
Un processus d’examen national par les pairs s'est tenu sous l'égide du Secrétariat canadien de consultation scientifique (SCCS) de Pêches et Océans Canada (MPO) à Nanaimo, en Colombie-Britannique, du 2 au 4 décembre 2014. L'objectif du processus consistait à fournir un avis scientifique sur l'adéquation des essais effectués à partir de la plateforme BioMarkMC de Fluidigm®. Celle-ci utilise la préamplification aux fins de recherches à grande échelle visant la surveillance des microbes chez les saumons du Pacifique sauvages et chez les saumons de l'Atlantique d'élevage.
L'examen a plus particulièrement porté sur les éléments suivants :
- la sensibilité, la spécificité, la comparabilité et la répétabilité analytiques de chaque essai microbien, tel que cela a été établi dans le document de travail et présenté à la réunion;
- la mesure dans laquelle les résultats des essais de la plateforme BioMarkMC de Fluidigm® sont comparables à ceux de la plateforme ABI 7900 (comme elle est utilisée au laboratoire de génétique moléculaire de la station biologique du Pacifique);
- les effets de l'étape de préamplification menée pour de nombreuses espèces cibles indépendantes sur la sensibilité, la spécificité et la répétabilité analytiques des essais. Plus précisément :
- déterminer si l'étape de préamplification introduit des biais dans l'abondance relative des cibles;
- déterminer si l'étape de préamplification génère des cibles fausses;
- les avantages, restrictions, incertitudes et utilisations proposées de cette méthodologie (ce qui comprend les concepts et les analyses statistiques) pour les besoins de recherche définis.
Parmi les participants à cette réunion se trouvaient des experts en la matière canadiens et étrangers provenant du milieu universitaire, de l'industrie de l'aquaculture et du secteur scientifique fédéral, notamment le MPO et l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA). Un avis scientifique, un document de recherche et le présent compte rendu ont découlé de ce processus.
N.B. : Le présent compte rendu présente les grandes lignes des discussions qui se sont tenues au cours de ce processus de consultation scientifique. Le lecteur qui souhaite obtenir des renseignements plus détaillés et précis est invité à consulter l'avis scientifique publié qui présente formellement les avis formulés au cours de ce processus, y compris toutes les recommandations officielles. En ce qui concerne les diverses techniques scientifiques et méthodologies d'évaluation, le lecteur est invité à consulter le document de recherche connexe à l'appui de l'avis scientifique.
Avis d’accessibilité
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