Évaluation de la viabilité des dispositifs portatifs de détection de l’ADN environnemental
Description
Filtration d'eau pour l'échantillonnage ADN environnementale. © Justin Shead, Pêches et Océans Canada.
Unité d'analyse portable de l’ADN environnementale. © Robert Bajno, Pêches et Océans Canada.
L’analyse de l’ADN environnemental est devenue un moyen efficace de détecter la présence de différentes espèces dans les milieux aquatiques, et un outil important pour gérer les espèces envahissantes et les espèces en péril. Les améliorations permanentes des techniques d’analyse de l’ADN ont débouché sur des dispositifs portatifs de PCR quantitative (qPCR) permettant de détecter, d’identifier et de quantifier l’ADN environnemental sur le terrain. Ces appareils réduisent la durée de l’acquisition de données en éliminant la nécessité de transporter les échantillons, ce qui accélère la production de renseignements essentiels et permet aux décideurs d’intervenir rapidement au besoin. Grâce au financement de l’IRDG, les scientifiques du MPO ont élaboré des protocoles pour les espèces aquatiques d’intérêt et sont en train d’intégrer cette technologie utile de détection dans les programmes de recherche et de surveillance des ressources au Canada.
Ce projet utilisera des appareils portatifs d’analyse de l’ADN environnemental pour déceler la présence de moules zébrées dans des écosystèmes d’eau douce du Manitoba. Les moules zébrées sont une espèce envahissante prolifique qui a des impacts économiques et écologiques importants et s’est établie dans l’est du Canada et les Grands Lacs laurentiens. Sa migration vers l’Ouest est très préoccupante pour les provinces des Prairies et nos parcs nationaux. L’utilisation d’appareils portatifs de détection de l’ADN environnemental permettra de surveiller de vastes zones sans dépendre entièrement d’un système de laboratoires de diagnostic et de réduire ainsi les coûts d’acquisition de données essentielles. Une fois que nous aurons établi l’efficacité de cette technologie pour la moule zébrée, nous pourrons l’adapter afin de pouvoir l’utiliser avec d’autres espèces aquatiques importantes au Canada comme l’omble à tête plate, le Dolly Varden et la tête carminée.
Les trois objectifs principaux du projet sont les suivants :
- Élaborer des méthodes d’extraction de l’ADN environnemental applicables sur le terrain.
- Étudier l’efficacité de la technologie portative pour la détection de l’ADN environnemental.
- Adapter les méthodes pour pouvoir les appliquer à d’autres espèces aquatiques.
La mise au point d’appareils de détection mobiles permet aux clients de procéder à des analyses rapides et non destructrices des espèces envahissantes et des espèces en péril. Cela renforcera l’indépendance pour résoudre des problèmes urgents dans des lieux éloignés où des laboratoires ne sont pas disponibles et où la logistique est difficile.
Titre scientifique de ce projet : Détection des organismes aquatiques « sur le terrain » à l’aide de méthodes fondées sur l’ADN environnemental
Nom du programme
Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG)
Années
2017 - 2019
Chercheurs principaux
Robert Bajno
Pêches et Océans Canada
Jim Reist
Pêches et Océans Canada
- Date de modification :