La recherche sur les maladies à déclaration obligatoire dans le cadre du SLNSAA - agents pathogens des poisons

Le virus de la septicémie hémorragique virale (vSHV) est présent dans tout l'hémisphère nord, en eau douce comme en eau salée. La Station biologique du Pacifique de Nanaimo (C.-B.), qui fait partie du SLNSAA, est le laboratoire de référence national pour cet agent pathogène. Au Canada, le virus a d'abord été décelé uniquement dans les eaux marines et les estuaires des côtes est et ouest. En 2005, il est apparu dans le lac Ontario, dans la région des Grands Lacs. Depuis sa première apparition, le virus est à l'origine d'une mortalité considérable, pour plus de 35 espèces de poissons d'eau douce. La septicémie hémorragique virale est une maladie à déclaration obligatoire au Canada.

Lien vers l'OIE: http://www.oie.int/index.php?id=171&L=1&htmfile=chapitre_vhs.htm

La recherche dans le cadre du PNSAA au subject du vSHV

Mise au point et validation d'un test diagnostique pour le virus de la septicémie hémorragique virale (vSHV)

Un programme de surveillance a été lancé en 2007 dans le bassin des Grands Lacs et le haut Saint-Laurent, par l'Agence canadienne d'inspection des aliments et Pêches et Océans Canada, afin de délimiter la pénétration géographique de ce nouveau virus et d'en prévenir la propagation. Pour faciliter l'exécution de ce programme, le chercheur Kyle Garver a mis au point et validé un test de détection efficace et rapide. Ce test basé sur la génétique (réaction en chaîne de la polymérase quantitative en temps réel à transcription inversée ou vSHV RT-qPCR) s’avère très sensible et précis et permet de procéder en quelques heures au dépistage de la maladie dans un grand nombre d’échantillons.

L’Unité du bioconfinement du Golfe – Laboratoire de la santé des animaux aquatiques (UBG-LSAA) a contribué à la mise au point et à la validation du test diagnostique moléculaire du virus de la SHV en fournissant des tissus de poissons infectés prélevés dans des souches provenant de saumons et de truites, le tout dans des conditions expérimentales contrôlées. Les inoculations d'épreuve sont utiles lorsque les souches du vSHV ne sont pas reconnues au Canada (souches exotiques, etc.). Au Canada, l' UBG-LSAA est le seul laboratoire de recherche sur les animaux aquatiques à pouvoir réaliser des études de provocation sur des agents exotiques. Ce même système expérimental est également utilisé pour évaluer la sensibilité de diverses espèces de poissons à l’infection par le virus de la septicémie hémorragique virale et à la maladie elle-même.

Surveillance de la septicémie hémorragique virale dans les Grands Lacs

En 2007, l'Agence canadienne d'inspection des aliments et Pêches et Océans Canada ont institué un programme de surveillance dans le bassin des Grands Lacs et dans le haut Saint-Laurent, en raison de la mortalité massive alors causée par la SHV. Cette initiative est exécutée de concert avec les États-Unis, où un programme similaire a été entrepris afin d'établir la présence du virus dans les eaux douces à risque élevé et de mieux connaître ses voies de propagation. Cet effort bilatéral permettra de rassembler des données empiriques pour établir l'absence de la maladie dans des régions clés, pour appuyer les mesures de contrôle et pour éviter les perturbations du commerce imputables à ce virus.

Les chercheurs de la Station biologique du Pacifique et du Centre des pêches du Golfe, souhaitant mieux comprendre les propriétés épidémiologiques et l'évolution de cette souche de la SHV, ont collaboré de 2005 à 2008 pour caractériser les variations génétiques des souches virales prélevées dans les eaux marines et les eaux douces nord-américaines. L'équipe scientifique a évalué la pathogénicité de ces variations et a employé une démarche basée sur la génomique pour mieux comprendre la réaction de l'hôte à l'infection, l'évolution de la maladie et le processus de récupération (ou de résistance) dans le cas d'une infection clinique.

