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Recherche en génomique

Découvrez la recherche, la stratégie, les initiatives et les projets en matière de génomique.

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À propos de la recherche en génomique

La génomique est la science qui étudie :

  • les séquences d'ADN
  • les fonctions des dizaines de milliers de gènes présents dans les organismes vivants
  • la complexité de leurs multiples interactions

À Pêches et Océans Canada (MPO), la recherche en génomique établit la base de connaissances scientifiques et l'expertise nécessaires au soutien de la gestion des pêches et des océans.

La recherche en génomique produit :

  • des documents techniques et des chapitres d'ouvrage
  • de l'information scientifique et des publications évaluées par des pairs
  • des connaissances qui sont utilisées pour la rédaction d'avis scientifiques par :
    • le Secrétariat canadien de consultation scientifique
    • d'autres processus consultatifs

L'ensemble de ces activités vise à garantir à nos décideurs un accès à des :

  • connaissances en génomique
  • avis pour la gestion des pêches et des océans

Stratégie de recherche et développement

Au moyen de notre Stratégie de recherche et développement en biotechnologie et génomique aquatiques, la recherche en génomique fait progresser les responsabilités du Canada en ce qui a trait :

  • aux espèces en péril
  • à la gestion des pêches
  • aux écosystèmes aquatiques
  • à la surveillance de l'habitat du poisson
  • à la durabilité des pêches et de l'aquaculture

Dans le cadre de cette stratégie, les principaux thèmes de la recherche en génomique comprennent :

  • la santé des animaux aquatiques
  • la santé des écosystèmes aquatiques
  • l'établissement de profils des ressources aquatiques

Cette stratégie axée sur les écosystèmes et les organismes aquatiques est harmonisée de façon stratégique avec les responsabilités du Canada en ce qui a trait :

  • à la durabilité de l'environnement
  • au soutien scientifique apporté aux décisions en matière de réglementation et de politique
  • à l'utilisation de technologies de pointe au sein des ministères fédéraux à vocation scientifique afin de leur permettre de gérer les diverses activités humaines qui ont lieu dans les eaux canadiennes

Initiative de recherche et développement

Notre recherche en génomique est appuyée par l'Initiative de recherche et développement en génomique du Canada. Par l'intermédiaire de l'Initiative, nous recevons à l'heure actuelle un financement de 2,3 millions de dollars sur 3 ans pour des projets de recherche contribuant à l'exécution de notre mandat.

De plus, nous recevons un financement pour la recherche collaborative interministérielle sur la quarantaine et les espèces envahissantes. Il s'agit d'un nouveau projet prioritaire commun fédéral de la phase V de l'Initiative.

Avantages de la génomique

La recherche en génomique contribue de façon importante à la gestion des pêches et des océans. Les outils de génomique peuvent identifier avec certitude des espèces similaires et déterminer la population ou le stock d'origine des poissons. Ils nous aident à trouver des réponses aux questions qui sont impossibles à répondre au moyen des seuls outils scientifiques classiques, par exemple :

  • l'espèce de ce poisson
  • à quelle population ou quel stock il appartient

L'utilisation de ces outils dans le cadre de la gestion des pêches aux stocks mélangés augmente l'efficacité de la conservation des salmonidés menacés en :

  • permettant la récolte durable de stocks plus abondants
  • réduisant les prises accessoires de poissons de stocks menacés

Il est important de précisément identifier le poisson pour :

  • conserver et protéger :
    • les espèces en péril
    • la biodiversité aquatique
    • les stocks de poissons vulnérables
  • garantir la durabilité de pêches commerciales importantes
  • établir de nouvelles pêches émergentes pour les espèces non exploitées traditionnellement et souvent mal comprises

Ces données nouvelles permettent aux scientifiques d'évaluer les répercussions sur le poisson :

  • des activités humaines
  • du changement climatique
  • d'autres changements environnementaux

Cela comprend l'application de méthodes novatrices à diverses questions, telles que :

  • l'amélioration de la productivité des stocks de reproduction en aquaculture
  • le développement de vaccins contre les maladies des animaux aquatiques au moyen du génome de l'agent pathogène
  • obtenir des renseignements sur les changements de la structure des stocks et de la diversité génétique, en utilisant des marqueurs moléculaires dans l'analyse de matériel archivé, y compris :
    • des écailles et des otolithes
    • une structure calcaire de l'oreille interne habituellement échantillonnée afin de déterminer l'âge

Projets actuels de recherche en génomique

Nous avons réalisé un processus concurrentiel pour allouer le financement des projets de recherche en génomique de la cinquième phase de l'Initiative de recherche et développement en génomique. Cette phase a eu lieu d'avril 2011 à mars 2014.

