Caractérisation du pathogène de type poxvirus s'attaquant aux branchies du saumon : caractérisation, susceptibilité du saumon de l'Atlantique et relevé initial des saumons sauvages et d'élevage

Description

Les poxvirus sont des virus à ADN de grande taille des vertébrés et des insectes qui provoquent des maladies chez de nombreuses espèces animales. Au printemps 2006, un nouveau poxvirus, le poxvirus s’attaquant aux branchies du saumon (SGPV), a été découvert en eau douce dans le nord de la Norvège. Le saumon avait une maladie proliférative des branchies et d’autres signes cliniques comme la léthargie, la détresse respiratoire et la mortalité. Plus tard dans l'année, ce virus a également été découvert sur les branchies de saumons dans deux sites en eaux marines situés à l'ouest de la Norvège, où il a causé des pertes importantes dans l'ensemble des exploitations.

En 2015, un virus inconnu a été isolé à partir de tissus prélevés sur un saumon atlantique sauvage provenant d’une rivière au Nouveau-Brunswick. En utilisant le séquençage de nouvelle génération, les chercheurs ont découvert qu'il présentait 80-90 % de similarité avec le SGPV norvégien, d'où la référence à un « pathogène de type poxvirus ». Les implications de cette détection sont incertaines, même si des rapports anecdotiques indiquent que des maladies des branchies dont l'étiologie est inconnue ont été détectées sur des saumons sur la côte Est du Canada. Un relevé et une caractérisation du SGPV local étaient nécessaires pour déterminer l'ampleur de la distribution du virus sur la côte Est et le risque qu'il représente pour la santé des saumons.

Constatations

Le SGPV a été découvert dans diverses populations sauvages et d’élevage de saumon atlantique, en eau douce comme en eau salée. Dans le cas du saumon atlantique d’élevage, le SGPV a été détecté à différents stades du cycle de vie dans des écloseries et des fermes marines, ce qui laisse croire que le SGPV est aussi répandu dans le Canada atlantique qu’en Norvège. Cependant, de manière générale, une faible prévalence du SGPV a été observée et la charge virale des poissons infectés était faible. La sporadicité des détections au fil du temps semble indiquer que les infections sont transitoires.

L’analyse phylogénétique a montré que deux génogroupes du SGPV sont présents dans le Canada atlantique. La souche prédominante détectée était liée à la souche semblable au SGPV identifiée en 2015. L’autre était associée à la souche norvégienne. Bien qu’aucune des méthodes d’infection habituelles utilisées dans les essais in vivo n’ait réussi à provoquer une infection chez les poissons, il a été possible de transmettre le SGPV à des saumons non infectés en les faisant cohabiter avec des poissons ayant obtenu des résultats positifs aux tests PCR.

Rien n’indique que la maladie proliférative des branchies est causée par les souches du SGPV qui sont présentes dans l’Est canadien. La souche semblable au SGPV identifiée en 2015, et dans la plupart des sites faisant l’objet d’essais dans le cadre de cette étude, pourrait être trop différente de la souche du SGPV découverte en Norvège, qui serait à l’origine de la maladie proliférative des branchies. Dans le cadre de notre étude, quelques souches plus étroitement liées au SGPV norvégien connu ont été observées dans certaines écloseries et font l’objet d’un examen plus approfondi.

Nom du programme

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

Année(s)

2016 à 2019

Chercheur(euse) principal(e)

Nellie Gagné
Chercheuse, Pêches et Océans Canada, Centre des pêches du Golfe, Région du Golfe
Courriel: Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

Membre(s) de l'équipe

Delphine Ditlecadet, biologiste, Pêches et Océans Canada, Centre des pêches du Golfe, Région du Golfe

Valérie Godbout, technicienne, Pêches et Océans Canada, Centre des pêches du Golfe, Région du Golfe

Jean-René Arseneau, technicien, Pêches et Océans Canada, Centre des pêches du Golfe, Région du Golfe

Francis Leblanc, biologiste, Pêches et Océans Canada, Centre des pêches du Golfe, Région du Golfe

Steven Leadbeater, biologiste, Pêches et Océans Canada, Station biologique de St. Andrews, Région des Maritimes

Philip Byrne, chercheur, Pêches et Océans Canada, Unité de bioconfinement du Golfe, Région du Golfe

Collaborateur(rice)

Keng Pee Ang, Kelly Cove Salmon Ltd.