Utilisation d'une approche génomique pour identifier les individus des populations de saumon quinnat

Description

Les données nécessaires à l'estimation du taux de mortalité au sein de chacune des populations de saumon du Pacifique proviennent actuellement du programme de micromarque magnétisée codée. Toutefois, des préoccupations ont été exprimées relativement au fait que, sous sa forme actuelle, le programme géré par Pêches et Océans Canada (MPO) pour l'évaluation des populations de saumon quinnat n'est plus viable financièrement et que certaines décisions concernant la gestion des pêches requièrent des informations d'une plus grande précision que celles fournies par le programme. La prochaine génération de technologie de séquençage de l'ADN (c.-à-d. la détermination du séquençage génétique) afin d'obtenir le génotype d'un individu, une méthode parfois employée pour « marquer » la progéniture du cheptel reproducteur d'une écloserie, apportera des changements radicaux aux techniques utilisées aux fins de surveillance des habitudes migratoires et des montaisons du saumon quinnat. Cette forme de marquage en fonction des parents pourrait se substituer au programme de micromarque magnétisée codée du saumon quinnat; le cas échéant, elle permettrait au MPO de réaliser des économies substantielles.

L'utilisation du code de certains marqueurs génétiques (polymorphisme touchant un nucléotide unique, ou SNP) est une technique fort utile pour l'identification génétique des individus au sein d'un stock de saumon. En 2013, puis en 2014, on a procédé au prélèvement d'échantillons sur le cheptel reproducteur de toutes les écloseries de saumon quinnat ayant recours à des micromarques magnétisées codées (approximativement 10 000 individus répartisentre 10 installations, et 300 SNP ont été pris chaque année). Le projet vise d'abord à élaborer un test moléculaire unique qui servirait à déceler tous les SNP connus. L'objectif second consiste à appliquer ce test de détection des SNP dans toutes les écloseries où des échantillons ont été obtenus. La justesse de l'identification sera évaluée au moyen de l'échantillonage des saumons quinnats qui remontent aux écloseries en 2015, et de poissons plus âgés les années suivantes. En cas de réussite, il ne serait alors plus nécessaire de récupérer les têtes des saumons portant une micromarque magnétisée codée pour déterminer l'année et l'endroit où ils ont été libérés, ce qui serait très avantageux pour l'industrie. Cela permettrait également d'évaluer la progéniture issue de croisements parentaux particuliers, ce qui fournirait un indicateur de la santé des parents au sein du cheptel reproducteur.

Titre du projet scientifique :

Marquage en fonction des parents pour le saumon quinnat

Nom du programme

Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG)

Année

2014 - 2017

Chercheur principal / Chercheurs principaux / Chercheuse principale / Chercheuses principales

Dr. Terry Beacham
responsable de projet

Dave Willis

Cheryl Lynch
Pêches et Océans Canada