Travaux sur la SHV ailleurs au Canada

La SHV, en plus d'être la cause de mortalité des poissons des Grands Lacs, est une menace pour les espèces marines de la Colombie-Britannique. Voulant mieux comprendre l'épidémiologie, l'évolution et la pathogenèse des souches du virus de la SHV dans les milieux aquatiques canadiens, le laboratoire de référence, soit celui de la Station biologique du Pacifique, caractérise les particularités génétiques de chaque isolat et les conserve dans ses archives, afin de surveiller une virulence changeante ou de noter les variations de souche des nouveaux isolats et de les comparer aux apparitions précédentes. Grâce au suivi des types de virus dans les eaux marines de la Colombie-Britannique, on a découvert que les mêmes souches virales se retrouvaient chez les animaux sauvages et d'élevage, ce qui prouve que le virus se transmet des uns aux autres. Ce projet a également révélé que les cas de transmission entre un réservoir marin de poissons sauvages et une population d'élevage étaient épisodiques et ne se soldaient pas par une adaptation de la souche au saumon. Par ailleurs, afin de comprendre la pathogenèse des différentes souches du vSHV selon les espèces de poisson, le programme de virologie de la Station biologique du Pacifique permet d'effectuer des travaux sur des virus actifs dans des conditions de laboratoire contrôlées. Récemment, l'équipe de recherche en virologie a notamment caractérisé la vulnérabilité et la réaction des saumons de l'Atlantique d'élevage aux souches de la SHV présentes dans l'océan Pacifique.

Pour plus d'information: Dépistage et caractérisation de la SHV au Canada

Le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (vNHI) est présent en Europe, au Japon et le long de la côte ouest de l'Amérique du Nord, de la Colombie-Britannique à l'Alaska et même jusqu'à la péninsule du Kamtchatka. C'est un virus qui apparaît naturellement dans les populations sauvages de saumons du Pacifique, où il cause rarement de maladies chez les sujets adultes, mais peut se manifester de façon aiguë chez les alevins et les juvéniles sous des conditions favorables au virus. Le saumon de l'Atlantique est particulièrement vulnérable à ce virus et, depuis l'introduction de l'aquaculture en Colombie-Britannique et dans l'État de Washington, plusieurs infections se sont produites dans les élevages en parcs en filet. La Station biologique du Pacifique, qui fait partie du SLNSAA, est le laboratoire de référence national pour cet agent pathogène. La nécrose hématopoïétique infectieuse est une maladie à déclaration obligatoire au Canada.

Lien vers l'OIE : http://www.oie.int/index.php?id=171&L=1&htmfile=chapitre_ihn.htm

La recherche dans le cadre du SLNSAA au sujet de la nécrose hématopoïétique infectieuse (NHI)

Dans le cadre d'études contrôlées en laboratoire, l'équipe de virologie de la SBP a établi des estimations à l'égard des paramètres essentiels à la dissémination du virus et à la propagation de la maladie depuis des fermes d'élevage de saumons de l'Atlantique. En combinant les estimations relatives à la propagation du virus à des modèles physiques de déplacement des eaux, on a obtenu un outil permettant d'évaluer la dissémination du virus et de prédire avec exactitude, en termes géospatiaux, le risque de transmission du vNHI depuis les élevages en mer. L'équipe de virologie de la SBP a également réalisé des études relativement aux stratégies de prévention et de vaccination (p. ex. le recours au vaccin APEX-IHNMD pour une protection et une prévention accrues contre cette maladie fatale).

Pour plus d’informations au sujet du NHI:

• Principales caractéristiques du virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse chez le saumon atlantique
• Amélioration d’un modèle de dispersion du virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse pour la région des îles Discovery et la côte ouest de l’île de Vancouver
• Nouvelle technique de détection rapide du vNHI

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Le virus de la nécrose pancréatique infectieuse est présent au Canada et s'attaque à une large gamme d'espèces d'eau douce et d'eau salée. L'Institut des eaux douces de Winnipeg (Manitoba), qui fait partie du SLNSAA, est le laboratoire de référence national pour cet agent pathogène. La nécrose pancréatique infectieuse est une maladie à déclaration obligatoire au Canada.

