Mise au point d’une méthode de marquage fondé sur la parenté pour le saumon quinnat

Description

La gestion actuelle du saumon quinnat d’élevage en Colombie-Britannique dépend fortement de méthodes de micromarquage magnétisé codé (MMC) pour faire le suivi des individus relâchés dans la nature. À grande échelle, ces micromarques peuvent s’avérer onéreuses et elles ne peuvent être posées que sur une partie des poissons juvéniles lors du lâcher. Même si elles peuvent être efficaces pour quantifier certains paramètres, les MMC ne peuvent pas servir à déterminer la parenté, la survie de la famille, la réussite de la reproduction. La mise au point d’une alternative aux MMC qui améliorera la fiabilité, la rentabilité et les applications possibles est une innovation essentielle pour la gestion des écloseries.

Ce projet consiste à effectuer le génotypage du stock de géniteurs d’élevage de saumon quinnat afin d’établir le marquage fondé sur la parenté (MFP) comme méthode de gestion du stock. Le MFP pourra remplacer le micromarquage magnétisé codé grâce à un seul test génétique capable d’analyser plusieurs centaines de polymorphismes mononucléotidiques (SNP) à la fois. Le génotypage de tous les stocks de géniteurs permettra d’identifier tous les juvéniles, au lieu des ~10 % généralement marqués à l’aide de MMC. Le marquage de tous les juvéniles permettra aux chercheurs de faire un suivi exact de toutes leurs activités et de l’efficacité de l’introduction de juvéniles d’écloserie dans des stocks de poissons en difficulté. Ce projet reprend la recherche déjà menée en 2014 pour appliquer le MFP au saumon coho.

Le projet comporte trois phases principales :

1. Établir les génotypes multilocus de SNP de tous les stocks de géniteurs de saumon quinnat utilisés en 2016 et 2017 dans les écloseries de la C.-B. où les juvéniles sont actuellement marqués à l’aide de MMC avant d’être lâchés dans la nature.
2. Génotyper les saumons quinnats juvéniles dont l’origine et l’âge sont connus afin d’évaluer l’exactitude du MFP assigné.
3. Génotypes les saumons quinnats en montaison dans certaines écloseries ainsi que les individus porteurs d’une MMC qui sont capturés dans les pêches commerciales.

Cette initiative permettra de démontrer que le MFP est plus exact et rentable que les méthodes classiques de MMC et donnera un exemple de la méthode à appliquer aux efforts de conservation d’autres espèces de poissons.

Titre scientifique de ce projet : Marquage fondé sur la parenté du saumon quinnat en Colombie-Britannique

Nom du programme

Initiative de recherche et développement en génomique (IRDG)

Années

2017 - 2019

Chercheur principal

Terry Beacham
Pêches et Océans Canada

Publications

Beacham, T. D., C. Wallace, C. MacConnachie, K. Jonsen, B. McIntosh, J. R. Candy, and R. E. Withler. 2018. Population and individual identification of Chinook Salmon in British Columbia through parentage-based tagging and genetic stock identification with single nucleotide polymorphisms. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 75: 1096-1105.