Identifier les saumons de l'Atlantique d'élevage qui se sont échappés et les hybrides au moyen d'une approche génomique

Description

La pisciculture du saumon de l’Atlantique a explosé vers la fin des années 1960; elle a depuis gagné de nouvelles zones géographiques (p. ex., Terre-Neuve-et-Labrador) et a donné lieu à l'utilisation de souches obtenues par élevage sélectif en Amérique du Nord comme en Europe. Cette expansion a entraîné un risque accru d'évasion des saumons d'élevage, ce qui pourrait avoir une incidence sur la diversité des populations de saumon sauvage de l'Atlantique. Ce projet tentera de cerner et d'appliquer des groupes ciblés de marqueurs génétiques qui permettront de quantifier l'incidence génétique des saumons d'élevage fugitifs sur les populations sauvages, de même que la fréquence des croisements en milieu sauvage. Cette proposition répond directement aux besoins du client et constitue une première étape du recensement des répercussions des interactions entre les saumons d’élevage fugitifs et les saumons sauvages des eaux canadiennes de l'Atlantique et des stratégies d'atténuation.

Travaux : Ce projet donne suite à des travaux antérieurs qui ont permis d'acquérir de l'expertise dans la mise au point de marqueurs génomiques chez les espèces non modèles. Cette proposition vise à quantifier les conséquences de l'évasion des saumons d'élevage pour les populations sauvages par les moyens suivants :

1. combiner les données génomiques existantes aux méthodes de séquençage modernes afin de créer un groupe de marqueurs génétiques (polymorphisme touchant un nucléotide unique, ou SNP) permettant d'identifier rapidement et avec certitude les saumons d'élevage fugitifs, y compris toutes les souches actuellement utilisées ou dont l'utilisation est envisagée dans les élevages de l'Atlantique canadien;
2. utiliser cet outil de détection génomique afin de quantifier rapidement et précisément la présence des saumons fugitifs et des jeunes hybrides dans les milieux sauvages des régions de Terre-Neuve-et-Labrador et des Maritimes.

Titre du projet scientifique :

Examen génomique préalable rapide des saumons de l'Atlantique d'élevage fugitifs et des hybrides grâce au site de restriction associé séquençage de l'ADN et à une série dynamique nanofluidique à haut débit

Nom du programme

Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG)

Année

2014 - 2017

Chercheur principal / Chercheurs principaux / Chercheuse principale / Chercheuses principales

Dr. Ian Bradbury
responsable de projet

Lorraine Hamilton

Geoff Perry
Pêches et Océans Canada