Document de recherche 2009/095
Conservation de la variation génétique dans le programme de reproduction et d’alevinage en captivé du saumon atlantique de l’arrière-baie de Fundy
Par P.T. O'Reilly et C.J. Harvie
Résumé
Face au déclin précipité du saumon atlantique de l’arrière‑baie de Fundy (abF), le ministère des Pêches et des Océans (MPO) a lancé un programme de reproduction et d’alevinage en captivité dans le but d’empêcher une disparition imminente de ce poisson inscrit sur la liste d’espèces en péril établie en vertu de la Loi sur les espèces en péril (LEP). Ce programme visait à réduire le plus possible les changements génétiques par rapport à la population fondatrice, notamment la perte de variation génétique par dérive, jusqu’à ce que les conditions de vie en mer s’améliorent et que des populations sauvages autonomes puissent être établies. La perte de variation génétique a été réduite au minimum grâce à la création et au maintien de vastes effectifs de population ainsi qu’à l’évaluation de la valeur génétique, ou apparentement moyen, des frayeurs possibles. L’apparentement moyen a été établi selon l’information généalogique, estimée par reconstitution de la filiation dans la génération fondatrice à partir de données sur les marqueurs génétiques moléculaires et les algorithmes élaborés récemment pour évaluer la parenté au premier degré en l’absence d’information sur le lien parental; dans le cas des générations subséquentes, ce sont les données sur les marqueurs génétiques et des analyses de parenté qui ont été utilisées. Le présent rapport vise à évaluer la capacité du programme susmentionné à réduire le taux de perte de diversité génétique moléculaire neutre.
Pour évaluer l’efficacité du programme, nous avons d’abord déterminé quel était le pourcentage de variation génétique présent dans les vastes collections (>1 000) de tacons sauvages juvéniles provenant des parents (fondateurs, G0) sélectionnés pour la reproduction. La perte de diversité génétique (He) et le nombre d’allèles observés (#A), deux mesures courantes de la variation génétique, dans la sélection des fondateurs était minime, se chiffrant à environ 1%. Nous avons aussi évalué le taux de perte de variation génétique dans la production de la première génération de saumons (G1) issue des fondateurs (G0). Dans cette analyse, nous avons estimé la perte de variation génétique par année de fraye et par classe d’âge. L’évaluation par année de fraye faisait appel à des comparaisons de la variation génétique chez tous les parents qui ont été accouplés une année donnée et chez tous leurs descendants récupérés ensuite et accouplés, indépendamment de l’année de leur arrivée à maturité et de leur génotypage. Les estimations de la diversité génétique étaient en général plus élevées dans la descendance que chez les parents et dans les cas où elles étaient inférieures, elles n’avaient diminué que de 0,24 %. La réduction du nombre d’allèles (#A) entre les parents et leur descendance était relativement variable d’une année de fraye à une autre et pouvait être assez élevée, allant de 3,9 % à 18,2 % sur une génération. Toutefois, en raison de divers aspects opérationnels du programme actuel, comme la surveillance de la mortalité des œufs et les antécédents de fraye des individus et des familles, cette mesure de la perte de variation génétique constitue vraisemblablement une surestimation de la perte véritable.
Dans les analyses du taux de perte par classe d’âge, la variation génétique a fait l’objet d’une comparaison entre, d’une part, tous les parents prélevés dans le stock sauvage une année donnée et sélectionnés pour le fraye et, d’autre part, tous leurs descendants sélectionnés eux aussi pour le fraye, indépendamment de l’année où les parents ont été accouplés et indépendamment de l’année où les descendants ont été récupérés et accouplés pour produire la génération suivante (G2). Les estimations de la diversité génétique étaient là aussi généralement plus élevées chez les descendants que chez leurs parents et dans les cas où elles étaient inférieures, elles n’avaient diminué que de 0,25 % ou 1,1 %. Dans l’évaluation par classe d’âge, les taux de perte d’allèles (#A) étaient variables et parfois très élevés (de 7,8 % à 52,0 %). Toutefois, une bonne partie de la perte estimée pour une classe d’âge quelconque était due 1) au fait que des frayes étaient survenues entre les classes d’âge ou les générations (bien que dans ce cas la variation génétique sera recouvrée dans le total intergroupes, elle n’a pu être calculée et intégrée dans les statistiques par classe d’âge) et 2) à une maturité et une récupération incomplètes des descendants, quoiqu’on devrait recouvrer une partie de la variation génétique quand ces descendants arriveront à maturité les années subséquentes. Il ressort de comparaisons entre groupes de classes d’âge combinées, permettant de réduire les effets du facteur 1) susmentionné, que les taux de perte d’allèles (#A) entre parents et descendants se situaient entre 3,5 % et 4 %. Une fois que les descendants des parents prélevés en 2000 et 2001 arriveront à maturité, les taux de perte d’allèles devraient diminuer et être probablement de l’ordre de 2 % à 3 %. Dans l’ensemble, ces résultats révèlent que les taux de perte de variation génétique ont bel et bien été faibles pendant la période considérée, se situant sous les 3 % ou 4 % et probablement entre 0,25 % et 3 %, selon la mesure de la variation génétique évaluée. Ces analyses montrent que le programme de reproduction et d’alevinage en captivité du saumon atlantique de l’arrière‑baie de Fundy réussit effectivement à maintenir une diversité génétique neutre.
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