R et D en aquaculture au Canada de 2015

Santé des poissons

VULNÉRABILITÉ DU SAUMON ROUGE AUX PATHOGÈNES – PHASE 1 : ANÉMIE INFECTIEUSE DU SAUMON (VAIS) ET ALPHAVIRUS (VMPS)

Le saumon rouge (Oncorhynchus nerka) est la troisième espèce de saumon du Pacifique parmi les plus communes, après le saumon rose et le saumon kéta. La migration anadrome du saumon rouge a enregistré un déclin depuis les années 1990. Les raisons de ce déclin restent hypothétiques, et c’est pourquoi la Commission d’enquête sur le déclin du saumon rouge du fleuve Fraser a été instaurée. L’une des recommandations du rapport voulait que le MPO entreprenne ou commande une enquête sur la santé du saumon rouge du fleuve Fraser, en tenant compte de l’hypothèse selon laquelle les maladies sont transmises au saumon rouge sauvage par le saumon d’élevage.

L’ACIA a amorcé une surveillance en C.-B. en 2012. Des milliers d’échantillons ont subi des tests de dépistage de l’AIS et aucun ne s’est avéré positif. Bien que les tests répondent aux exigences statistiques permettant de déclarer une espèce exempte de maladie, ils ne permettent pas d’étudier la vulnérabilité des espèces de saumon du Pacifique aux pathogènes ciblés. Le risque d’introduction est minime, mais les conséquences d’une introduction ou d’une épidémie dans une exploitation ne sont pas prévisibles sans donnée. Nous proposons de nous pencher sur la résistance ou la vulnérabilité du saumon rouge à divers pathogènes s’attaquant au saumon de l’Atlantique, p. ex., l’AIS et le VMPS (ou alphavirus du saumon). Grâce à l’expertise du MPO, ainsi qu’aux installations de bioconfinement de haut niveau, il est possible de mener des recherches sur la maladie qui permettront d’acquérir des connaissances essentielles à l’amélioration des pratiques de gestion.

Avr. 2014 – Mar. 2018

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA)

Nom du responsable : Nellie Gagné (MPO)

Équipe du projet : Francis Leblanc (MPO), Diane Morrison (MHC)

Contact : Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

ÉTUDE DE LA DIVERSITÉ GÉNOMIQUE CHEZ AEROMONAS SALMONICIDA, L’AGENT ÉTIOLOGIQUE DE LA FURONCULOSE, AFIN D’ÉTABLIR SON RÉSISTOME, DES MARQUEURS ÉPIDÉMIOLOGIQUES ET DE POTENTIELS TRAITEMENTS

Une meilleure connaissance de l’agent pathogène responsable de la furonculose favorisera l’augmentation de la productivité des pisciculteurs canadiens en permettant de : 1) faire une utilisation appropriée des antibiotiques lors des traitements, 2) faire un meilleur suivi du déplacement de l’agent pathogène, et 3) proposer des traitements alternatifs à l’utilisation des antibiotiques.

La bactérie A. salmonicida est l’agent infectieux causant la furonculose chez les Salmonidés (p. ex., saumon, truite, omble). Le contrôle de cette maladie, qui est très dommageable pour l’industrie aquacole, peut se révéler très exigeant et infructueux, notamment en raison de la lourdeur logistique de la vaccination et de la résistance très fréquente d’A. salmonicida à plusieurs antibiotiques. Nous étudions donc la diversité génomique d’A. salmonicida pour mieux comprendre sa virulence et son résistome aux antibiotiques. En améliorant nos connaissances sur cette diversité, il est envisageable de développer des outils et traitements alternatifs pour prévenir ou guérir la furonculose. Concrètement, nous développons une trousse de diagnostic rapide des résistances aux antibiotiques. Dans l’optique de développer un traitement, nous étudions aussi l’action des éléments mobiles de l’ADN dans l’évolution, l’adaptation à son hôte et la distribution géographique d’A. salmonicida ainsi que leur activation potentielle par divers traitements (p. ex., l’effet de certaines huiles essentielles). Nous voulons aussi vérifier le potentiel des bactériophages, des virus infectant les bactéries, à titre de cure pour la furonculose. La furonculose étant une maladie récurrente et difficile à contrôler, il est nécessaire d’envisager toutes les approches ci-hautes pour la contrer.

Nov. 2012 – Mar. 2019

Financement : Conseil de Recherches en Sciences Naturelles et en Génie du Canada (CRSNG) Co-financement : Ressources Aquatiques Québec (RAQ); Ministère de l’Agriculture, des Pêcheries et de l’Alimentation du Québec (MAPAQ) – Programme Innovamer; Société de Recherche et de Développement en aquaculture Continentale Inc. (SORDAC)

Nom du responsable : Steve Charette (U Laval)

Équipe du projet : Antony Vincent, Valérie Paquet, Mélanie Trudel, Katherine Tanaka, Jean-Guillaume Edmond-Rheault, Sabrina Attéré (U Laval)

Collaborateurs : Nicolas Derome, Michel Frenette (U Laval); Andrée Lafaille (U Montréal)

Contact : Steve.Charette@bcm.ulaval.ca

www.amibe.org

ESTIMATION DU POTENTIEL DE TRANSMISSION PAR L’EAU DU VIRUS DE LA NÉCROSE HÉMATOPOÏÉTIQUE INFECTIEUSE (VNHI) ENTRE LES EXPLOITATIONS SALMONICOLES ET LE SAUMON ROUGE SAUVAGE DANS LES ÎLES DISCOVERY, EN COLOMBIE-BRITANNIQUE

Les résultats de cette étude constitueront des outils supplémentaires à la gestion du VNHI et permettront à Pêches et Océans Canada d’assurer la protection de la santé des poissons d’élevage et des poissons sauvages en désignant des emplacements optimaux pour les installations aquacoles.

En Colombie-Britannique, le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (VNHI) est responsable de pertes économiques considérables dans les exploitations salmonicoles où l’on élève le saumon de l’Atlantique. En raison de l’importance de ce pathogène, il importe de déterminer, à partir des installations infectées, quels sont les risques de dispersion virale et les facteurs qui influent sur cette dernière. À cette fin, ce projet vise à élaborer, dans le cadre de cette étude, un modèle de dispersion virale pour les îles Discovery, une zone où se trouvent nombre de salmonicultures en cages à filet. On simule des prévisions géospatiales précises du risque de transmission du VNHI à partir du couplage des estimations des paramètres de transmission du VNHI tel que démontré (PLoS ONE 8(12) : e82296) au moyen d’un modèle de circulation océanique hydrodynamique pour les îles Discovery (Atmosphere-Ocean 50(3) : 301-306) récemment développé. Les estimations du risque ne sont pas seulement quantifiées en fonction du potentiel de transmission de la maladie entre les exploitations, mais également entre les élevages de saumon de l’Atlantique et de saumon rouge sauvage. On établit la sensibilité du saumon rouge à la NHI pendant la période qu’il passe en eau salée à partir de données empiriques issues d’études d’exposition contrôlée en laboratoire. En dernier lieu, on combine des cartes de la concentration virale, qui évoluent selon le temps et l’espace, à des dosages infectieux minimaux déterminés en laboratoire afin d’évaluer la conductivité de l’infection entre les exploitations et le risque de contamination du poisson sauvage.

Juin 2013 – Avr. 2015

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Marine Harvest Canada (MHC); Grieg Seafood BC Ltd.; Cermaq

Nom du responsable : Kyle Garver (MPO)

Équipe du projet : Mike Foreman (MPO)

Collaborateurs : Barry Milligan, Diane Morrison, Peter McKenzie

Contact : Kyle.Garver@dfo-mpo.gc.ca

DÉTERMINATION DES TAUX D’OOKYSTES DE CRYPTOSPORIDIUM SPP. DANS LA RIVIÈRE HILLSBOROUGH À L’ÎLE-DU-PRINCE-ÉDOUARD

La contamination des huîtres survient principalement dans les environnements côtiers ou estuariens où s’écoulent les décharges d’eaux usées en provenance d’égouts ainsi que les eaux de ruissellement en provenance d’exploitations agricoles. Le Cryptosporidium spp. est un protozoaire parasite zoonotique qu’on a décelé chez plusieurs espèces de mollusques et crustacés, et ce, tant dans les parcs ostréicoles contaminés par les matières fécales que les sites propres à travers le monde. Malgré cela, nous ne disposons d’aucune donnée sur les concentrations d’ookystes dans les eaux des zones de récolte à l’Île-du-Prince-Édouard ou dans les huîtres récoltées. Il est important pour la santé publique que nous effectuions une évaluation des niveaux de ce parasite dans les régions où les autorités permettent la récolte des huîtres.

L’objectif principal de ce projet consiste à établir les taux de concentration en ookystes de Cryptosporidium contenus dans l’eau de trois zones où l’on récolte des mollusques et crustacés (interdite, à accès restreint et autorisé) au cours du printemps et à la suite d’une pluie (ce qui indiquerait un risque accru de contamination). Les échantillonnages d’huîtres seraient effectués simultanément afin de comparer les concentrations du parasite aux résultats tirés de données non publiées de Willis et coll. (2012) et d’ainsi obtenir des renseignements sur l’accumulation des ookystes dans les huîtres sur le terrain.

Nous formulons l’hypothèse suivante : 1) le nombre d’ookystes sera plus élevé dans les zones interdites, suivi des zones à accès restreint, et sera nul dans les zones autorisées; et 2) le taux d’ookystes présents dans l’eau sera supérieur à la suite d’une averse.

Nos conclusions seront liées à un modèle d’évaluation des risques pour déterminer la probabilité de maladies humaines attribuables à la consommation d’huîtres contaminées par le Cryptosporidium spp. à l’Île-du-Prince-Édouard.

