Description génétique d'un nouveau virus du saumon rouge et son lien avec un signe de décès prématuré précédemment découvert (signature associée à la mortalité [SAM])

Description

L'un des principaux objectifs de cette recherche de déterminer les états conditionnels du saumon sauvage migrateur pouvant être associés à un faible rendement lorsque les saumoneaux passent dans l'océan et que les adultes migrent vers les cours d'eau douce pour frayer. Suivant ce thème, une recherche interne à grande échelle en génomique a permis de découvrir une signature génomique répandue et puissante (SAM) chez le saumon rouge adulte dans le fleuve Fraser. Cette signature est observable chez le saumon qui affiche une réaction à une infection virale, et les données accumulées jusqu'à maintenant démontrent une répercussion négative sur la survie du saumon qui porte cette signature. Cela n'est peut-être qu'une coïncidence, mais un nouveau parvovirus dans les tissus hépatiques des saumoneaux et des adultes qui portent cette signature a récemment été découvert. L'application de marqueurs moléculaires à ce virus montre qu'il ne provient pas des populations de saumon rouge et que sa présence reflète celle observée de la signature génomique. Ce projet vise à caractériser ce virus et son lien avec la signature génomique, à établir l'infectiosité et la transmission, à évaluer la fréquence et la répartition selon les étapes du cycle biologique, les stocks, les espèces et les années, et à déterminer son rôle potentiel sur le déclin du saumon.

Les chercheurs ont défini plusieurs objectifs de projet liés à la description du nouveau parvovirus récemment découvert et de sa relation avec la signature associée à la mortalité. Premièrement, l'équipe a testé la théorie selon laquelle la SAM est causée par un nouveau virus inconnu. Deuxièmement, les chercheurs ont tenté de décrire pleinement le code génétique du nouveau parvovirus et sa capacité à se combiner à d'autres virus auxiliaires. Le troisième objectif était de déterminer la répartition naturelle du parvovirus du saumon (et/ou d'autres virus découverts lors de l'analyse) dans de nombreuses espèces de salmonidés et de nombreux stocks en vue d'obtenir de l'information sur les origines potentielles du virus. Quatrièmement, les chercheurs ont tenté de déterminer si le virus pouvait causer des maladies et la mortalité chez les saumons sauvages et, le cas échéant, dans quelles conditions. Enfin, le dernier objectif était de déterminer le rôle potentiel du parvovirus (et/ou d'autres nouveaux virus découverts dans le cadre de l'étude) et de la SAM par rapport au déclin de plusieurs espèces de saumon.

Résultats : On a exposé des tacons de saumon rouge (juvéniles) au virus afin d'établir s'il était infectieux. Après trois mois, aucune mortalité n'a été observée, mais on a remarqué que le virus n'avait peut-être pas complété un cycle d'infection complet lorsque les juvéniles deviennent des saumoneaux (passent au prochain stade du cycle biologique) et migrent vers la mer. Le foie semblait être le principal tissu infecté, montrait des signes précoces de détection et présentait la plus grande quantité de virus parmi tous les tissus.

Autres résultats importants :

• La séquence génétique complète du virus a été obtenue à partir de deux échantillons prélevés lors de l'étude réalisée sur les tacons. La structure du virus était similaire à celle d'autres parvovirus qui infectent les mammifères et les oiseaux.
• Lorsque l'on a tenté d'établir une corrélation entre l'existence du parvovirus et la signature génomique dans plusieurs tissus, le foie montrait une corrélation positive, mais non parfaite lors des premières analyses. Aucune corrélation significative n'a été observée dans le cerveau et les tissus branchiaux. À l'heure actuelle, la théorie est que ce nouveau parvovirus n'est pas à l'origine de la SAM.
• Cette recherche a démontré que le parvovirus visait presque exclusivement le saumon rouge. Un échantillon de saumon de l’Atlantique et de saumon quinnat a été exposé au virus et les données laissent croire qu'aucune de ces deux espèces n'y est très vulnérable.
• Dans une étude sur les montaisons de saumon rouge dans le fleuve Fraser, le parvovirus se trouvait parmi les microbes qui infectent le plus souvent le tissu hépatique.
• L'étude n'a pas permis de démontrer un lien direct entre la présence du parvovirus et les maladies chez le saumon rouge.
• On a observé que la quantité de virus dans les tissus branchiaux peut varier, mais que le virus ne se réplique pas activement.

Titre du projet scientifique :

Caractérisation génomique des saumons sauvages dont la physiologie est compromise

Nom du programme

Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG)

Année

2011 - 2014

Chercheur principal / Chercheurs principaux / Chercheuse principale / Chercheuses principales

Dr. Kristi Miller