Développement de méthodes rapides d'identification des types de pathogènes

Description

Plusieurs facteurs contribuent au développement de maladies dans les organismes vivants tels les poissons. La découverte d'un pathogène dans un poisson ne signifie pas nécessairement qu'une maladie s'est développée ou qu'elle pourrait survenir. Pour aider à mieux gérer les résultats de laboratoires il faut pouvoir faire la distinction entre différentes souches de pathogènes par rapport à leur spécificité pour l'hôte. Dans les provinces Atlantiques, l'anémie infectieuse du saumon (ISA), l'encéphalopathie et rétinopathie virales (VER), et la nécrose pancréatique infectieuse (IPN) sont d'importantes maladies causées par des virus. Les informations portant sur leurs espèces-cibles et les facteurs influençant leur virulence sont encore très partielles. La caractérisation au niveau moléculaire de certaines des souches de ces virus isolées dans les provinces Atlantiques est en cours. Ce type d'information nous aide à comprendre la distribution et la diversité des souches virales présentes dans l'environnement et nous aide à prédire le sort possible des espèces de poisson infectées.

L'identification des différentes souches peut se faire de diverses manières, tel que par séquençage du génome viral, par neutralisation virale par le sérum, etc. Le RT-PCR est une méthode puissante et rapide de détection de virus dans des échantillons de poissons, mais elle ne permet pas directement de distinguer les souches virales. On peut combiner les résultats de RT-PCR avec une méthode qui permet la séparation des résultats au niveau ultime de la souche en utilisant l'électrophorèse en gradient de gel dénaturant (DGGE). On utilise initialement des souches dont la séquence est connue pour déterminer les conditions de DGGE qui permettront une séparation nette de ces variantes du virus. Ces souches deviennent alors des standards. Les nouvelles souches obtenues au laboratoire sont comparées à ces standards en utilisant les mêmes conditions. Leur identification est basée sur leur identité par rapport aux standards, mais on peut aussi parfois découvrir des souches nouvelles qu'il faut alors mieux caractériser.

Les objectifs de ce projet sont de déterminer les conditions de RT-PCR et DGGE qui vont permettre la séparation des souches connues actuellement de ISA, VER et IPN. Ce test de RT-PCR/DGGE pourra ensuite être utilisé pour identifier des virus nouvellement isolés au niveau de la souche ou pour découvrir de nouvelles souches, ce qui n'est pas possible avec le RT-PCR utilisé seul.

Nom du programme

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

Année

2001 - 2004

Écorégion

Atlantique : Golfe du Maine, plateau néo-écossais

Chercheur principal / Chercheurs principaux / Chercheuse principale / Chercheuses principales

Nellie Gagné
Courriel: Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca