Utilisation de la génomique pour développer les connaissances d'une souche non toxique (avirulente) de l'anémie infectieuse du saumon
Description
Depuis la première identification du virus de l'anémie infectieuse du saumon (AIS), diverses souches présentant des niveaux de virulence (toxicité) variables ont été découvertes. On trouve à la fois des souches essentiellement avirulentes, par exemple de type HPR0, et des souches hautement virulentes comme la HPR4, ainsi que de nombreux types de souches de virulence intermédiaire. Ce projet de recherche repose sur l'idée que la souche HPR0 du virus de l'anémie infectieuse du saumon peut être transmise dans une population et créer un état semblable à celui de l'« immunité collective », où le poisson exposé à la souche HPR0 du virus de l'anémie infectieuse du saumon est naturellement immunisé contre des souches plus virulentes, réduisant ainsi le risque d'épidémies de la maladie. Ce projet consistait à contaminer des saumons avec la souche HPR0 du virus de l'anémie infectieuse du saumon et à étudier la réaction immunitaire au point d'infection (branchies), la transmission dans une population, la persistance virale et la résistance du poisson à une exposition ultérieure à des formes virulentes du virus de l'anémie infectieuse du saumon. Ce travail visait également à mieux faire connaître différentes techniques permettant de révéler la présence du virus, notamment des possibilités de détection non létales par l'intermédiaire des branchies, étant donné que les méthodes actuelles reposent uniquement sur la destruction du poisson et la mesure de la quantité de virus dans les tissus.
Étant donné qu'il n'est pas possible de développer le virus HPR0 à l'aide de cultures cellulaires traditionnelles, il a fallu élaborer un modèle pour procéder à une infection par la souche HPR0 du virus de l'anémie infectieuse du saumon. La mesure de la persistance du virus HPR0 et sa distribution dans les tissus serait menée par la suite. Il restait encore à déterminer le tissu idéal pour la détection (branchies, rein ou autres tissus), puis à tenter de vérifier la réaction génétique, au niveau cellulaire, des tissus branchiaux du saumon à la souche HPR0. Comme la souche HPR0 du virus de l'anémie infectieuse du saumon ne détruit pas les cellules dans une culture, contrairement à d'autres souches de ce virus, une telle étude permettrait de mieux connaître le processus de mort cellulaire provoqué par les souches du virus de l'anémie infectieuse du saumon. Les travaux devaient ensuite se poursuivre avec l'étude du potentiel infectieux de la souche HPR0, en exposant des saumons non contaminés à d'autres poissons dont on savait qu'ils étaient contaminés par la souche HPR0. Enfin, la recherche devait se concentrer sur les poissons déjà contaminés par la souche HPR0 afin d'établir s'ils pouvaient ou non résister à une exposition à la souche virulente HPR4 du virus de l'anémie infectieuse du saumon (test d'immunité).
Résultats : L'essai initial d'infection par la souche HPR0, en utilisant un tissu branchial contaminé provenant d'une source locale, a été un échec, car la présence du virus dans le poisson contaminé dans le cadre de l'expérience n'a pas pu être confirmée. Pour procéder à un autre essai, on a obtenu un échantillon plus important de poissons vivants auprès d'une écloserie où sévissait une épidémie de la souche HPR0 de l'anémie infectieuse du saumon. Le taux de mortalité chez ces poissons exposés à la souche HPR0 a atteint 50 % lorsqu'ils ont été confrontés à des poissons contaminés par la souche HPR4. Par conséquent, on pense que bien qu'il soit probable que la plupart de ces poissons aient été exposés à la souche HPR0, ceux qui ont survécu sont seulement ceux qui présentaient une infection généralisée, c'est-à-dire seulement ceux qui présentaient une immunité. Un groupe de poissons a été testé à l'aide d'une signature génomique. L'analyse des données est toujours en cours, mais un écart statistique significatif entre les animaux (ceux qui présentaient une réaction caractéristique d'immunité active contre le virus de l'anémie infectieuse du saumon par rapport à ceux qui ne présentaient aucune réaction) indiquerait un lien possible avec l'immunité à la souche HPR0; une exploration supplémentaire serait nécessaire.
Pour optimiser l'utliisation du temps et du financement dont on disposait du fait des problèmes liés à l'acquisition initiale du virus HPR0, l'équipe de recherche a choisi un autre essai dans lequel elle a évalué la virulence de trois nouvelles souches (NS1, NS2, NL1) impliquées dans les épidémies virales de 2012 par rapport à celle de la souche HPR4. Des techniques génomiques de nouvelle génération ont été utilisées pour évaluer la réaction des saumons à une infection à l'anémie infectieuse du saumon et pour obtenir le code génétique complet de chaque souche d'anémie infectieuse du saumon. La quantité de virus dans les tissus des saumons contaminés a fourni une indication de la progression du virus (les branchies sont contaminées en premier, puis le sang et les reins). D'après les résultats, il semble qu'à long terme, le sang reste une bonne source de détection de porteur non létal. On a ensuite exposé les poissons qui se sont rétablis à des poissons non contaminés en vue de déterminer leur état infectieux et leur éventuel statut de porteur du virus. Bien que le virus ait été à peine décelable dans une petite proportion de poissons après le rétablissement, les nouveaux poissons ont rapidement été contaminés. Des échantillons de branchies ont été sélectionnés pour effectuer des tests supplémentaires visant à évaluer la réaction dans les tissus pendant la phase initiale de l'infection et à comparer les groupes de poissons les plus résistants. L'analyse des données est en cours.
Titre du projet scientifique :
Étude génomique comparative de la souche hpr0 du virus non pathogène de l'anémie infectieuse du saumon (AIS) in vivo
Nom du programme
Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG)
Année
2011 - 2014
Chercheur principal / Chercheurs principaux / Chercheuse principale / Chercheuses principales
Nellie Gagné
chef de projet
Francis Leblanc
Brian Glebe
- Date de modification :