Utilisation de la génétique pour tester la théorie selon laquelle 1) la mortalité du saumon de l'Atlantique en mer est liée aux changements climatiques et 2) la pêche de subsistance a un impact sur le rétablissement des populations de saumon de l'Atlantique

Description

La majorité des populations de saumon de l'Atlantique Nord-Ouest sont menacées ou en voie d'extinction et il est essentiel d'estimer l'impact des changements climatiques et des pêches de subsistance pour pouvoir élaborer des stratégies de reconstruction et des programmes de rétablissement. Grâce à l'identification des gènes associés aux changements climatiques et à l'adaptation génétique chez le saumon de l'Atlantique, ces travaux ont permis de découvrir le rôle global des changements climatiques dans le déclin de l'espèce, l'importance de la sélection génétique et le potentiel d'adaptation aux impacts des changements climatiques sur la santé du saumon (en particulier la tolérance à la chaleur). Ce projet a également permis de quantifier l'exploitation de certaines populations dans les pêches de subsistance du saumon de l'Atlantique dans l'Atlantique Nord-Ouest. La combinaison de marqueurs moléculaires précis à des approches statistiques spécifiques a offert une occasion unique d'explorer la composition des prises, les mouvements et la mortalité du saumon de l'Atlantique dans les eaux canadiennes.

Étant donné que l'objectif de cette recherche était directement lié à la protection des stocks de saumon de l'Atlantique contre les effets des changements climatiques et des pêches de subsistance, il est devenu primordial de déterminer en premier lieu les marqueurs génétiques qu'il serait préférable d'employer. L'étude de toutes les données disponibles (notamment la littérature publiée et les séquences d'ADN mises à la disposition du public) a permis de vérifier les marqueurs ADN (microsatellites) qui sont le plus souvent associés à des gènes de tolérance à la chaleur (qui indiquent la capacité de l'espèce à s'adapter à des eaux qui se réchauffent). L'utilisation de marqueurs déjà existants et choisis en fonction de leur association à des réponses immunitaires a également aidé les chercheurs à vérifier l'existence d'une sélection génétique dans les six populations de saumon de l'Atlantique. Des marqueurs neutres (non associés à des gènes), qui représentaient la répartition de l'espèce dans l'Atlantique Ouest, ont été utilisés afin d'estimer la proportion des stocks présents dans les prises mixtes dans les eaux entourant Terre-Neuve-et-Labrador.

Résultats : On a identifié vingt marqueurs candidats correspondant au groupe de tolérance à la chaleur en vue des travaux et analyses ultérieurs. Les travaux sur le groupe de marqueurs de tolérance à la chaleur continue, tandis que le groupe de réponse immunitaire a été mis en évidence et appliqué à tous les échantillons de population de saumons de l'Atlantique prélevés à Terre-Neuve-et-Labrador et dans les Maritimes. Des tests de mise en évidence d'une sélection chez les saumons de l'Atlantique débuteront dès que les données provenant des marqueurs de tolérance à la chaleur seront disponibles. Par le fait même, toutes les analyses des échantillons provenant des pêches de subsistance du Labrador et de Saint-Pierre et Miquelon sont terminées. Elles ont permis de détailler l'exploitation associée à la pêche de subsistance de 12 regroupements régionaux de populations de saumons d'Amérique du Nord dans les prises du Labrador dans un article publié dans le Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences (disponible en anglais seulement).

Titre du projet scientifique :

Création de marqueurs génétiques moléculaires qui serviront à étudier la sélection génétique induite par le climat et son utilisation dans l'analyse génétique du stock mélangé de saumon de l'Atlantique vivant dans l'Atlantique Nord-Ouest

Nom du programme

Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG)

Année

2011 - 2014

Chercheur principal / Chercheurs principaux / Chercheuse principale / Chercheuses principales

Dr. Ian Bradbury

Dr. Patrick O’Reilly