Décryptage des séquences d’ADN du saumon du Pacifique génomes
Les scientifiques de Pêches et Océans Canada travaillent en collaboration pour réaliser un projet de recherche qui séquence et assemble le génome du saumon. Découvrez comment ces données sont recueillis et comment elles peuvent nous aider à gérer et comprendre les populations de poissons.
Transcription
Ben Koop - généticien et biologiste moléculaire, Université de Victoria : Le saumon est une espèce emblématique dans le Nord-Ouest du Pacifique et il occupe une place spéciale dans le cœur et l’esprit de la population canadienne.
Nous avons commencé à travailler avec les salmonidés il y a environ dix‑huit ans déjà, et au cours des quatre ou cinq dernières années, nous nous sommes penchés sur les salmonidés du Pacifique, sur leurs similitudes avec le saumon de l’Atlantique et sur ce qui les rend uniques.
Alexandre Montpetit - directeur scientifique adjoint, Centre d’innovation Génome Québec et Université McGill : Le ministère des Pêches et des Océans a communiqué avec nous pour nous demander de réaliser un projet de recherche dans le cadre duquel il souhaitait séquencer et assembler le génome du saumon.
Bob Delvin - chercheur scientifique, Pêches et Océans Canada : Nous produisons cette information en vue d’améliorer les outils offerts aux gens qui utilisent les analyses génétiques pour la gestion des populations de poissons. Une des premières étapes de cette recherche consiste à obtenir des échantillons d’ADN de certains types de poissons très spécifiques.
Ben Koop : Une fois ces échantillons recueillis, nous isolons l’ADN. Cet ADN est ensuite envoyé à Génome Québec, où le séquençage est réalisé. Le séquençage permet d’obtenir des millions et des millions de très petits produits d’ADN.
Alexandre Montpetit : C’est comme faire un casse-tête d’un million de pièces : une opération très complexe. Voici donc notre démarche : nous utilisons les séquenceurs que nous avons au centre pour obtenir des millions de fragments. Il faut ensuite assembler ces petites pièces pour en créer une seule.
Ben Koop : Une fois que ces composantes individuelles sont séquencées, elles reviennent à notre laboratoire où nous pouvons nous servir de notre grande expérience pour assembler ces séquences et les mettre en contexte. À la fin, nous obtenons un ensemble de gènes, un génome de référence et un atlas de variations génétiques parmi les individus que nous avons échantillonnés.
Bob Delvin : Essayer de prédire le futur de populations est très difficile, mais le fait d’obtenir un génome fournit un accès à un ensemble complet de marqueurs qui nous permettent de comprendre la physiologie, le comportement et la génétique des animaux en question. L’accès à cette information facilite grandement la compréhension des microvariations au sein des populations et du lien à établir avec leur adaptation aux pêches et aux changements dans l’environnement.
Ben Koop : Le projet que Bob et moi menons est sans précédent dans l’océan Pacifique. Nous avons essayé de réaliser un projet qui fournit une référence pour les recherches sur les salmonidés à l’échelle mondiale. Ainsi, il sera possible d’obtenir de l’information fondamentale qui peut être utilisée dans un grand éventail de domaines, comme la conservation, la physiologie, la biologie moléculaire et la génétique. Il s’agit d’un bond prodigieux à tous les égards en ce qui a trait à la compréhension fondamentale de la biologie et la génétique des salmonidés.
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