La recherche dans le cadre du SLNSAA au sujet de la nécrose pancréatique infectieuse (NPI)

La scientifique Dr. Sharon Clouthier, de l'Institut des eaux douces (IED)du MPO, a mis au point une nouvelle analyse qPCR par transcription inverse du vNPI et en a validé le rendement en la comparant à celui des essais conventionnels par RT-PCR et par isolement du virus. L'évaluation diagnostique a permis d'établir les critères de rendement du test, dont la reproductibilité en laboratoire et d'un laboratoire à l'autre, de même que la spécificité et la sensibilité. Le protocole du test RT-qPCR sur le virus de la NPI est maintenant employé pour la surveillance, les vérifications par sondage, le soutient d’opérations commerciales et la recherche. C'est aussi un outil fondamental dans les projets de recherche de l'Institut, par exemple celui qui a pour but de caractériser le virus de la NPI dans le Dolly Varden (Salvelinus malma malma), une espèce dont la population de l’ouest de l’Arctique pourrait être visée par la Loi sur les espèces en péril.

Le virus de l'anémie infectieuse du saumon (vAIS) peut entraîner une mortalité massive dans les populations de saumons de l'Atlantique, mais il s'attaque également à d'autres salmonidés. Les poissons infectés montrent des signes d'inflammation du foie et de la rate, des hémorragies, une congestion des organes internes et de l'anémie pouvant fréquemment les mener jusqu'à la mort. Le virus a d'abord été signalé en Norvège, puis plus tard au Canada, aux États-Unis, au Chili et au Royaume-Uni. Au cours des années 1990, il a dévasté les fermes d'élevage du saumon de l'Atlantique de la baie de Fundy; les exploitants ont dû détruire les poissons confinés en parcs et subir d'importantes pertes économiques. Le Centre des pêches du Golfe (CPG) à Moncton (Nouveau-Brunswick), qui fait partie du SLNSAA, est le laboratoire de référence national pour cet agent pathogène. L'anémie infectieuse du saumon est une maladie à déclaration obligatoire au Canada.

Lien vers l'OIE :  http://www.oie.int/index.php?id=171&L=1&htmfile=chapitre_isav.htm

La recherche dans le cadre du SLNSAA au sujet de l'anémie infectieuse du saumon (AIS)

Au Centre des pêches du Golfe de Moncton, au Nouveau-Brunswick, Nellie Gagné, biologiste moléculaire pour le Pêches et Océans Canada, a dirigé l'équipe qui a développé un test diagnostique pour le virus de l’anémie infectieuse du saumon qui permet de détecter dans les poissons ou des échantillons la présence (ou l’absence) d’une portion particulière du code génétique de l’agent pathogène; elle a ensuite validé l'efficacité de l'analyse en collaboration avec Charles Caraguel, du Collège vétérinaire de l’Atlantique de l'Île-du-Prince-Édouard. Grâce à la validation, on sait que le test mesure bien et précisément ce qu'il doit mesurer. Les résultats des travaux de validation – comprenant une modélisation informatique et une complexe analyse statistique de la performance du test par rapport à d’autres – ont révélé que le nouveau test est plus sensible à cet agent pathogène que d’autres tests, ce qui en fait le moyen idéal pour dépister le virus au sein des populations de saumons.

L'évolution de l'anémie infectieuse du saumon dépend étroitement des conditions ambiantes et de la mutation rapide du virus. Les scientifiques du Centre des pêches du Golfe examinent régulièrement les différents isolats du virus dans des tests de provocation contrôlés. Certaines souches du virus causent très peu de mortalités chez le saumon de l'Atlantique, tandis que d'autres entraînent une mortalité élevée, voire une flambée de la maladie. Une meilleure compréhension de la virulence des souches permettra de gérer les flambées de manière plus sophistiquée et plus économe. La réaction immunitaire du saumon de l'Atlantique au virus de l'AIS a également retenu l'attention des scientifiques du Centre, qui l'ont clairement identifiée. Elle offre une protection durable contre la maladie, même dans les formes les plus virulentes du virus.