Mai 2014 – Avr. 2015

Financement : Chaires d’Excellence en Recherche du Canada (CERC) – Épidémiologie Aquatique, UPEI

Nom du responsable : Spencer Greenwood (UPEI)

Équipe du projet : Javier Sanchez, Henrik Stryhn, T McClure, Jeffrey Davidson, Jessica Willis (UPEI)

Collaborateur : Juan Aguirre Garcia

Contact : sgreenwood@upei.ca

VULNÉRABILITÉ AU VIRUS DE L’ANÉMIE INFECTIEUSE DU SAUMON ET ÉTAT DE SANTÉ DES SAUMONS DE L’ATLANTIQUE SAUVAGES ET D’ÉLEVAGE : UNE ÉTUDE COMPARATIVE

Il y a de grandes préoccupations quant à la santé du saumon sauvage de l’Atlantique au Canada atlantique, d’autant plus que plusieurs populations soient menacées ou en voie de disparition selon le COSEPAC. Les interactions possibles entre le saumon sauvage et le saumon d’élevage dans les zones où ils coexistent constituent une préoccupation de premier plan. L’état de santé ainsi que la résistance à la maladie du saumon sauvage de l’Atlantique sont inconnus, alors que les connaissances concernant le saumon d’élevage de l’Atlantique sont abondantes. Par exemple, alors que le VAIS demeure un problème récurrent dans le secteur de l’aquaculture du saumon au Canada atlantique, des épidémies ayant été décelées en N.-É. et à T.-N.-L. depuis 2012, nos connaissances sont limitées en ce qui a trait à la prévalence de ce virus au sein des populations sauvages et à la transmission possible du virus entre les populations sauvages et d’élevage.

Le présent projet propose de recourir au test de provocation in vivo et au séquençage à haut débit afin de comparer la vulnérabilité au VAIS des stocks de saumons de l’Atlantique sauvages (stocks de la rivière Saint-Jean, de l’intérieur de la baie de Fundy, de Miramichi et de la rivière Margaree) et des stocks de saumons d’élevage (dont l’origine provient de la rivière Saint-Jean). Le séquençage à haut débit (le séquençage de l’ARN) nous permettra d’observer les différences génétiques ainsi que d’évaluer les réactions du système immunitaire et l’état de santé général, qui pourraient potentiellement expliquer les différences de vulnérabilité (le cas échéant). De plus, nous étudierons le taux d’évolution du VAIS en observant les séquences entières de ce virus dans les tissus pendant les tests de provocation in vivo.

Avr. 2014 – Mar. 2017

Financement : MPO – Programme de Recherche sur la Réglementation de l’Aquaculture (MPO – PRRA)

Nom du responsable : Nellie Gagné (MPO)

Équipe du projet : Francis Leblanc, Gérald Chaput, Steven Leadbeater, Royce Steves (MPO)

Collaborateurs : John Whitelaw (MPO); Mark Hambrook (Miramichi Salmon Association); Darryl Murrant (MPA N.-É., écloserie de Margaree)

Contact : Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

ENQUÊTE SUR LES BACTÉRIES PROBIOTIQUES ET LEURS BACTÉRIOCINES DANS LE CADRE D’UNE STRATÉGIE DE GESTION DES MALADIES POUR L’AQUACULTURE DU SAUMON

Cette recherche offrira la première évaluation élaborée des propriétés antibiotiques de bactériocines connues et inconnues, et constituera ainsi une étude sur une nouvelle catégorie de traitement. Les résultats de cette recherche documenteront les stratégies de gestion des maladies visant à réduire au minimum l’impact des agents pathogènes et d’améliorer ainsi la santé du poisson.

La vulnérabilité du saumon d’élevage aux maladies bactériennes et aux poux du poisson (Lepeophtheirus salmonis et espèces de Caligus) est un enjeu relatif à la gestion de la santé pour l’industrie aquacole. À l’heure actuelle, on utilise des antibiotiques et des antiparasitaires pour traiter les maladies bactériennes et les poux du poisson respectivement. Cependant, mais il y a des préoccupations concernant l’efficacité et la durabilité à long terme de ces méthodes. Le présent projet de recherche évaluera le potentiel des bactéries probiotiques (microorganismes associés à des effets bénéfiques chez l’humain et les animaux) et des bactériocines (composés naturels antimicrobiens produits par certaines bactéries) afin de réduire la quantité d’antibiotiques actuellement utilisés pour traiter les maladies bactériennes chez le saumon. Un autre point d’intérêt sera le potentiel lié à l’utilisation des espèces de bactéries Bacillus et Paenibacillus afin de réduire l’utilisation de traitements chimiques, tel que le benzoate d’émamectine (SLICE^®), en tant que traitement des infections de poux du poisson chez le saumon.

Avr. 2014 – Mar. 2015

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Cermaq Canada Ltd.; Marine Harvest Canada Inc.

Nom du responsable : Simon Jones (MPO)

Équipe du projet : Peter McKenzie (Cermaq Canada Ltd.); Diane Morrison (Marine Harvest Canada Inc.); Marije Booman (MPO); John Vederas, Lynn McMullen (U Alberta)

Collaborateurs : Cermaq Canada Ltd.; Marine Harvest Canada Inc.

Contact : Simon.Jones@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

LES DÉFIS ASSOCIÉS À LA SOUCHE BRITANNO-COLOMBIENNE DU RÉOVIRUS PISCIAIRE ONT-ILS DES RÉPERCUSSIONS SUR LE SAUMON DE L’ATLANTIQUE OU LE SAUMON ROUGE?

Cette étude suggère que la souche du réovirus pisciaire provenant de la côte de la Colombie-Britannique est de faible pathogénicité chez le saumon de l’Atlantique et le saumon rouge.

Le réovirus pisciaire a été découvert pour la première fois en Norvège sur des saumons de l’Atlantique d’élevage affectés par une inflammation des muscles squelettiques et cardiaques (HSMI). Bien que les poissons atteints de HSMI affichent généralement un taux plus élevé de réovirus pisciaire, des poissons sains se sont également révélés porteurs du virus. Le réovirus pisciaire est répandu sur le plan géographique, étant retrouvé dans le Pacifique et l’Atlantique. Dans le Pacifique, il est retrouvé sur les saumons sauvages et d’élevage, cependant aucun cas de HSMI n’a été signalé. Par conséquent, la présence du réovirus chez les poissons asymptomatiques soulève des questions concernant la relation entre le réovirus pisciaire et le HSMI. Pour évaluer les risques menaçant les saumons sauvages et d’élevage qui vivent dans le Pacifique, nous avons utilisé des conditions d’exposition contrôlées en laboratoire pour déterminer la virulence du réovirus pisciaire chez le saumon de l’Atlantique et le saumon rouge. Les saumons de l’Atlantique novices soumis à une injection intrapéritonéale d’homogénats de tissus infectés par le réovirus pisciaire ont développé une infection par le réovirus pisciaire soutenue; toutefois, lorsque comparés aux groupes de contrôle, il n’y avait pas de différences importantes dans la morbidité découlant de l’exposition au réovirus pisciaire ni de trace de HSMI. Nous avons également démontré que le réovirus pisciaire risquait de se propager aux saumons de l’Atlantique et aux saumons rouges novices par l’eau et que près de la totalité des poissons novices seraient porteurs du virus après quatre semaines d’exposition. Malgré le développement d’infections persistantes, aucun poisson n’est mort, n’a présenté de signes généraux de maladie ou de preuves histologiques de HSMI comparativement aux groupes de contrôle.

Avr. 2013 – Mar. 2015

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Marine Harvest Canada (MHC)

Nom du responsable : Stewart Johnson (MPO)

Équipe du projet : Kyle Garver (MPO); Diane Morrison (MHC)

Collaborateur : Marine Harvest Canada (MHC)

Contact : Stewart.Johnson@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

COMPARISON DES ISOLATS DE MORITELLA VISCOSIS PRÉLEVÉS SUR LE TERRAIN : CARACTÉRISATION ET ÉLABORATION D’UN MODÈLE D’ESSAI IN VIVO À DES FINS D’ATTÉNUATION LA MALADIE DES ULCÈRES HIVERNAUX AU CANADA

Les connaissances acquises dans le cadre de ce projet favoriseront la création de vaccins contre Moritella viscosis, comme solution proactive et sans antibiotiques. L’accès à un vaccin homologué permettrait d’accroître la durabilité de la salmoniculture en améliorant le bien-être des animaux et en réduisant les pertes économiques découlant de la mortalité, de l’utilisation d’antibiotiques et de la dégradation du produit.

La bactérie M. viscosis est considérée comme la cause principale de la maladie des ulcères hivernaux, qui affecte principalement les salmonidés d’élevage pendant les périodes froides. Cette maladie constitue un problème hautement prioritaire au Canada. Bien que les taux de mortalité varient d’un site à l’autre, l’ensemble des poissons d’un site d’élevage est généralement atteint. Aucun vaccin n’a été homologué au Canada alors que la demande ne cesse d’augmenter. Les vaccins actuels sont basés sur les souches européennes de la maladie, et leur efficacité doit être évaluée sur les souches canadiennes.

Ce projet vise à établir un modèle d’essai basé sur l’exposition de sujets vivants à la bactérie afin de faciliter le développement de vaccins. Cela impliquera : 1) une série d’études in vitro sur le développement des bactéries en présence de cellules de saumon et l’étude des différentes réactions immunitaires chez les souches canadiennes, et 2) la sélection de deux sources de bactéries pour l’élaboration d’un modèle d’infection expérimental. Le modèle d’essai facilitera également la production de résultats vérifiables et prévisibles, la détermination d’une méthode d’exposition expérimentale ainsi que la détermination d’une température de culture pour l’exposition.

Avr. 2014 – Mar. 2015

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Cooke Aquaculture Inc., Novartis Animal Health Canada Inc.

Nom du responsable : Steve Leadbeater (MPO)

Équipe du projet : Anthony Manning (CRP); Leighanne Hawkins (Cooke Aquaculture Inc.); Allison MacKinnon (Novartis Animal Health Canada Inc.)

Collaborateurs : Cooke Aquaculture Inc.; Novartis Animal Health Canada Inc.

Contact : Steven.Leadbeater@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

ÉTUDE GÉNOMIQUE COMPARATIVE SUR LE VIRUS FAIBLEMENT PATHOGÈNE DE L’ANÉMIE INFECTIEUSE DU SAUMON IN VIVO

Depuis la découverte du virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) en Norvège en 1984 et dans la baie de Fundy en 1996, l’évolution du virus et les contraintes sélectives, combinées aux améliorations en matière de détection, ont permis de dresser un portrait intéressant et complexe du VAIS. En effet, on signale la présence de souches non virulentes comme la variante de la souche HPR0, ainsi que de souches très virulentes, telles que les variantes de la souche HPR4. De plus, on a relevé un bon nombre d’autres souches présentant divers degrés de virulence. Le VAIS, qui continue d’évoluer, demeure une menace imminente pour l’industrie de l’aquaculture du saumon. Cette étude comprendra une évaluation approfondie de l’étiologie du VAIS, qui permettra de mieux comprendre la variation de virulence ainsi que la dynamique d’infection observée in vivo chez les saumons.

Avr. 2011 – Mar. 2015

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Kelly Cove Salmon Ltd.

Nom du responsable : Nellie Gagné (MPO)

Équipe du projet : Mark LaFlamme, Francis Leblanc, Mélanie Roy (MPO); Keng Pee Ang (Kelly Cove Salmon Ltd.)

Collaborateur : Kelly Cove Salmon Ltd.

Contact : Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

DESCRIPTION DES CONDITIONS OCÉANOGRAPHIQUES DE LA BAIE HERMITAGE, À TERRE-NEUVE-ET-LABRADOR, À DES ENDROITS TOUCHÉS PAR UNE ÉPIDÉMIE D’ANÉMIE INFECTIEUSE DU SAUMON (AIS) ET DES ENDROITS NON TOUCHÉS

S’il y a une corrélation entre les paramètres environnementaux et l’occurrence des épidémies d’AIS, les résultats de ce projet aideront à désigner d’autres zones de la région où une telle épidémie pourrait éclater. Cela fournirait à l’industrie aquacole un outil d’anticipation favorisant l’atténuation des risques et l’amélioration de la durabilité de la salmoniculture.

Le premier cas d’AIS signalé dans une ferme salmonicole de la baie Hermitage, à Terre-Neuve-et-Labrador (T.-N.-L.), remonte à l’été 2012 et, depuis, quelques autres cas d’épidémie d’AIS ont été signalés dans la même région. La température optimale de survie du virus (de 5 à 15 °C dans l’eau de mer) correspond aux conditions d’élevage dans les régions, mais les agents de stress auxquels sont soumises les espèces d’élevage pourraient faire augmenter le taux d’infection.

Ce projet vise à comprendre la variabilité des conditions océanographiques dans la baie Hermitage (T.-N.-L.) et à évaluer le lien potentiel entre ces conditions (c.-à-d., température, salinité et oxygène dissous) et l’occurrence des épidémies d’AIS. Dans cette baie, des épidémies d’AIS ont été signalées à certains sites, bien qu’à différentes périodes de l’année, alors que d’autres sites ont été épargnés. Cela laisse croire que les différences possibles dans les paramètres physiques de ces sites pourraient avoir un effet sur la santé générale des poissons (c.-à-d., stress) et entraîner une épidémie du virus. Ce projet de recherche examinera les propriétés physiques de l’eau et analysera les conditions avant et pendant les épidémies d’AIS dans le but de déterminer les conditions environnementales associées à l’épidémie et d’évaluer la corrélation potentielle entre ces conditions et les épidémies.

Avr. 2014 – Mar. 2015

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Cold Ocean Salmon Inc.; Newfoundland Aquaculture Industry Associaton (NAIA)

Nom du responsable : Andry Ratsimandresy (MPO)

Équipe du projet : Sébastien Donnet, Kevin Le Morzadec (MPO); Julia Bungay (Cold Ocean Salmon Inc.); Miranda Pryor (NAIA)

Collaborateurs : Cold Ocean Salmon Inc.; NAIA

Contact : Andry.Ratsimandresy@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

ÉLABORATION D’UN NOUVEAU TRAITEMENT À BASE D’ACIDE RIBONUCLÉIQUE (ARN) CONTRE LE VIRUS DE L’ANÉMIE INFECTIEUSE DU SAUMON (AIS)

Ce projet a permis d’obtenir des renseignements sur la réplication du virus de l’anémie infectieuse du saumon (AIS) et appuie l’utilisation de l’interférence acide ribonucléique (ARN) contre les virus marins comme celui de l’AIS. De plus, il a permis d’élaborer de nouveaux outils qui faciliteront grandement les travaux futurs et aideront à améliorer la gestion de la santé des poissons dans l’industrie de l’aquaculture.

L’AIS est un important agent pathogène viral causant des mortalités massives et représentant un problème récurrent pour l’industrie de l’élevage du saumon. Les vaccins actuels contre le virus de l’AIS n’offrent pas de protection totale sur toute la durée de vie du saumon d’élevage. Par ailleurs, il n’existe aucun traitement après vaccination contre les infections durant les dernières étapes du développement du saumon. Dans le cadre de cette étude, on s’est penché sur l’élaboration d’un nouveau vaccin basé sur l’interférence ARN comme traitement contre le virus de l’AIS. On a constaté que la réplication virale pouvait être réduite 10 à 100 fois dans les cellules traitées comparativement aux cellules témoins. Malheureusement, on a également observé le développement d’une résistance au virus chez les cellules cultivées en laboratoire sur une longue période, et cette résistance rend difficile à évaluer la véritable efficacité du traitement. D’autres études devront être menées pour aborder la résistance liée à l’âge afin de mieux évaluer l’efficacité des vaccins basés sur l’interférence d’ARN.

Avr. 2009 – Mar. 2013

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Kelly Cove Salmon Ltd.

Nom du responsable : Mark LaFlamme (MPO)

Équipe du projet : Nellie Gagné (MPO); Gilles Robichaud (U Moncton); Keng Pee Ang (Kelly Cove Salmon Ltd.)

Collaborateur : Kelly Cove Salmon Ltd.

Contact : Mark.Laflamme@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

VALIDATION SUR LE TERRAIN DE MÉDICATION ALIMENTAIRE VISANT À RÉDUIRE LES EFFETS DE KUDOA THYRSITES SUR LES SAUMONS DE L’ATLANTIQUE D’ÉLEVAGE

Le saumon de l’Atlantique d’élevage est exposé à un risque d’infection par le parasite Kudoa thyrsites partout en Colombie-Britannique. Cela représente un problème lié à la réduction potentielle de la qualité des filets produits. Les coûts pour l’industrie du saumon de l’Atlantique en Colombie-Britannique s’élevaient à plus de 15 millions de dollars en 2010, ce qui constitue une difficulté supplémentaire pour cette province à demeurer compétitive sur le marché mondial du saumon. Un dépistage précoce chez les stocks d’élevage est souvent pratiqué pour détecter la présence du parasite. Il n’existe aucun vaccin ni médicament pour prévenir ou traiter l’infection. Ce projet a évalué l’efficacité du nicarbazine alimentaire pour lutter contre le parasite Kudoa thyrsites chez le saumon de l’Atlantique maintenu en captivité dans un environnement de production.

Les résultats de cette étude ont permis de confirmer que, dans des conditions de production, le traitement des saumons de l’Atlantique élevés dans l’eau de mer avec une médication alimentaire à base de nicarbazine entraînait l’apparition d’une importante quantité de résidus de dinitrocarbanilide (DNC) dans les muscles. L’étude a également permis de confirmer les observations formulées dans le cadre d’études en laboratoire, qui indiquent que le DNC disparaît rapidement des muscles après l’arrêt du traitement. Il faudra recourir à un régime de traitement alternatif afin de garantir que les quantités de résidus de DNC soient suffisamment élevées sur une plus longue période pendant la phase de croissance des saumons et ainsi maximiser l’efficacité de la protection des poissons capturés contre le parasite Kudoa thyrsites.

Avr. 2011 – Oct. 2013

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Marine Harvest Canada Inc.

Nom du responsable : Simon Jones (MPO)

Collaborateur : Marine Harvest Canada Inc.

Contact : Simon.Jones@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

DÉPISTAGE ET TRAITEMENT DES INFECTIONS CAUSÉES PAR LE PARASITE GYRODACTYLUS CHEZ LE LOUP OCELLÉ D’ÉLEVAGE (ANARRHICHTHYS OCELLATUS)

Le loup ocellé (Anarrhichthys ocellatus) est considéré comme une nouvelle espèce propice au développement au sein de l’industrie aquacole au Canada. Des recherches récentes se sont penchées sur la possibilité de faire passer l’élevage de cette espèce d’un stade expérimental à un stade de production commerciale. Durant leurs études, les chercheurs ont identifié un parasite fréquemment observé (Gyrodactylus spp.) qui est responsable d’éclosions de maladies récurrentes chez les loups ocellés élevés en captivité et qui pourraient, ultimement, nuire à la production de ces poissons. Les objectifs de ce projet étaient d’étudier les éclosions de Gyrodactylus chez le loup ocellé élevé en captivité, d’identifier l’espèce qui en est responsable et d’élaborer un protocole de traitement efficace.

On a confirmé que le parasite responsable de l’infection des loups ocellés au Center for Aquaculture and Environmental Research de l’Ouest Vancouver était Gyrodactylus corti, un parasite qui a été décrit à l’origine chez des loups ocellés élevés en captivité en Californie. Cette recherche suggère que G. corti est un parasite commun du loup ocellé et que l’intensité des infections augmente chez les poissons élevés en captivité. Les infections causent une réaction aiguë dans les branchies qui contribue à une mortalité élevée. L’infection due à G. corti a causé une mortalité dont le taux a été aussi élevé que 83 % chez des loups ocellés élevés en captivité.

Cette recherche a permis de démontrer que le traitement le plus efficace contre G. corti était l’administration de bains de formaldéhyde et, dans une moindre mesure, de bains d’eau douce. Cependant, les deux traitements n’ont eu que des bénéfices temporaires ou partiaux, car on a observé une réapparition de l’infection. On recommande de gérer soigneusement les loups ocellés nouvellement capturés, notamment par l’utilisation des pratiques de mise en quarantaine, ainsi que l’utilisation de traitements. Cette recherche était nécessaire afin d’évaluer les risques, élaborer des protocoles de traitement et produire de nouvelles données qui seront déterminantes pour le succès de l’industrie de l’aquaculture du loup ocellé. Des projets supplémentaires sont nécessaires afin d’explorer d’autres régimes de traitement au formaldéhyde ou à l’eau douce, ou encore des traitements combinés, afin d’optimiser les résultats.

Avr. 2012 – Mar. 2013

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Kyuquot SEAfoods Ltd.; Aquarium de Vancouver

Nom du responsable : Simon Jones (MPO)

Collaborateurs : Kyuquot SEAfoods Ltd.; Aquarium de Vancouver

Contact : Simon.Jones@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

L’INFECTION PAR LE RÉOVIRUS PISCIAIRE A-T-ELLE UNE INCIDENCE SUR LA RÉPONSE DU SAUMON À LA PROVOCATION DE L’INFECTION AU VIRUS DE LA NÉCROSE HÉMATOPOÏÉTIQUE INFECTIEUSE, ET SUR L’EFFICACITÉ DU VACCIN CONTRE CE VIRUS?

Bien que la co-infection des poissons par de multiples agents pathogènes soit reconnue depuis longtemps, les conséquences de telles infections ont reçu peu d’attention. Ce projet vise à examiner les conséquences de co-infections virales chez le saumon, notamment la relation entre le réovirus pisciaire et le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (VNHI) chez le saumon de l’Atlantique et le saumon rouge. Plus précisément, l’étude examinera comment des hôtes infectés par des virus affichant une pathogénicité nulle ou faible répondront aux vaccins contre d’autres virus et aux provocations d’infections par ces autres virus. On réalisera des tests de provocation pour examiner la progression de la NHI chez : 1) des saumons de l’Atlantique naïfs, 2) des saumons de l’Atlantique non infectés par le réovirus pisciaire et vaccinés contre le VNHI (groupe témoin), et 3) infectés par le réovirus pisciaire et vaccinés contre le VNHI. Un test de provocation au VNHI sera également réalisé avec des saumons rouges non infectés par le réovirus pisciaire (groupe témoin) et infectés par le réovirus pisciaire qui n’ont jamais été exposés au VNHI. On réalisera ces tests de provocation pour établir s’il y a des différences entre les groupes en ce qui concerne la morbidité associée à la provocation de l’infection par le VNHI et pour produire des échantillons biologiques permettant de mener des études d’expression des gènes et du micro-ARN. Les réponses de la transcription seront quantifiées au moyen d’une combinaison de la méthode de séquençage de l’ARN (« Whole Transcriptome Shotgun Sequencing ») et de la méthode de la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) quantitative en temps réel. Cette recherche aidera à établir les risques supplémentaires, s’il y en a, pesant sur les poissons sauvages ou d’élevage du fait de changements de leur capacité à répondre au vaccin contre le VNHI ou à la provocation de l’infection par ce virus en présence du réovirus pisciaire.

Sep. 2014 – Déc. 2016

Financement : MPO – Programme de Recherche sur la Réglementation de l’Aquaculture (MPO – PRRA)

Nom du responsable : Stewart Johnson, Kyle Garver (MPO)

Équipe du projet : Jon Richards, Julia Bradshaw (MPO)

Collaborateurs : Mathew Rise (MUN); Rune Adnreassen (Oslo and Akershus University College of Applied Sciences)

Contact : Stewart.Johnson@dfo-mpo.gc.ca, Kyle.Garver@dfo-mpo.gc.ca

EFFETS DE L’EXPOSITION ANTÉRIEURE ET DE LA TAILLE SUR L’INTENSITÉ DES INFECTIONS PAR LE PARASITE KUDOA THRYSITES DU SAUMON DE L’ATLANTIQUE

Les connaissances acquises dans le contexte de cette étude mèneront à une meilleure compréhension de la transmission de la maladie et des interactions entre les poissons sauvages et les poissons d’élevage. En outre, cette information permettra d’améliorer les choix d’emplacement pour les cages en filet, la prise de décision et le développement d’outils qui permettront de mieux gérer la maladie.

Le parasite Kudoa thyrsites est l’agent responsable du syndrome de la chair molle observé après la récolte chez le saumon atlantique élevé en Colombie-Britannique. Les poissons infectés ne présentent pas de signes cliniques de la maladie, mais les muscles touchés se détériorent rapidement après la transformation. Ces infections peuvent causer des pertes économiques substantielles pour l’industrie salmonicole alors que la perte de rendement est estimée à 10 % à certains sites, entraînant ainsi une perte de 6 à 10 millions de dollars. Il n’existe actuellement aucun vaccin ou protocole approuvé pour le traitement (p. ex., intervention chimiothérapeutique) du K. thyrsites.

Des recherches antérieures ont révélé une variation géographique dans la prévalence et l’intensité du K. thyrsites pour les saumons de l’Atlantique élevés dans différentes installations d’aquaculture en milieu marin. Ces recherches ont également révélé que les infections disparaissent généralement entre six et douze mois après l’exposition en laboratoire. Par conséquent, l’occurrence d’infections chez les saumons récoltés après dix-huit mois ou plus dans l’eau de mer suggère des expositions multiples ou continues au parasite pendant l’élevage commercial en parcs en filet.

Ce projet permettra d’étudier les différentes options dans le contexte de la gestion des infections par K. thyrsites. Plus précisément, ce projet testera l’efficacité de l’irradiation aux ultraviolets pour inactiver le K. thyrsites en laboratoire et étudiera l’influence d’une exposition antérieure des saumons au K. thyrsites sur le développement du parasite lors d’une nouvelle exposition. Le projet permettra également d’évaluer si la taille des saumons influe sur la fréquence et la gravité de l’infection.

Avr. 2013 – Mar. 2015

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Marine Harvest Canada (MHC); Mainstream Canada

Nom du responsable : Simon Jones (MPO)

Collaborateurs : Marine Harvest Canada (MHC); Mainstream Canada

Contact : Simon.Jones@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

TRANSFERT POTENTIEL DES PARASITES ET DES AGENTS PATHOGÈNES ENTRE LES POISSONS D’ÉLEVAGE ET LES POISSONS SAUVAGES : EFFET DE LA DENSITÉ DE MISE EN CHARGE

Les exploitations salmonicoles infectées par le virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) acquis par l’entremise des stocks sauvages peuvent éventuellement représenter un réservoir amplifiant l’occurrence de la maladie, laquelle est susceptible d’être de nouveau transférée aux poissons sauvages. Étant donné la transmission et la dispersion du VAIS par l’eau, les panaches ou les zones infectées qui en résultent peuvent contribuer au transfert de l’agent pathogène entre les exploitations et les saumons sauvages dont les routes migratoires croisent ces panaches. Bien que les risques de transfert de l’agent pathogène préoccupent l’industrie et le grand public, les instances de réglementation du MPO pour la Région des Maritimes s’intéressent particulièrement au rôle de la densité de mise en charge dans l’augmentation potentielle des transferts de parasites et d’agents pathogènes depuis les exploitations aux saumons sauvages en voie de disparition dans la région. Cette étude vise à produire de l’information nouvelle sur l’élimination du VAIS et sur les taux d’infection chez des saumons de l’Atlantique en captivité. On mènera des études en laboratoire pour estimer le taux d’élimination du VAIS provenant de saumons de l’Atlantique infectés en fonction de la densité de mise en charge et de manipulation du poisson, la persistance de la capacité infectieuse du virus transmis par l’eau et le profil d’exposition par lequel des saumons de l’Atlantique naïfs peuvent être infectés par le VAIS. L’information obtenue sera utilisée pour élaborer des modèles physiques et biologiques propres à la région pour prédire la possibilité de transmission par l’eau du VAIS des saumons d’élevage aux saumons sauvages dans la Région des Maritimes, au Canada atlantique.

Mar. 2014 – Mar. 2017

Financement : MPO – Programme de Recherche sur la Réglementation de l’Aquaculture (MPO – PRRA)

Nom du responsable : Fred Page, Nellie Gagné (MPO)

Équipe du projet : Blythe Chang, Francis Leblanc, Steve Leadbeater, Kyle Garver (MPO)

Collaborateur : Michael Beattie (MAPA N.-B.)

Contact : Fred.Page@dfo-mpo.gc.ca, Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

DÉTERMINATION DES VECTEURS DE LA MALADIE MSX POUR APPUYER LES DÉCISIONS EN MATIÈRE D’Introduction ET DE TRANSFERT RELATIVEMENT AUX DÉPLACEMENTS INTERPROVINCIAUX DE MOULES : LE LIQUIDE INTRAVALVULAIRE DE LA MOULE EST-IL UN VECTEUR DE TRANSMISSION DE LA MALADIE MSX?

