Mise au point de techniques d’ADN environnemental pour détecter les espèces aquatiques envahissantes et les espèces aquatiques en péril
Description
Echantillonnage d’ADN environnemental pour la detection de l’alasmidonte renflée dans une rivière du Nouveau-Brunswick. © Francis LeBlanc.
L’analyse de l’ADN environnemental est devenue un moyen efficace de détecter la présence de différentes espèces dans les milieux aquatiques, et un outil important pour gérer les espèces envahissantes et les espèces en péril. Des techniques de quantification de l’ADN, comme la PCR quantitative (qPCR) et les plateformes microfluidiques permettent de détecter, d’identifier et de quantifier l’ADN environnemental excrété par les organismes aquatiques dans l’environnement. La détection des espèces à l’aide de l’ADN environnemental dans les échantillons d’eau peut appuyer les relevés traditionnels sur le terrain pour la gestion et la conservation des espèces aquatiques; la surveillance de l’ADN environnemental est particulièrement utile pour détecter la présence d’espèces rares et difficiles à localiser, et elle peut donner des résultats en temps réel lorsqu’il faut prendre rapidement des mesures de gestion en fonction de l’information sur les espèces aquatiques envahissantes.
Ce fascinant nouveau projet permettra d’élaborer, d’évaluer et d’optimiser des pratiques d’essai fondées sur l’ADN environnemental pour plus de vingt espèces aquatiques envahissantes, ainsi que pour une espèce de moule en péril, l’alasmidonte renflée. Les collaborateurs de la recherche identifieront d’autres espèces d’intérêt et des spécimens de référence nécessaires pour le développement et la validation des essais. Lorsque la liste des espèces aura été dressée, des essais de qPCR seront développés avec la spécificité et sensibilité requise pour ce type d’analyse. Ce projet produira un outil innovateur pour surveiller les espèces aquatiques importantes et permettra au MPO et à d’autres intervenants d’appliquer les stratégies de conservation avec davantage d’efficacité.
Le projet comportera trois phases :
- Élaborer et valider des essais moléculaires propres à chaque espèce pour plus de 20 espèces aquatiques envahissantes potentielles et établies et une espèce en péril (l’alasmidonte renflée).
- Élaborer et optimiser des méthodes de collecte de l’ADN environnemental (e.g., échantillonnage d’eaupour détecter les espèces ciblées.
- Évaluer les approches de surveillance de l’ADN environnemental et les comparer aux autres méthodes classiques (e.g., plaques collectrices) sur les plans de la sensibilité, de la rapidité et du coût.
Cette initiative sera utile pour créer des cartes de distribution de l’alasmidonte renflée. Dans le cas des espèces envahissantes qui causent des dommages écologiques et économiques, leur détection précoce permettra de prendre rapidement des mesures d’atténuation et d’évaluer l’efficacité des efforts d’éradication. Les résultats de ce projet pourront être appliqués à de nombreuses opérations des pêches et réduiront les coûts de la surveillance des espèces aquatiques.
Titre scientifique de ce projet : Méthodes d’ADN environnemental rapides et sensibles pour la détection précoce et l’atténuation des espèces aquatiques envahissantes et pour la surveillance des espèces aquatiques en péril.
Nom du programme
Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG)
Années
2017 - 2019
Chercheurs principaux
Nellie Gagné
Pêches et Océans Canada, région du Golfe
Francis LeBlanc
Pêches et Océans Canada, région du Golfe
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