Une équipe pluridisciplinaire formée de scientifiques du CPG et de l’entreprise Novartis étudie de nouvelles approches pour la vaccination contre le virus de l'AIS. Certaines de ses approches proposent l'utilisation de sous-unités de protéines recombinantes du vAIS combinées in vivo à des protéines de choc thermique de poisson. D'autres consisteraient à injecter un vecteur d'ADN, ce qui représenterait une forme de vaccin faisant appel aux cellules mêmes du poisson. On a mené également des recherches visant à développer une forme nouvelle forme de vaccin fondée sur le mécanisme d’interférence ARN en vertu duquel on transfecte dans les cellules du poisson de petites molécules d’ARN qui servent de guides pour cibler et détruire les pathogènes. Des projets de ce genre aident les scientifiques à mieux comprendre le système immunitaire du saumon de l'Atlantique et pourraient mener à l'amélioration des vaccins.

Pour plus d'information:

• Utilisation de la génomique pour combattre le virus de l'anémie infectieuse du saumon
• Réponse immunitaire du saumon atlantique au virus de l’anémie infectieuse du saumon (vAIS)
• Caractérisation des souches du vAIS dans la baie de Fundy
• Des chercheurs identifient les marqueurs génétiques de la réponse immunitaire au virus de l’anémie infectieuse du saumon
• De nouveaux vaccins recombinants contre le virus de l’anémie infectieuse du saumon (vAIS)
• Impact sur le terrain de différentes souches du vAIS?
• Prévalence de l’AIS et stratégie d’échantillonnage en fonction du stade d’éclosion et du statut de vaccination
• Des chercheurs utilisent des puces à ADN pour révéler la réaction immunitaire à des isolats du vAIS
• Un laboratoire de Moncton valide le dosage pour la détection d'anémie infectieuse du saumon (AIS) et de MSX
• Étude visant à examiner les dimensions historiques et sociales de la science de la salmoniculture
• Modèles de vaccins à ADN contre le virus de l'anémie infectieuse du saumon (VAIS)
• Étude génomique comparative sur le virus faiblement pathogène de l’anémie infectieuse du saumon in vivo
• Mise au point de nouveaux traitements fondés sur l’ARN contre le vAIS
• DNA vaccine models against ISA

Le virus de l'herpèsvirose de la carpe koï peut être à l'origine d'une maladie infectieuse chez la carpe commune (Cyprinus carpio) et de la carpe koï (Cyprinus carpio koi); c'est une maladie à déclaration obligatoire au Canada. Cet agent pathogène s'est répandu dans de nombreux pays, y compris au Canada, en raison du commerce de la carpe koï. L'Institut des eaux douces de Winnipeg (Manitoba), qui fait partie du SLNSAA, est le laboratoire de référence national pour cet agent pathogène.

Lien vers l'OIE: http://www.oie.int/index.php?id=171&L=1&htmfile=chapitre_koi_herpesvirus.htm

La recherche dans le cadre du SLNSAA au sujet de l'herpèsvirose de la carpe koï

La scientifique, Dr. Sharon Clouthier, de l'Institut des eaux douces (IED), a réalisé plusieurs études concernant les différentes présentations de l'herpès virose de la carpe koï. Dans l'un de ces projets, on a modifié le protocole qPCR conçu pour détecter le virus (aussi appelé le CyHV-3) et validé son rendement en le comparant au protocole PCR et à l'isolement du virus. L'évaluation diagnostique permettra d'établir les critères de rendement du test, dont la reproductibilité en laboratoire et d'un laboratoire à l'autre, de même que la spécificité et la sensibilité. La méthode qPCR est actuellement utilisée dans des projets de recherche, notamment pour caractériser le virus détecté chez la carpe commune (Cyprinus carpio) du lac Manitoba, l’endroit ayant fait l’objet d'une flambée de la maladie en 2008.

Dans un autre projet, on a examiné comment employer l'épidémiologie moléculaire pour différencier les souches de virus et, éventuellement, suivre l'acheminement du virus de l'herpèsvirose de la carpe koï (et sa souche CyHV-3) jusqu'au bassin versant du lac Winnipeg. On veut ainsi établir le génotype du virus détecté dans le lac Manitoba et sa relation phylogénique avec d'autres virus de la famille des Alloherpesviridae. La charge virale, la prévalence et la séroprévalence des anticorps du CyHV-3 seront évaluées dans des carpes adultes prélevées un ou deux ans avant la mortalité causée en 2008 par l'herpèsvirose de la carpe koï dans le lac Manitoba. Les résultats de cette recherche permettront peut-être de mieux connaître l'épidémiologie de la maladie dans les populations sauvages de carpe.

