Conception d'un outil génomique (FIT-CHIP) pour l'obtention d'informations sur la santé du saumon en cours de saison

Description

Le changement climatique, les défis liés à l'hérédité, l'instabilité écologique et la maladie sont tout autant d'agents de stress qui perturbent les populations de saumons sauvages de la côte Ouest du Canada. Ce projet se penchera sur l'état physique des populations sauvages en concevant une série de « FIT-CHIP » qui serviront à prédire la condition du saumon. Ce système est caractérisé par une grande souplesse d'utilisation; il est facile de modifier les marqueurs biologiques en fonction de l'état de stress ou d'autres états conditionnels propres à certains stades de vie ou encore à des environnements ou à des tissus différents. La FIT-CHIP serait utile à bon nombre d'utilisateurs finaux (dont les secteurs de la gestion des pêches et de l'aquaculture, les organisations non gouvernementales pour la protection de l'environnement et les laboratoires de recherche universitaires) et peut être adaptée aux besoins de chacun d'entre eux. Cet outil de collecte d'information sur la santé du saumon en cours de saison représente la première méthode de ce genre qui s'intègre au processus de prise de décisions relatives à la gestion du saumon.

D'abord, une recherche textuelle balaiera des résumés d'articles et des articles complets afin d'y repérer les associations entre des noms de protéines (biomarqueurs) et des agents de stress. L'exploration de données se poursuivra ensuite dans des bases de données énormes regroupant des douzaines d'études ayant eu recours à l'implantation de plus de 4 900 puces à ADN ^{Note de bas de page 1} sur des saumons appartenant à trois espèces différentes (saumon quinnat, saumon rouge et saumon coho) et en consultant une soixantaine d'études disponibles au public employant des puces à ADN dans le cadre de tests de provocation sur les agents de stress menés auprès de plusieurs espèces de saumon différentes. L'objectif final est de cerner les biomarqueurs qui prédisent la présence d'agents de stress ou de conditions données et qui serviront à la conception d'un outil (FIT-CHIP) détectant rapidement et à peu de frais la présence de plusieurs conditions ou agents de stress au sein d'un groupe de poissons. Des tests seront mis au point et s'appliqueront aux trois espèces et, de préférence, au saumon de l’Atlantique et à la truite arc-en-ciel. Il est prévu que cinq FIT-CHIP soit conçues dans le cadre de ce projet.

Titre du projet scientifique :

Support bio-informatique pour la conception de FIT-CHIP à des fins commerciales et de gestion du saumon

Nom du programme

Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG)

Année

2014 - 2017

Chercheur principal / Chercheurs principaux / Chercheuse principale / Chercheuses principales

Dr. Kristi Miller-Saunders
responsable de projet – Pêches et Océans Canada

Paul Pavlidis
Université de la Colombie-Britannique