Avec la participation accrue de nouveaux partenaires, on assiste à une augmentation du nombre de demandes de transfert de semences de moules et de produits commercialisables, tant à l’intérieur des provinces qu’entre celles-ci. Les transferts de moules vivantes sont régis par l’article 56 du Règlement de pêche (dispositions générales), et les demandes sont examinées au cas par cas par le comité des introductions et des transferts de la province de destination. La maladie sphère X multinucléée (MSX) est une maladie infectieuse qui cause une lourde mortalité chez les mollusques et crustacés, bien qu’elle n’ait pas d’incidence sur la santé humaine. À ce jour, les analyses réalisées par le MPO sur des moules prélevées dans des zones gravement touchées par la maladie MSX dans le réseau du lac Bras d’Or ainsi que dans les secteurs à l’extérieur du réseau où l’on retrouve la maladie MSX n’ont pas permis de détecter la maladie MSX dans les tissus mous et le liquide intravalvulaire. Néanmoins, on se préoccupe toujours des hôtes secondaires non identifiés qui pourraient être transférés avec l’épifaune présente sur les filières de moules. Les demandes relatives au transfert de « filières non traitées ou non transformées » ou de « filières ayant subi une transformation primaire » dans des zones non infectées par la maladie MSX sont en augmentation. En l’absence de données, on considère que la maladie MSX pourrait être présente chez l’épifaune, et les comités des introductions et des transferts recommandent des mesures d’atténuation. Cependant, l’identification des hôtes secondaires permettrait la mise en œuvre de mesures d’atténuation ciblées (nettoyage/moment de l’année) et une évaluation précise des risques liés aux activités proposées.

Avr. 2013 – Mar. 2015

Financement : MPO – Programme de Recherche sur la Réglementation de l’Aquaculture (MPO – PRRA)

Nom du responsable : Mary Stephenson (MPO)

Contact : Mary.Stephenson@dfo-mpo.gc.ca

TESTS EN LIEN AVEC LA MALADIE DU PANCRÉAS DU SAUMON (ALPHAVIRUS), VALIDATION DE RT-QPCR ET ÉPREUVES DE VIROLOGIE

L’agent étiologique de la maladie du pancréas du saumon (VMPS est un alphavirus de la famille des Togaviridae. Les poissons atteints sont souvent léthargiques avec des comportements natatoires anormaux et le taux de mortalité peut atteindre 50 % dans les cages. La maladie du pancréas a été détectée la première fois chez le saumon de l’Atlantique, Salmo salar, en Écosse en 1976. Depuis, elle a été observée en Norvège, en France et en Espagne.

La présence de l’alphavirus au Canada pourrait avoir de graves répercussions sur la salmoniculture. Des essais de diagnostic comprenant le RT-qPCR existent (Hodneland et Endresen 2006), mais n’ont pas été entièrement évalués. Comme l’origine des poissons influe grandement sur leur susceptibilité, il est nécessaire d’effectuer une évaluation initiale du potentiel d’infection de la souche canadienne du saumon (p. ex., du fleuve Saint-Jean).

Les objectifs du projet complété en 2012 étaient les suivants : 1) l’importation de souches vivantes du VMPS aux fins de l’évaluation ou de l’élaboration d’un essai de RT-qPCR, 2) la croissance initiale en cultures cellulaires, 3) la préparation de lames histologiques aux fins de formation, et 4) la détermination de la susceptibilité du saumon à la maladie du pancréas. Un essai utilisant des sujets vivants a été effectué au l’Unité du Bioconfinement du Golfe – Laboratoire de la Santé des Animaux Aquatiques (UBG-LSAA; un établissement de bioconfinement de niveau 3). Les objectifs du projet pour 2014-2015 sont les suivants : 1) effectuer des essais individuels de culture virale pour un sous-ensemble des tissus recueillis, 2) comparer les résultats de la culture virale et du RT-qPCR, et obtenir des données de validation (étapes 1 et 2), et 3) rédiger un protocole et un dossier de validation.

Le projet offre une formation pertinente pour un virologiste et un histopathologiste en plus de fournir du matériel de référence pour les cas potentiels d’infection par l’alphavirus et pour un diagnostic différentiel. Les renseignements recueillis durant l’essai utilisant des sujets vivants, comme le tropisme cellulaire et la forme de la maladie, sont essentiels pour la détection éventuelle du VMPS par les programmes de surveillance.

Avr. 2012 – Mar. 2015

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Nellie Gagné (MPO)

Équipe du projet : Philip Byrne, Mark Laflamme, Mélanie Roy (MPO)

Collaborateurs : Nils Stein, Ann Aas Eng (Pharmaq)

Contact : Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

VALIDATION D’UN TEST DE RÉACTION EN CHAÎNE PAR POLYMÉRASE QUANTITATIVE À TRANSCRIPTION INVERSE (RT-QPCR) POUR DÉTECTER LE VIRUS DE LA NÉCROSE PANCRÉATIQUE INFECTIEUSE (VNPI)

La nécrose pancréatique infectieuse (NPI) est une maladie des animaux aquatiques à déclaration obligatoire au Canada. Même si le virus du NPI (VNPI) n’est plus un pathogène figurant sur la liste de l’Office international des épizooties (OIE), la méthode recommandée par l’Office pour la détection est l’isolement du virus. Comme les laboratoires de diagnostic du Programme national sur la santé des animaux aquatiques utilisent des tests qPCR pour isoler les échantillons, il était nécessaire que les tests qPCR de détection du VNPI soient validés. Les tests présentés dans la littérature n’ont pas les caractéristiques de rendement requises. Le MPO a donc entrepris de développer une nouvelle méthode d’essai pour la détection du virus.

Le MPO a mis au point et validé une nouvelle méthode d’essai RT-qPCR pour la détection du VNPI. L’essai est sensible et permet de reconnaître les isolats de VNPI présents au Canada ainsi que ceux qui pourraient être introduits au pays par le commerce international ou le déplacement d’animaux aquatiques à l’intérieur du pays. Les laboratoires membres du Système de laboratoire national pour la santé des animaux aquatiques utilisent l’essai validé pour le dépistage du VNPI dans leurs échantillons.

Le MPO peut maintenant utiliser l’essai RT-qPCR pour déceler la présence de VNPI lors des déplacements de poissons au Canada et peut répondre aux demandes de nos partenaires commerciaux en matière d’attestation d’exemption du VNPI.

Avr. 2012 – Mar. 2014

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Sharon Clouthier (MPO)

Contact : Sharon.Clouthier@dfo-mpo.gc.ca

CONCEPTION DE PROTOCOLES POUR LA DÉSINFECTION À L’OZONE DES ŒUFS DE POISSON AFIN D’ÉRADIQUER LES MALADIES À TRANSMISSION VERTICALE

Les agents pathogènes peuvent s’introduire dans une population par un ou deux moyens, c’est-à-dire par transmission à partir d’un autre individu infecté (c.-à-d., la transmission horizontale) ou par le passage du pathogène du stock de géniteurs aux œufs (c.-à-d., la transmission verticale). À cause de la transmission verticale, la désinfection des œufs est devenue une étape cruciale de l’aquaculture et constitue la méthode la plus importante de lutte contre les maladies transmissibles dans une installation aquacole. Ce projet visait à tester l’efficacité de l’eau ozonée pour prévenir la transmission des maladies tout en évaluant ses effets sur le rendement des œufs et des larves en développement.

Dans l’ensemble, le traitement à l’eau ozonée salée n’a entraîné aucun effet négatif sur les œufs et les larves de morue aux concentrations mises à l’essai (< 3,0 mg/L durant 90 secondes). Ainsi, la solution représente un désinfectant potentiel sûr et efficace sur les œufs de la morue franche. De même, l’ozone s’est révélé efficace pour le traitement des œufs contre le champignon, Saprolegnia diclina, qui infecte les poissons d’eau douce (c.-à-d., le saumon de l’Atlantique et la truite arc-en-ciel), alors qu’une croissance négative de ce champignon a été observée pour tous les traitements.

Ce projet a permis d’acquérir des connaissances importantes sur l’utilisation de l’ozone dans les écloseries pour désinfecter les œufs de trois espèces de poissons qui présentent un intérêt pour l’aquaculture. Cela offre à l’industrie l’opportunité d’améliorer son rendement environnemental global en limitant l’utilisation traditionnelle de produits chimiques puissants pour désinfecter les œufs. Cette étude a également fourni l’occasion de mettre à l’échelle les essais réalisés avec l’ozone à partir de modèles appliqués précédemment en laboratoire pour une utilisation dans une installation précommerciale, ce qui permet d’optimiser les quantités de désinfectant à utiliser pour une plus grande quantité d’œufs. Bien qu’il soit nécessaire de mener davantage de recherches sur l’efficacité de l’ozone pour lutter contre des agents pathogènes particuliers, l’information acquise grâce à ce projet aidera à améliorer considérablement les pratiques de gestion de la santé par la lutte contre les maladies transmissibles dans les installations aquacoles.

Avr. 2010 – Mar. 2013

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Newfoundland Cod Broodstock Company Inc.

Nom du responsable : Dounia Hamoutene (MPO)

Équipe du projet : Jessica Fry, Cyr Couturier (MUN); Juan Carlos Perez-Casanova, Lynn Lush (MPO); Andy Walsh (Sapphire Sea Farms Ltd.)

Collaborateur : Newfoundland Cod Broodstock Company

Contact : Dounia.Hamoutene@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

AMÉLIORATION D’UN MODÈLE DE DISPERSION DU VIRUS DE LA NÉCROSE HÉMATOPOÏÉTIQUE INFECTIEUSE POUR LA RÉGION DES ÎLES DISCOVERY ET UN EXTENSION DE LA CÔTE OUEST DE L’îLE DE VANCOUVER

En Colombie-Britannique; le virus de la nécrose hématopoïétique infectieuse (NHI) constitue le pathogène viral des salmonidés qui a la plus grande incidence économique. Pour évaluer les risques de dispersion hydrique du virus à partir d’un site infecté; il est important de comprendre les paramètres biologiques liés à cette dispersion; mais aussi les composantes physiques du milieu qui permettent au virus de se disperser. Ce projet visait à améliorer les mesures physiques et biologiques du modèle actuel de dispersion du virus. Plus particulièrement; il a permis de déterminer les risques de transmission par les saumons de l’Atlantique qui ont reçu le vaccin APEX et d’évaluer la vulnérabilité du saumon rouge au virus de la NHI.

