Document de recherche 2022/015
Détails de catchR, un paquet R pour estimer la composition en âge et en longueur des captures de la pêche, avec une application à la morue franche de 3Pn4RS
Par Ouellette-Plante, J., Van Beveren, E., Benoît, H.P. et Brassard, C.
Résumé
L’estimation de la composition des captures selon l’âge et la longueur est une pratique courante dans l’évaluation des stocks, car cette information sur la structure de la population nous permet de mieux comprendre la productivité des stocks et les répercussions de la pêche sur ceux-ci. Comme la détermination de l’âge du poisson est coûteuse et qu’elle exige beaucoup de main-d’œuvre et du personnel expérimenté, la composition selon l’âge est souvent déduite du sous-échantillonnage stratifié de l’âge selon la longueur et de la composition selon la longueur de l’échantillon original. Bien que le principe sous-jacent soit relativement simple, les lacunes et les incohérences du processus d’échantillonnage ont mené à de multiples propositions d’algorithmes dans la littérature. Fait important, ces algorithmes sont souvent appliqués annuellement de manière ponctuelle et non documentée. La réplication des estimations des captures selon l’âge à partir des données sources peut donc s’avérer difficile et avoir une incidence sur la crédibilité des évaluations. Dans le cadre de ces travaux, nous avons utilisé la clé âge-longueur directe, un outil couramment utilisé, couplée à un algorithme hiérarchique fondé sur une procédure stratifiée pour remédier aux lacunes de l’échantillonnage. Le paquet R catchR découle de ces travaux et propose un nouveau cadre entièrement transparent et automatisé pour estimer les captures selon l’âge. À l’aide du stock de morue franche (Gadus morhua) des divisions 3Pn4RS de l’Organisation des pêches de l’Atlantique du Nord-Ouest (OPANO), le présent document de recherche décrit les principales fonctions du paquet R catchR, get.samples et get.caa utilisées pour calculer les captures selon l’âge. Pour le stock de morue franche de 3Pn4RS, l’algorithme automatisé, tel qu’actuellement défini, révèle les lacunes dans l’estimation des captures et du poids selon l’âge, en partie parce que le résultat de chaque année est maintenant entièrement comparable et parce qu’aucun rajustement subjectif ne peut être appliqué pour corriger, par exemple, une faible couverture d’échantillonnage pour une combinaison donnée d’année, de mois, de zone unitaire de l’OPANO et d’engin.
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