Le virus de la virémie printanière de la carpe s'attaque à plusieurs espèces de poissons d'eau douce et a été signalé dans le lac Ontario (au Canada) en 2006. Il est désormais répandu dans de nombreux pays européens et de l'ex-URSS, de même qu'en Chine, en Iran et au Brésil. Le laboratoire du SLNSAA du MPO de Winnipeg (Manitoba), est le laboratoire de référence national pour cet agent pathogène. La virémie printanière de la carpe est une maladie à déclaration obligatoire au Canada.

À la fin juin 2006, on a capturé des carpes communes adultes à Hamilton Harbour (Ontario) afin de les exporter. On était alors à la période du frai et les poissons ne montraient aucun signe clinique de maladie. Avant l'exportation, les poissons devaient être conservés dans un parc terrestre ouvert, pour subir des tests diagnostiques devant signaler des agents pathogènes, à la demande du pays de destination. Les résultats ont démontré que les poissons étaient atteints de la virémie printanière de la carpe. Le virus a été retrouvé dans 18 des 30 échantillons groupés prélevés dans le parc. Dans ces circonstances, l'exportation a été annulée.

Lien vers l'OIE: http://www.oie.int/index.php?id=171&L=1&htmfile=chapitre_svc.htm

On soupçonne depuis longtemps que le virus de l'iridovirose de l'esturgeon blanc est présent au Canada, mais on n'a pas encore de confirmation. L'iridovirose de l'esturgeon blanc est une maladie à déclaration obligatoire au Canada.

La recherche dans le cadre du SLNSAA au sujet des grands virus nucléocytoplasmiques

Les grands virus nucléocytoplasmiques à ADN de l'esturgeon (Acipenseridae), parmi lesquels figure le virus de l'iridovirose de l'esturgeon blanc, faisaient précédemment partie des virus non classés de la famille des Iridoviridae, mais on songe maintenant à les intégrer à la famille des Mimiviridae. La récente description du virus Namao, un nouveau grand virus nucléocytoplasmique de l'esturgeon jaune (Acipenser fulvescens), par Dr. Clouthier et ses collègues de l'Institut des eaux douces, démontre qu'il existe une filiation entre ces virus qui comprennent ceux qui s'attaquent à l'esturgeon et une relation phylogénique avec d'autres virus issus de la variante des grands virus nucléocytoplasmiques. On conçoit actuellement des tests conventionnels et des analyses qPCR pour détecter les virus de la famille des Mimiviridae qui s'attaquent à l'esturgeon et pour en établir la répartition et la prévalence dans les populations d'esturgeons jaunes en Alberta, en Saskatchewan, au Manitoba et en Ontario. L'analyse continue de la séquence du génome du virus permettra d'en savoir plus sur son origine et son évolution.

Le parasite multicellulaire microscopique Ceratomyxa shasta s'attaque au saumon et à la truite. On sait qu'il est présent uniquement sur la côte ouest de l'Amérique du Nord et qu'il a besoin d'un hôte invertébré pour compléter son cycle de vie. Cet hôte est un ver polychète qui loge dans les sédiments de cours d'eau et duquel émane le parasite au stade où il peut infecter le poisson en eau douce. L'infection peut persister après la migration du saumon vers l'océan. Le parasite apparaît d'abord dans l'intestin du poisson, mais dans les cas graves il peut se propager à plusieurs autres organes. Le poisson infecté peut prendre une coloration plus foncée, avoir moins d'appétit et nager plus lentement. Éventuellement, lorsque l'infection est grave, l'abdomen est distendu et les yeux sont exorbités. Il semble que tous les salmonidés sont vulnérables, mais la gravité de la maladie et la mortalité dépendent d'un certain nombre de facteurs, dont l'âge et la dose infectieuse. Les saumons qui proviennent de cours d'eau où la cératomyxose est endémique semblent mieux résister à l'infection que ceux qui sont issus de rivières où le parasite est absent. Le scientifique, M. Simon Jones, de la Station biologique du Pacifique étudie actuellement les variations entre les souches de Ceratomyxa shasta avec des collègues américains. La cératomyxose est une maladie à déclaration obligatoire au Canada.