Les saumons de l’Atlantique vaccinés se sont révélés être très bien protégés contre le développement de cette maladie mortelle; de telle sorte que seuls deux individus parmi 100 individus vaccinés ont succombé à la maladie. La protection s’est avérée efficace dans toutes les situations; que les poissons vaccinés soient exposés au VNHI par injection abdominale ou par immersion dans l’eau. En ce qui concerne les essais préliminaires visant à évaluer la vulnérabilité du saumon rouge au virus de la NHI; aucune mortalité n’a été enregistrée dans le groupe simulé ainsi que dans les groupes exposés aux deux plus faibles concentrations du virus. Des mortalités ont été observées seulement pour les deux concentrations du virus les plus élevées; soit une mortalité cumulée de 8 à 36 %.

La quantification des paramètres liés à la transmission du virus de la NHI recueillis au cours de ce projet permettra de prédire avec exactitude; en termes géospatiaux; les risques de transmission de ce virus à partir des sites d’élevage de saumons de l’Atlantique. La meilleure compréhension de la dispersion du virus entre les exploitations salmonicoles permettra ultimement d’augmenter la durabilité de l’industrie aquacole par l’optimisation de la santé des poissons.

Avr. 2011 – Mar. 2013

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Grieg Seafood BC Ltd.; Mainstream Canada; Marine Harvest Canada Inc.

Nom du responsable : Kyle Garver (MPO)

Collaborateurs : Grieg Seafood BC Ltd.; Mainstream Canada; Marine Harvest Canada Inc.

Contact : Kyle.Garver@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

DÉTECTION RAPIDE DE LA RÉPLICATION DU VIRUS DE L’ANÉMIE INFECTIEUSE DU SAUMON (VAIS) – PHASE 2

Les laboratoires modernes de diagnostic utilisent un nombre limité d’essais pour la détection des pathogènes. Ces essais sont le plus souvent validés, ce qui signifie que leur comportement dans la plupart des situations est bien documenté et compris. Par exemple, les essais validés ont des limites bien définies de spécificité et de sensibilité. La validation d’un essai exige un travail considérable et n’est, dans un sens, jamais véritablement terminée. En fait, une partie importante du processus de validation est la réévaluation et l’amélioration de l’essai lorsque possible.

La détection du virus de l’anémie infectieuse du saumon dans les laboratoires de diagnostic se fait selon deux méthodes principales, fondées sur l’amplification par RT-qPCR ou sur l’observation des effets cytopathologiques dans les cultures cellulaires. Chacune de ces méthodes présente des avantages et des inconvénients.

Cette recherche combine les aspects les plus efficaces de ces deux techniques, tout en ajoutant des modifications au processus de détection, dans le but de moderniser et d’améliorer nos essais validés. La facilité d’utilisation et la rapidité de détection des virus de quatre méthodes distinctes seront évaluées : 1) RT-qPCR secondaire, 2) détection par impédance électrique de substrats cellulaires (IECS), 3) cocentrifugation des virus et des lignées cellulaires, et 4) utilisation de produits chimiques pour faciliter l’entrée du virus, sa sortie et sa réplication.

Il s’agit de l’amélioration d’un des tests les plus utilisés par le Programme national sur la santé des animaux aquatiques. De plus, l’automatisation de certains procédés lors de la détection par impédance électrique de substrats cellulaires et la détection de la souche HPR0 (une souche du VAIS) sont des éléments importants des méthodes de détection des pathogènes du Programme national sur la santé des animaux aquatiques.

Avr. 2013 – Mar. 2015

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Mark LaFlamme (MPO)

Équipe du projet : Nellie Gagné, Jean-René Arseneau (MPO)

Contact : Mark.Laflamme@dfo-mpo.gc.ca

MESURE D’UN GÈNE DE RÉFÉRENCE COMME INDICE DE LA DÉGRADATION DES VIRUS

Le Programme national sur la santé des animaux aquatiques a reconnu la nécessité d’un projet qui permettrait d’établir une façon de déterminer si un échantillon de virus est en étant de décomposition avancée pour permettre des analyses fiables.

Notre approche consistait à définir un indice de la décomposition virale en mesurant le niveau de dégradation dans les tissus d’une espèce-hôte. La dégradation des tissus de l’hôte infecté et du virus présent en utilisant ont été évalués en parallèle en utilisant des analyses RT-qPCR. Les tissus infectés ont été conservés dans des conditions différentes. Il a été déterminé que la dégradation de l’ARN démontrée par le gène de référence est également une indication de la dégradation du virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS) dans les tissus. Le choix de l’épreuve de détection du gène de référence est important pour obtenir une bonne indication de la dégradation du virus.

Les renseignements critiques requis sont maintenant disponibles pour prendre des décisions éclairées lorsque les échantillons sont retenus lors du transit ou lorsque des échantillons de laboratoires externes doivent être testés par l’Agence canadienne d’inspection des aliments et que leur état est douteux.

Avr. 2013 – Mar. 2014

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Nellie Gagné (MPO)

Équipe du projet : Mark Laflamme, Mélanie Robichaud-Haché (MPO)

Contact : Nellie.Gagne@dfo-mpo.gc.ca

EFFETS SUBCLINIQUES ET MÉTABOLISME DE LA MYCOTOXINE DÉOXYNIVALÉNOL (DON) DU FUSARIUM D’ORIGINE ALIMENTAIRE CHEZ LA TRUITE ARC-EN-CIEL

L’élucidation des effets histopathologiques et une meilleure compréhension des processus de détoxication fourniront les renseignements nécessaires à l’élaboration potentielle de stratégies plus efficaces visant à minimiser les impacts négatifs du déoxynivalénol (DON) sur les espèces d’élevage qui y sont sensibles. De plus, ces études offrent un cadre robuste aux fabricants d’aliments piscicoles pour qu’ils puissent établir des lignes directrices réglementaires.

La contamination des aliments piscicoles par les mycotoxines est une source de préoccupation en raison de l’utilisation accrue de protéines végétales peu coûteuses. Les conclusions reproductibles de plusieurs études de croissance ont confirmé que la truite arc-en-ciel est extrêmement sensible au déoxynivalénol, une mycotoxine omniprésente du Fusarium. Par conséquent, une série d’études a été entreprise pour déterminer le fondement de cette sensibilité et l’efficacité de stratégies d’atténuation potentielles. Aucune lésion histopathologique distincte n’a été associée avec l’alimentation de la truite arc-en-ciel avec des aliments composés pratiques contenant du DON purifié ou d’origine naturelle. Une augmentation du nombre de cellules mortes et une diminution des figures de mitose dans les cæcums pyloriques ont été observées. De même, plusieurs changements des figures mitotiques dans le foie et du degré de vacuolisation hépatique ont été remarqués. Un additif commercial pour aliments n’a pas été efficace pour prévenir les effets négatifs du DON sur la croissance, la composition des carcasses et l’utilisation des nutriments de la truite arc-en-ciel. En comparaison, le tilapia du Nil n’a pas été affecté négativement par les faibles niveaux alimentaires de DON. Un contenu plus grand en amidon digestible ne semble pas être une stratégie nutritionnelle efficace pour réduire les effets du DON chez la truite arc-en-ciel. De plus, la sensibilité propre à l’espèce ne semble pas être liée aux différences de l’activité de l’UDP-glucuronosyltransférase hépatique.

Sep. 2010 – Nov. 2014

Financement : Biomin (programme B.R.A.I.N.)

Nom du responsable : Dominique Bureau (U Guelph)

Équipe du projet : Jamie Hooft, Cristina Ferreira, John Lumsden, John Cant, James Squires, Yanping Lou (U Guelph)

Collaborateurs : Rudolf Krska, Michael Sulyok (University of Natural Resources and Life Sciences, Vienne)

Contact : dbureau@uoguelph.ca

DÉTERMINER LA VIABILITÉ À LONG TERME DE LA MALADIE DES POINTS BLANCS CHEZ LE HOMARD INFECTÉ EXPÉRIMENTALEMENT AU MOYEN DU RÉGIME ALIMENTAIRE

La maladie des points blancs est une maladie à déclaration obligatoire d’importance pour le commerce pour le Programme National sur la Santé des Animaux Aquatiques (PNSAA) et l’Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE). Il était nécessaire de connaître l’infectiosité orale de la maladie des points blancs chez les homards nourris à des températures établies afin d’appuyer les négociations commerciales en cours et l’accès au marché pour l’industrie du homard du Canada. Ce projet déterminera si des homards peuvent contracter la maladie des points blancs en mangeant la chair de crevettes infectées. Un profil de température supplémentaire a été ajouté à la demande de l’ACIA puisque de telles données sont requises pour des négociations commerciales.

L’étude a démontré que la chair du homard ne contenait pas de matériel génétique de la maladie des points blancs. Les échantillons positifs du bioessai corroborent le fait que le matériel de la crevette qui s’est avéré positif à la PCR contenait des virus viables (il est à noter que le résultat du test positif à la PCR ne fournit pas de renseignements sur la viabilité du matériel positif). La maladie des points blancs ne peut être cultivée en laboratoire au moyen des techniques de culture cellulaire traditionnellement utilisées pour l’isolation et la propagation des virus des poissons. Des analyses supplémentaires sont en suspens.

La conclusion fondée sur les résultats moléculaires ainsi que les résultats du bioessai indique qu‘à une température de 10 °C, le homard adulte de taille commerciale nourri avec la chair de crevettes infectées par la maladie des points blancs ne semble pas à risque de développer la maladie. De plus, la présence à long terme du virus de la maladie des points blancs chez le homard asymptomatique (c.-à-d., en santé) n’apparaît pas à une température de 10 °C.

