Cadre de référence

Examen de l'évaluation de la plateforme BioMark de Fluidigm pour déterminer son adéquation pour la surveillance microbienne

Examen national par des pairs – région de la capitale nationale

Du 2 au 4 décembre 2014
Nanaimo, Colombie Britannique

Présidents : Roger Wysocki et Gilles Olivier

Contexte

Pêches et Océans Canada collabore avec la Fondation du saumon du Pacifique (Pacific Salmon Fondation) et Genome BC à un projet quinquennal en plusieurs étapes (le Projet) qui prévoit fusionner les technologies sur le génome et la santé du poisson afin de déterminer quels microbes sont portés par les salmonidés sauvages et d'élevage de la Colombie-Britannique, l'origine possible de ces microbes ainsi que les conséquences que ces microbes peuvent avoir sur la santé du saumon.

Le but stratégique défini dans le cadre du Projet consiste à « recenser les microbes et les maladies potentielles qui pourraient nuire à la productivité et au rendement du saumon (sauvage) de la Colombie-Britannique et déterminer quels échanges peuvent s'effectuer entre le saumon sauvage et le saumon d'élevage pendant l'évolution de ces microbes ». Le projet sera réalisé en quatre phases (étapes) séquentielles.

La phase 1 (de 2012 à 2013) prévoit l'établissement d'un programme d'échantillonnage à grande échelle, échelonné sur douze mois, pour le saumon sauvage, le saumon d'écloserie et le saumon d'aquaculture. L'échantillonnage a été réalisé en 2012 et au début de 2013.

La phase 2 (de 2013 à 2015) prévoit la conception, la mise à l'essai et l'évaluation d'une technologie génomique originale visant à déterminer quels microbes associés à des maladies touchant les saumons du monde entier sont portés par le saumon sauvage et le saumon d'élevage de la Colombie-Britannique.

La phase 3 (de 2014 à 2016) sera axée sur les microbes identifiés pendant la phase 2, plus particulièrement ceux n'ayant pas fait l'objet de recherches approfondies en Colombie-Britannique et posant le plus grand risque de maladie pour le saumon sauvage. Des études de provocation en laboratoire seront menées dans le but d'évaluer quelles sont les conditions associées à l'apparition de maladies chez le saumon du Pacifique, causé par des microbes spécifiques. Des études additionnelles visant à évaluer les dynamiques de transmission de microbes particuliers seront aussi menées. 

La phase 4 (de 2016 à 2017) prévoit la présentation aux organismes de gestion de rapports de recherche et d'exposés portant sur l'utilité potentielle des méthodes mises au point pendant le projet et l'application des résultats obtenus à des activités de surveillance ultérieures.

Le projet en est actuellement à la Phase 2a, dont l'objectif principal défini consiste à déterminer, à mettre à l'essai et à évaluer la sensibilité, la spécificité et la répétabilité des essais au moyen d'une plateforme microfluidique à haut rendement (plateforme BioMark de Fluidigm), conçue pour évaluer quantitativement la présence de microbes et le degré de contamination microbienne dans de multiple échantillons testé simultanément. Cette technologie fait appel à une étape de pré-amplification originale dont les effets n'ont pas encore été évalués. La phase 2a ne prévoit pas l'élaboration d'une approche ou d'un outil visant à diagnostiquer la maladie chez le saumon sauvage ou d'élevage. L'évaluation de la sensibilité et de la spécificité diagnostique sera réalisée pendant la phase 2b du projet.

La décision de procéder à la phase 2b du projet sera prise en fonction du rendement analytique de la plateforme microfluidique à haut rendement, lequel fait actuellement l'objet d'une évaluation.  Il importe de s'assurer du rendement de tout outil mis au point afin d'évaluer la présence de microbes et les risques de maladie associés, étant donné la quantité considérable de répercussions possibles sur les ressources aquatiques du Canada.  Par conséquent, les outils de diagnostic doivent être fiables. Par exemple, la sensibilité et la spécificité des essais microbiens effectués par la plateforme doivent limiter les risques de résultats faux-négatifs ou faux-positifs.

Afin d'étayer les décisions liées à l'avancement du projet à la phase 2b, et finalement celles à savoir si la plateforme BioMark de Fluidigm et les essais effectués à l’aide de celle-ci peuvent être utilisés aux fins de recherche de surveillance à grande échelle de microbe présent chez les saumons du Pacifique sauvages et les saumons de l’Atlantique d'élevage le Comité directeur de la gestion du projet du MPO a demandé la tenue d'un processus d'examen national par des pairs sous les auspices du Secrétariat canadien de consultation scientifique (SCCS). Ce processus visera l'évaluation du rendement de la plateforme BioMark de Fluidigm relativement à la détection microbienne, et portera une attention particulière, le cas échéant, aux effets de l'étape de pré-amplification.

Objectifs

L'objectif de l'examen national par des pairs, sous le SCCS, est de fournir un avis sur l’adéquation des essais effectués à partir de la plateforme BioMark de Fluidigm, utilisant la pré-amplification, aux fins de recherche à grande échelle visant la surveillance des microbes présents chez les saumons du Pacifique sauvages et les saumons de l’Atlantique d'élevage. Un document de travail, qui fournira la base de l'avis, sera examiné.

Plus particulièrement, cet examen portera sur ce qui suit :

1. la sensibilité, la spécificité, la comparabilité et la répétabilité analytiques de chaque essai microbien, tel qu'établi dans le document de travail;
2. la mesure dans laquelle les résultats des essais de la plateforme BioMark de Fluidigm sont comparables à ceux de la plateforme ABI 7900 (au laboratoire de génétique moléculaire de la Station biologique du Pacifique);
3. les effets de l'étape de pré-amplification menée sur de nombreuses cibles indépendantes sur la sensibilité, la spécificité et la répétabilité analytiques des essais.  Plus précisément :
   • déterminer si l'étape de pré-amplification introduit des biais dans l'abondance relative des cibles,
   • déterminer si l'étape de pré-amplification génère des cibles fausses;
4. les avantages, les restrictions, les incertitudes et les utilisations proposées en lien avec cette méthodologie (y compris les concepts et les analyses statistiques) pour les besoins de recherche définis précédemment.

Publications prévues

• Avis scientifique
• Compte rendu
• Document de recherche

Participation

• Secteur des sciences du MPO
• Gestion des pêches et de l'aquaculture du MPO
• Agence canadienne d'inspection des aliments
• Universités
• Représentants de l'industrie de l'aquaculture
• Province de la Colombie-Britannique
• Organisations non gouvernementales