Description

L'interaction possible entre les saumons atlantiques sauvages et d'élevage dans les zones où ceux-ci cohabitent suscitent des inquiétudes. Le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC) a désigné les populations de saumons atlantiques sauvages du Canada atlantique comme étant menacées ou en voie de disparition. L'état de santé et la résistance aux maladies du saumon atlantique d'élevage sont bien documentés, mais les renseignements sur le saumon atlantique sauvage à ce chapitre sont moins nombreux. Le virus de l'anémie infectieuse du saumon (VAIS) demeure un problème récurrent chez le saumon d'élevage du Canada atlantique. Depuis 2012, on a détecté des épidémies du virus en Nouvelle-Écosse et à Terre-Neuve-et-Labrador. Les connaissances sur la prévalence de ce virus chez les populations sauvages et le risque de transmission du virus entre les stocks sauvages et d'élevage sont limitées. Comme tel, le but de ce projet était de faire appel au test de provocation in vivo et aux technologies de séquençage de prochaine génération afin de comparer la vulnérabilité des stocks de saumon atlantique sauvage (stocks de la rivière Saint-Jean, de l'intérieur de la baie de Fundy et des rivières Miramichi et Margaree) et des stocks d'élevage (provenant de la rivière Saint-Jean) aux maladies telles que le VAIS. Cette étude a examiné les différences génétiques et a évalué les réponses immunitaires, lesquelles pourraient expliquer les différences entre les saumons sauvages et d'élevage sur le plan de la vulnérabilité au VAIS. On a effectué également une évaluation générale de l'état de santé des stocks sauvages. On a étudié le rythme d'évolution du VAIS en observant les séquences entières de ce virus dans les tissus des saumons atlantiques d'élevage et sauvage échantillonnés pendant les tests de provocation in vivo. Ce projet a permis d'acquérir les connaissances qu'il nous manque en ce qui concerne la vulnérabilité du saumon atlantique sauvage au VAIS par rapport à celle du saumon atlantique d'élevage.

Constatations

L’évolution de l’infection par le virus de l’AIS dans le sang de poissons cohabitants a été suivie dans le temps. Les souches du virus de l’AIS testées étaient un isolat très virulent (c.-à-d. HPR4 du virus de l’AIS) et un isolat mi-virulent (c.‑à‑d. NS 2012-21). En ce qui a trait au virus très virulent de l’AIS, tous les stocks de saumon sauvage présentaient un taux de survie supérieur à celui des stocks de poissons d’élevage. Les poissons d’élevage présentaient un taux de survie de 2 %. Cependant, le stock de la rivière St-Jean présentait un faible taux de survie d’environ 10 %. Les charges virales du virus de l’AIS des rivières Miramichi et Big Salmon étaient plus faibles et ces groupes de poisson connaissaient aussi un taux de mortalité plus faible. Avec l’isolat mi-virulent du virus de l’AIS, le taux de survie était meilleur, avec 87 % pour les poissons d’élevage et 95 % pour les stocks de saumon sauvage en moyenne. Les gènes exprimés dans les branchies des poissons contaminés ont révélé des réponses contre le virus de l’AIS qui ont déjà été observées (Leblanc et al., 2012). La comparaison de l’expression génétique entre les stocks de poissons a révélé des différences dans la résistance au virus de l’AIS. La vitesse d’évolution réelle du virus de l’AIS n’a pas pu être mesurée avec la méthode choisie, c’est-à-dire la méthode de la transcriptase inverse par réplication circulaire, principalement parce que l’ARN viral n’était pas suffisamment abondant comparé à l’ARN hôte. Cette méthode n’est pas recommandée pour les études de l’évolution virale in vivo.

Publications

S.O.

Nom du programme

Programme de recherche sur la réglementation de l'aquaculture (PRRA)

Année

2014 à 2017

Chercheur principal / Chercheurs principaux / Chercheuse principale / Chercheuses principales

Nellie Gagné
chercheuse scientifique, Centre des pêches du Golfe
343, avenue de l'Université, Moncton (Nouveau-Brunswick)
Courriel: Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

Membres de l'équipe

Francis LeBlanc

Mark Laflamme

Gérald Chaput

Steven Leadbeater

John Whitelaw

Partenaires collaboratifs

Mark Hambrook, Miramichi Salmon Association