Ce processus a conduit à la mise en place de 8 projets, dont :

  1. Jean-Marie Sévigny :
    • limites des aires de répartition du sébaste (Sebastes mentella) chevauchant les zones de l'Organisation des pêches de l'Atlantique Nord-Ouest (sous-zones 0, 1 et 2 et divisions 3KLMNO) et de la Commission des pêches de l'Atlantique Nord-Est (sous-zones XII et XIV du Conseil international pour l'exploration de la mer) selon les analyses génétiques des otolithes archivés
  2. Ian Bradbury et Claudio DiBacco :
    • découverte et établissement rapides d'une cartographie génétique des polymorphismes mononucléotidiques à l'aide de la prochaine génération de séquençage de l'ADN associé aux sites comportant des restrictions : promotion des outils et de l'expertise requis pour assurer la gestion axée sur la génomique des organismes marins modèles et non modèles
  3. Ian Bradbury et Patrick O'Reilly :
    • création de marqueurs génétiques moléculaires qui serviront à mener des enquêtes concernant la sélection et l'utilisation d'origine climatique dans l'analyse des stocks à constitution génétique mixte du saumon de l'Atlantique vivant dans l'Atlantique Nord-Ouest
  4. Corey Morris, John Brattey, Robert Gregory et Ian Bradbury :
    • méthode génomique et télémétrique visant à mesurer la structure des populations de morues et sa pertinence quant à l'efficacité des aires marines protégées
  5. Kyle Garver :
    • caractérisation de l'état de porteur du virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse chez les saumons rouges à l'aide d'outils génomiques
  6. Kristi Miller :
    • caractérisation génomique des saumons sauvages dont la physiologie est compromise
  7. Jim Reist :
    • utilisation de la génomique des poissons de l'Arctique en tant qu'indicateur de l'intégrité et du changement de l'écosystème
  8. Nellie Gagné, Mark Laflamme, Francis Leblanc et Brian Glebe :
    • étude génomique comparative de la souche hpr0 du virus non pathogène de l'anémie infectieuse du saumon in vivo

Des projets de recherche en génomique sont réalisés de façon active dans 6 régions. Deux d'entre eux sont menés en collaboration par la région des Maritimes et la région de Terre-Neuve-et-Labrador.

Ces projets impliquent une étroite collaboration avec des chercheurs :

  • du MPO
  • des universités
  • d'autres organismes gouvernementaux

Nos ressources et celles d'autres organismes ont été utilisées avec succès dans le cadre de ces projets, permettant ainsi d'égaler essentiellement le montant que nous avons alloué à l'Initiative.

Projets de solutions à incidence élevée

L'Initiative de recherche et développement en génomique cherche à apporter des solutions à incidence élevée à des problèmes reconnus comme étant une priorité commune grâce à :

  • une intégration horizontale
  • des collaborations fructueuses entre les ministères et les organismes fédéraux

Nous contribuons actuellement à la recherche interministérielle pour la protection de la biodiversité canadienne et des échanges commerciaux contre les retombées des changements mondiaux. Nous y arrivons en augmentant notre capacité de surveiller les espèces exotiques envahissantes et de les mettre en quarantaine.

Ces 4 projets comprennent :

  1. Sous-projet 1 : Optimisation et normalisation des procédés d'extractions d'acides nucléiques
    • Mark Laflamme
    • Sujet 1.1 : Étudier les spécimens dans les collections de référence
  2. Sous-projet 2 : Identifier, à l'aide de codes à barres, les espèces aquatiques envahissantes qui présentent le plus grand risque pour la faune indigène et le commerce au Canada (Cathryn Abbott – chef de sous-projet)
    • Nellie Gagné et Nicholas Mandrak
      • Sujet 2.1 : Envahisseurs représentant le plus grand risque pour les aliments vivants et le commerce des espèces d'aquarium
    • Cathryn Abbott et Tom Therriault
      • Sujet 2.2 : Invertébrés aquatiques envahissants représentant le plus grand risque pour les voies de transport maritime
    • Gary McClelland
      • Sujet 2.3 : Parasites aquatiques envahissants représentant le plus grand risque

Exemples de réussite en matière de recherche génomique

Les résultats de notre recherche en génomique sont disponibles dans :

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