Utilisation d'une approche génomique pour expliquer les différences génétiques entre les différentes populations de sébaste

Description

Il importe d'identifier les stocks de sébaste qui disposent d'un éventail de stratégies d'adaptation à l'environnement afin de prévoir l'état des stocks, d'établir des priorités de conservation et de mettre en œuvre de meilleures pratiques de gestion à long terme. Au cours des 15 dernières années, les marqueurs génétiques neutres, soit la portion de l'ADN qui ne donne pas d'indication sur la capacité d'adaptation d'une espèce, ont été utiles aux fins d'identification des différentes espèces de sébaste et de la définition des structures de stocks au sein de ces espèces à diverses échelles géographiques dans les eaux de l'Atlantique Nord-Ouest. Toutefois, des études récentes indiquent que les populations de sébaste présentent des différenciations génétiques qui laissent entendre que la capacité d'adaptation (l'évolution adaptative) joue un rôle crucial dans l'établissement de la structure des populations de l'Atlantique Nord-Ouest. L'objectif de ce projet est de cerner les mécanismes adaptatifs qui aident à structurer et à maintenir la diversité génétique des populations de sébaste du Canada atlantique, tout en comblant les lacunes dans les connaissances sur la structure des populations de sébaste.

Ce projet adoptera l'approche génomique de séquençage au moyen de marqueurs radioactifs afin de découvrir et de définir des milliers de marqueurs génétiques (polymorphisme mononucléotidique, ou SNP) dans l'ensemble du génome du sébaste. Cette approche génomique présente deux importants avantages comparativement aux marqueurs habituellement utilisés pour l'étude des populations de sébaste. D'abord, les SNP ne sont pas nécessairement neutres, et permettent donc de mesurer plus précisément le degré de variation adaptative. De plus, le fait de connaître la position des informations génétiques dans le génome permettra aux chercheurs de détecter plus facilement les différences qui existent entre les populations.

Titre du projet scientifique :

Intégration de renseignements neutres et liés à la génétique adaptative pour le traitement des lacunes dans les connaissances concernant la structure de la population de sébaste (Sebastes sp.) et ses mécanismes sous-jacents dans le Canada atlantique : une approche génomique de génotypage par séquençage des SNP

Nom du programme

Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG)

Année

2014 - 2017

Chercheur principal / Chercheurs principaux / Chercheuse principale / Chercheuses principales

Yvan Lambert
responsable du projet

Rick Rideout

Don Power

Éric Parent

Jean-Marie Sévigny
Pêches et Océans Canada