Avr. 2013 – Mar. 2014

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Phil Byrne (MPO)

Équipe du projet : Mark LaFlamme (MPO)

Contact : Philip.Byrne@dfo-mpo.gc.ca

CONFIRMATION DE LA VIABILITÉ ET DE L’INFECTIOSITÉ DES CREVETTES INFECTÉES PAR LE VIRUS DE LA MALADIE DES POINTS BLANCS SELON DES TESTS DE NUTRITION SUR LE HOMARD

Ce projet fait suite à des travaux précédents sur l’étude du virus de la maladie des points blancs du homard de taille commerciale nourris de crevettes (mortes) infectées par le virus. Il a été déterminé que les homards nourris avec des crevettes infectées par le virus de la maladie des points blancs n’étaient pas contaminés. Ce résultat n’est pas inattendu, puisque les homards ne constituent pas l’espèce-hôte principale. Cependant, il était nécessaire de confirmer la viabilité et la virulence du virus de la maladie des points blancs dans les crevettes infectées utilisées en tant que nourriture. Ces travaux ont pour objectif de démontrer que les crevettes infectées utilisées en tant que nourriture lors de l’essai sur le homard contenaient une charge virale suffisamment importante pour causer une infection lorsqu’elles servaient à nourrir d’autres crevettes, l’espèce-hôte typique pour ce virus.

La susceptibilité d’une espèce commerciale (Homarus americanus) au virus de la maladie des points blancs, une maladie à déclaration obligatoire en vertu du ACIA et de l’OIE, permettra d’orienter les évaluations de risques ainsi que les négociations commerciales.

Mai 2014 – Mar. 2015

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Phil Byrne (MPO)

Équipe du projet : Mark LaFlamme (MPO)

Contact : Phil.Byrne@dfo-mpo.gc.ca

UTILISATION DU RNALATER POUR L’INACTIVATION DU VIRUS DE L’ANÉMIE INFECTIEUSE DU SAUMON

Le RNAlater (Ambion/Life Technologies) est probablement le tampon commercial le plus connu pour la protection de l’ARN, et il a été démontré qu’il était en mesure de stabiliser complètement l’ARN de divers tissus et virus. Il est clair que le RNAlater préserve l’acide nucléique dans tous les types de tissus. Cependant, il reste à déterminer s’il offre une protection aux virus, ou plutôt s’il inactive les virus tout en préservant leur ARN. En 2005, on a testé les effets du RNAlater sur divers virus humains et il a été démontré qu’une certaine préservation virale était possible. La recherche a démontré que le virus demeurait infectieux à la suite d’une purification de haut niveau.

La question selon laquelle les tissus infectés seraient toujours infectieux même en présence du RNAlater est d’autant plus importante. Pour répondre à cette question, l’infectiosité du virus de l’AIS, préservé dans le RNAlater, est étudiée. Ce projet déterminera si le RNAlater tue le virus. Cela est important en vue de soutenir les normes relatives au confinement en laboratoire et nos systèmes de gestion de la qualité.

Avr. 2013 – Mar. 2015

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Mark LaFlamme (MPO)

Équipe du projet : Nellie Gagné, Jean-René Arseneau, Adrien Boudreau (MPO)

Contact : Mark.Laflamme@dfo-mpo.gc.ca

ÉLABORATION ET VALIDATION PAR DIAGNOSTIC D’UN ESSAI DE LA RÉACTION EN CHAÎNE PAR POLYMÉRASE QUANTITATIVE À DES FINS DE DÉTECTION DE MIKROCYTOS MACKINI

Sous la Loi sur la Santé des Animaux (LSA), l’apparition du pathogène Microcytos makini doit être signalée à l’Agence Canadienne d’Inspection des Aliments (ACIA). L’objectif ultime de ce projet pluriannuel est l’élaboration et la validation d’un test diagnostique moléculaire de l’agent pathogène de l’huître creuse du Pacifique (Crassostrea gigas), le M. mackini. Les principaux objectifs de cette étude, qui ont été abordés de manière séquentielle depuis la mise en œuvre du projet en 2007, sont les suivants : 1) isoler une région génétique, nouvelle et qui évolue plus rapidement, afin de l’utiliser dans le cadre du diagnostic moléculaire du M. mackini (atteint), 2) étudier la diversité existante du Mikrocytos mackini dans toute son aire de répartition afin de s’assurer de la spécificité appropriée du nouvel essai (atteint), 3) développer des essais de PCR spécifique et sensible en temps réel pour le pathogène (atteint), 4) effectuer une validation complète du diagnostic de cet essai (en cours), et 5) publier les travaux (non atteint).

Cette phase des travaux entraînera la publication du nouvel essai de qPCR visant à détecter le M. mackini. Les caractéristiques d’analyse et de diagnostic seront entièrement évaluées. Des renseignements au sujet de son rendement sont également requis afin de soutenir son utilisation aux fins d’essai en vertu du Programme national sur la santé des animaux aquatiques (PNSAA) au Canada, ainsi qu’à l’échelle internationale.

Mai 2014 – Mar. 2015

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Catherine Abbott (MPO)

Équipe du projet : Gary Meyer, Geoff Lowe (MPO)

Collaborateurs : Charles Caraguel (U Adelaide); Nils Toft (Technical University of Denmark); Serge Corbeil, Axel Colling (CSIRO, Australie)

Contact : Cathryn.Abbott@dfo-mpo.gc.ca

ÉLABORATION D’UN ESSAI DE PCR QUANTITATIVE DU MEGALOCYTIVIRUS OU DE L’IRIDOVIRUS DE LA DAURADE JAPONAISE : PHASE I – COLLECTE D’ISOLATS DU MEGALOCYTIVIRUS, AMPLIFICATION DU VIRUS ET CONSULTATION DES INTERVENANTS

L’agent pathogène de l’iridovirose de la daurade japonaise a été détecté chez plus de 30 espèces de poissons marins et de poissons d’eau douce sauvages et d’élevage. Le commerce international de poissons d’ornement vivants est considéré comme une voie d’introduction importante pour les megalocytivirus au sein de nouvelles régions géographiques. Cet agent pathogène a été identifié par l’Agence Canadienne d’Inspection des Aliments (ACIA) en tant que nouvelle maladie potentielle qui est maintenant présente aux États-Unis.

L’objectif de la phase I de l’essai portant sur le megalocytivirus et l’iridovirose de la daurade japonaise (c.-à-d., pendant la période de 2014-2015 de ce projet) consiste à recueillir et à bioamplifier les isolats qui seront utilisés pour établir la spécificité analytique de l’essai (p. ex., les isolats appartenant à la famille des Iridoviridae ou les virus également situés sur le tissu cible). Au cours de la phase II (c.-à-d., en 2015-2016), un essai de qPCR sera élaboré pour la détection du megalocytivirus ou de l’iridovirose de la daurade japonaise. L’objectif à long terme du projet est la validation de l’essai moléculaire en fonction des normes de l’Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE) et l’harmonisation de cette méthode pour la détection du megalocytivirus ou de l’iridovirose de la daurade japonaise dans les laboratoires de diagnostic au Canada, puis éventuellement à l’étranger.

Le Canada a maintenant une collection d’isolats RSIV nécessaires pour effectuer des essais dans le cadre du Programme National de Santé des Animaux Aquatiques (PNSAA) au Canada. Ils seront également disponibles pour une utilisation à l’échelle internationale.

Mai 2013 – Mar. 2015

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Sharon Clouthier (MPO)

Équipe du projet : Tamara Schroeder, Adrian Zetner (MPO)

Contact : Sharon.Clouthier@dfo-mpo.gc.ca

ÉTABLISSEMENT D’UN MODÈLE EXPÉRIMENTAL HÔTE-AGENT PATHOGÈNE IMPLIQUANT L’AGENT PATHOGÈNE DE L’IRIDOVIRUS DE LA DAURADE JAPONAISE ET LA PRODUCTION DE TISSUS INFECTÉS PAR CET IRIDOVIRUS

L’iridovirose de la daurade japonaise représente une cause importante de mortalité chez la daurade japonaise (Pagrus major) et des dizaines d’autres espèces. Il s’agit d’une maladie à déclaration obligatoire en vertu du Programme National sur la Santé des Animaux Aquatiques (PNSAA), et le Système National de Laboratoires pour la Santé des Animaux Aquatiques (SNLSAA) doit ainsi élaborer un dosage validé pour cet agent pathogène. Une propagation de l’iridovirose de la daurade japonaise grâce à des cultures cellulaires n’est pas toujours efficace, d’autres méthodes sont requises pour produire un matériel positif susceptible d’être utilisé lors de la validation. L’Unité du Bioconfinement du Golfe – Laboratoire de la Santé des Animaux Aquatiques (UBG-LSAA) utilisera des essais d’injection afin de produire un matériel positif susceptible d’être utilisé au cours de la validation ultérieure de l’essai.

Le virus issu de ce type d’essai initial sur des animaux peut ensuite être recueilli et préparé en vue d’effectuer des essais plus élaborés sur les animaux, au besoin, ainsi qu’être convenablement défini et titré à l’aide de techniques moléculaires.

Mai 2013 – Mar. 2015

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Phil Byrne (MPO)

Contact : Phil.Byrne@dfo-mpo.gc.ca

ESSAI DIAGNOSTIC DE LA RÉACTION EN CHAÎNE PAR POLYMÉRASE QUANTITATIVE À TRANSCRIPTION INVERSE (RT-QPCR) À DES FINS DE DÉTECTION DE LA VIRÉMIE PRINTANIÈRE DE LA CARPE (VPC) – VALIDATION DU DIAGNOSTIC; PHASE IIA (GÉNÉRATION ET DISTRIBUTION DES ÉCHANTILLONS)

La virémie printanière de la carpe, également connue sous le nom d’hydropisie infectieuse aiguë, est une maladie extrêmement contagieuse que l’on rencontre principalement dans les populations sauvages et d’élevage de la carpe commune Cyprinus carpio. L’agent responsable, le virus de la virémie printanière de la carpe (VVPC) a été découvert au Canada (lac Ontario).

En général, il est plus probable que la mortalité survienne avec le Cyprinus carpio, bien que les carpes asiatiques puissent également développer la maladie. La virémie printanière de la carpe peut être extrêmement virulente (70 à 100 % de mortalité) pour la carpe juvénile pendant sa première année. La mortalité est généralement observée pendant le printemps lorsque la température de l’eau se situe entre 15 °C et 17 °C.

