Une journée dans la vie d’un échantillon de poisson
Suivez un échantillon de poisson soumis à des tests dans un laboratoire du SLNSAA pour voir ce qui se passe lorsque les échantillons sont testés en fonction des pathogènes ou des parasites. Les avis scientifiques issus des travaux de ce personnel fournissent les données nécessaires pour que les gestionnaires et les organismes de réglementation prennent des décisions éclairées qui ont un impact direct sur les ressources aquatiques du Canada… soit les ressources permettant d’offrir des écosystèmes aquatiques sains et des pêches durables à toute la population canadienne.
Transcription
Dans le laboratoire de nécropsie, on prélève des échantillons sur un poisson en vue de dépister certains virus et pathogènes préoccupants. Premièrement, on prélève un fragment de branchie et on le place dans un flacon de fixateur. On ouvre ensuite la cavité abdominale pour accéder aux organes internes du poisson.
On prélève différentes parties de l’échantillon de poisson pour effectuer une série de tests en laboratoire. On commence par prélever les caecae pylorique; il s’agit des appendices du poisson sécrétant des enzymes digestives qui permettent d’absorber les nutriments. On prélève ensuite d’autres échantillons de tissus, notamment le foie, l’estomac et les reins.
On place l’échantillon de rein dans un flacon et les autres tissus dans un sac d’échantillonnage pour les préparer à des tests qui permettront de détecter des virus.
Une des méthodes de préparation des échantillons consiste à exercer une pression manuelle et à utiliser une bouteille pour homogénéiser les tissus.
On pourrait également avoir recours à une autre méthode d’homogénéisation des échantillons en les plaçant dans une machine appelée mélangeur Stomacher. Cette dernière permet de broyer les tissus afin de réaliser des diagnostics.
Ici, nous voyons un processus appelé isolement de virus par culture cellulaire.
On utilise un plateau comprenant de multiples cavités au fond desquelles poussent des cultures de tissus. Ces cultures de tissus réagissent à des particules de virus actif. On dépose un échantillon de poisson traité dans chaque cavité au moyen d’une pipette. L’apparition de changements précis dans la culture de tissu permettra de déterminer si le virus actif est présent dans l’échantillon de poisson. On traite un échantillon de tissu prélevé dans le rein obtenu lors de la nécropsie d’un poisson.
L’échantillon est préparé aux fins d’extraction de l’ARN.
Les virus étant constitués d’ARN, il faut extraire tout l’ARN des échantillons de tissus pour les préparer au test RT-qPCR. À l’aide d’une pipette, on ajoute une solution aux tissus ainsi que des microbilles qui aident à broyer les tissus.
Des flacons sont placés sur un plateau puis insérés dans une machine appelée TissueLyser et secoués jusqu’à la pulvérisation des tissus.
Une pipette à multiples canaux peut accélérer le processus puisqu’elle permet de déposer plusieurs échantillons d’un seul coup. Un plateau de 96 cavités permet aussi d’effectuer plusieurs tests en même temps. Dans ce laboratoire, on effectue des tests moléculaires appelés RT-qPCR. Des échantillons provenant du laboratoire moléculaire sont placés dans la machine de RT-qPCR. Cette dernière générera des données indiquant si les échantillons contiennent de l’ARN viral.
Le personnel de laboratoire analyse les résultats des tests RT-qPCR.
Il examine les courbes d’amplification qui lui permettront de savoir si un virus donné est présent dans les tissus provenant de l’échantillon de poisson.
Cette information est essentielle pour déterminer la cause de la mort et les mesures d’atténuation à prendre. À chaque étape de ce processus, on fait appel à du personnel de laboratoire hautement qualifié.
Les avis scientifiques issus des travaux de ce personnel fournissent les données nécessaires pour que les gestionnaires et les organismes de réglementation prennent des décisions éclairées qui ont un impact direct sur les ressources aquatiques du Canada… soit les ressources permettant d’offrir des écosystèmes aquatiques sains et des pêches durables à toute la population canadienne.
- Date de modification :