La phase I (c.-à-d., en 2013-2014) du projet a consisté à élaborer un essai moléculaire capable de détecter la virémie printanière de la carpe pendant la phase aiguë de la maladie. La phase II sera utilisée pour générer des échantillons susceptibles d’être utilisés pour la validation de l’essai moléculaire.

Des renseignements sur le rendement de l’essai sont requis pour soutenir son utilisation en vertu du Programme National sur la Santé des Animaux Aquatiques (PNSAA) au Canada, ainsi qu‘à l’échelle internationale.

Mai 2013 – Avr. 2016

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Sharon Clouthier (MPO)

Équipe du projet : Adrian Zetner, Tamara Schroeder (MPO)

Collaborateurs : Carol McClure (AVC)

Contact : Sharon.Clouthier@dfo-mpo.gc.ca

ÉPIDÉMIOLOGIE DE LA MALADIE DES ULCÈRES HIVERNAUX CHEZ LE SAUMON DE L’ATLANTIQUE D’ÉLEVAGE AU CANADA

L’objectif global de ce projet est de mieux comprendre l’épidémiologie de Moritella viscosa touchant les exploitations aquacoles de saumons de l’Atlantique sur la côte Est du Canada.

La maladie des ulcères hivernaux causée par M. viscosis est la principale raison pour laquelle on utilise des antibiotiques dans le domaine de l’aquaculture sur la côte Est du Canada. Des rapports anecdotiques laissent entendre que la mortalité causée par cette maladie est en hausse, mais on ignore si le phénomène est attribuable à la résistance au traitement, à la virulence accrue, à la diminution de l’immunité des hôtes, à l’exposition accrue ou à une combinaison de ces facteurs.

L’identification des facteurs de risque de cette maladie et des stratégies de gestion visant à lutter contre l’agent pathogène bactérien sont nécessaires pour améliorer la durabilité de l’industrie. À ce jour, il n’existe aucune publication sur l’épidémiologie descriptive de M. viscosis au Canada. Ces renseignements de base sont essentiels à l’élaboration d’hypothèses sur les stratégies de contrôle et de prévention.

Les objectifs spécifiques consistent à : 1) décrire les flambées épidémiques selon les facteurs environnementaux et les conditions d’élevage à l’échelle de l’enclos et de l’exploitation, 2) évaluer l’efficacité du traitement antibiotique pour cet agent pathogène au cours des cinq dernières années, et 3) élaborer une proposition pour aborder les stratégies de gestion potentielles pour l’application de la vaccination et du traitement, selon l’épidémiologie de la maladie.

Sep. 2014 – Juin 2015

Financement : Chaires d’Excellence en Recherche du Canada (CERC) – Épidémiologie Aquatique (UPEI)

Nom du responsable : Sophie St-Hilaire (UPEI)

Équipe du projet : Allison MacKinnon (Novartis)

Collaborateurs : Novartis

Contact : ssthilaire@upei.ca

DÉTECTION RAPIDE DE LA RÉPLICATION DU VIRUS DE L’ANÉMIE INFECTIEUSE DU SAUMON (VAIS)

Une grande partie de l’industrie de l’aquaculture dépend des tests de diagnostic réguliers afin de veiller sur la santé de ses animaux. Les pathogénies virales sont particulièrement préoccupantes dans l’industrie aquacole de poissons, puisqu’ils peuvent entraîner une mortalité importante. À ce titre, des tests réguliers sont effectués sur le poisson.

Le RT-qPCR constitue à une technique moléculaire moderne qui gagne rapidement en popularité dans les laboratoires de diagnostic de tous types, et qui est souvent utilisée pour la détection du virus de l’anémie infectieuse du saumon (VAIS). Bien que cette technique permette de détecter les acides nucléiques du virus, l’inconvénient est qu’elle ne fournit aucune information au sujet de la capacité reproductive du virus, et que cela pourrait mettre en cause la signification biologique des résultats du RT-qPCR. À l’inverse, les techniques traditionnelles d’isolement du virus fournissent des preuves manifestes de la capacité reproductive du virus, mais sont généralement plus lentes et moins sensibles que le RT-qPCR alors qu’elles nécessitent plus de travail.

Le projet actuel cherche à combiner les aspects les plus efficaces de ces deux techniques, tout en ajoutant des modifications au processus de détection dans le but de moderniser et d’améliorer les essais validés. La fusion de techniques traditionnelles éprouvées et de techniques moléculaires modernes devrait permettre l’amélioration de la capacité et la diminution des délais d’exécution associés aux laboratoires d’essai.

Ce projet fournira une option d’essai plus rapide à être utilisée dans certaines conditions.

Avr. 2013 – Mar. 2015

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Mark LaFlamme (MPO)

Équipe du projet : Jean René Arseneau, Nellie Gagné, Mélanie Roy (MPO)

Contact : Mark.Laflamme@dfo-mpo.gc.ca

DÉTERMINATION DU LIEN ENTRE LA PRÉSENCE DU MATÉRIEL GÉNOMIQUE HPR0 (DÉTECTÉ PAR RT-QPCR) ET LA PRÉSENCE PHYSIQUE CONCURRENTIELLE D’UN MATÉRIEL VIRAL (C.-À-D., DES VIRIONS DISTINCTS OU UN ASSEMBLAGE PARTIEL DE VIRUS, LA PREUVE D’UNE RÉPLICATION DU VIRUS ET DE TISSUS LOCALISÉS OU DE CHANGEMENTS PATHOLOGIQUES PROPRES À CHAQUE CELLULE) QUI CORRESPOND AU VIRUS DE L’ANÉMIE INFECTIEUSE DU SAUMON (VAIS)

L’agent responsable de l’anémie infectieuse du saumon (AIS), le virus de l’AIS (VAIS), touche principalement le saumon de l’Atlantique (Salmo salar). Il s’agit d’une maladie à déclaration obligatoire auprès de l’Agence Canadienne d’Inspection des Aliments (ACIA) et de l’Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE). Il existe des formes virulentes et non virulentes du virus, et ces dernières sont souvent identifiées HPR0. À ce jour, la forme HPR0 a uniquement été détectée grâce à des techniques moléculaires. Il s’est avéré que cette restriction posait problème pour les organismes de réglementation, étant donné que les essais moléculaires ne peuvent permettre de conclure si un virus est viable, rendant ainsi les évaluations de risques et les décisions réglementaires ambiguës. Le lien inconnu entre la souche HPR0 et les formes virulentes du virus complexifie davantage la problématique.

Ce projet vise à regrouper plusieurs approches d’essai afin de mieux visualiser la souche HPR0 à l’aide de méthodes traditionnelles qui permettent d’obtenir plus d’informations, telles que la microscopie électronique en transmission. Pour l’application réussie de ces méthodes traditionnelles, il est nécessaire d’identifier une population présentant une forte prévalence de souche HPR0. L’objectif de la première phase du projet consiste à définir une population convenable à l’étude. Si cette étude s’avère fructueuse, l’identification définitive de la souche HPR0 du VAIS permettrait d’orienter la méthode de diagnostic utilisée pour la souche HPR0, ainsi que de faciliter les évaluations de risque, non seulement pour le Programme National sur la Santé des Animaux Aquatiques (PNSAA) au Canada, mais également pour les autres pays.

Mai 2013 – Mar. 2015

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD)

Nom du responsable : Phil Byrne (MPO)

Équipe du projet : Nellie Gagné (MPO

Contact : Phil.Byrne@dfo-mpo.gc.ca

DÉVELOPPEMENT DE MATÉRIELS DE RÉFÉRENCE ARTIFICIEL POUR L’ÉVALUATION DES ESSAIS DE RT-QPCR) SUR LE VIRUS DE LA NÉCROSE HÉMATOPOÏÉTIQUE INFECTIEUSE (VNHI) ET LE VIRUS DE LA SEPTICÉMIE HÉMORRAGIQUE VIRALE (VSHV)

Le recours aux témoins positifs artificiels présente un avantage par rapport aux contrôles traditionnels parce qu’ils ne sont pas liés à l’agent pathogène cible. Ainsi, il est facile de les distinguer ce qui pour effet de faciliter

l’identification des faux positifs. Les relevés d’ARN produits à partir de témoins positifs artificiels sont également des candidats idéaux pour être utilisés dans les épreuves de compétences.

À cette fin, cette proposition comprend trois objectifs : 1) établir des procédures pour la génération de lots importants de matériels de référence artificiel liés au VNHI et au VSHV pour servir aux témoins, contrôles et épreuves de compétences, 2) définir les pratiques optimales d’entreposage, ainsi que la durée de conservation du matériel de référence, et 3) élaborer des procédures de caractérisation pour le matériel de référence lié au VNHI et au VSHV.

Les résultats d’études pilotes réalisées à petite échelle au laboratoire pour la santé des animaux aquatiques de la Station Biologique du Pacifique (SBP) du MPO se sont avérés très prometteurs pour les plans d’essais d’aptitude de RT-qPCR du VNHI et du VSHV. En effet, les relevés artificiels reproduisaient la cible biologique, pouvaient être quantifiés de manière précise et présentaient une proportion extrêmement faible de faux positifs. Un témoin positif artificiel a également développé pour le VSHV en raison des avantages que ces outils représentent. D’autres laboratoires du Système de Laboratoire National pour la Santé des Animaux Aquatiques (SLNSAA) du MPO commencent également à mettre en œuvre l’utilisation de témoins positifs artificiels pour d’autres agents pathogènes inscrits à la liste du Programme National sur la Santé des Animaux Aquatiques (PNSAA).

Mai 2014 – Mar. 2015

Financement : MPO – Centre d’Expertise sur la Santé des Animaux Aquatiques, Recherche et Diagnostic (MPO – CESAARD))

Nom du responsable : Kyle Garver (MPO)

Contact : Kyle.Garver@dfo-mpo.gc.ca