R et D en aquaculture au Canada de 2015

Poissons : saumons

INNOVER GRÂCE À LA COLLABORATION : RÉTABLISSEMENT D’UNE POPULATION DE SAUMON DE L’ATLANTIQUE EN VOIE DE DISPARITION PAR L’ENTREMISE D’UN PARTENARIAT AVEC L’INDUSTRIE AQUACOLE DU CANADA ATLANTIQUE

Le développement d’une stratégie basée sur l’utilisation d’une « cage marine de conservation » pour l’élevage du saumon sauvage a le potentiel d’accroître le retour des adultes à leur rivière natale à des quantités égalant les niveaux historiques, à condition que l’’on puisse recueillir des quantités suffisantes de saumoneaux. Ainsi, ce modèle permettrait d’augmenter la population de saumon, tout en favorisant les processus des écosystèmes aquatiques, lesquels sont actuellement limités par le manque de populations de poissons diadromes. Ce projet constitue une importante démonstration des efforts pour le rétablissement d’une espèce déployés par des partenaires de l’industrie, du milieu universitaire et des Premières Nations, ainsi que des partenaires gouvernementaux et non gouvernementaux. S’appuyant sur la réussite d’un projet pilote mené en 2009-2012, une stratégie d’élevage à la fois pratique et novatrice a été mise en place dans le but d’augmenter les populations de saumon de l’Atlantique de l’intérieur de la baie de Fundy au sein de deux rivières natales. Parcs Canada et la Première Nation de Fort Folly prélèvent des saumoneaux vivant dans la nature, à l’intérieur de la baie de Fundy, lesquels sont ensuite transportés dans des « cages marines de conservation » spécialement conçues et exploitées par Cooke Aquaculture, avec le soutien de l’Atlantic Canada Fish Farmers Association. Avant l’empoissonnement, les saumoneaux sauvages subissent un test de santé rigoureux effectué en parc clos, dans une installation d’élevage en eau salée du Centre des sciences de la mer Huntsman. On prévoit que l’élevage dans des cages marines de conservation aura trois effets bénéfiques important : (1) les postsaumoneaux atteindront leur maturité dans un environnement semi-naturel de la baie de Fundy; (2) un nombre important d’adultes pourront être produits en vue de leur remise à l’eau dans les rivières natales, afin qu’ils y fraient; (3) en se reproduisant dans la nature, ces adultes produiront une progéniture non exposée à la captivité et aux effets de domestication qui en découlent. Il est espéré que la conduite de ce programme sur une base annuelle améliorera la santé des populations sauvages par un accroissement des générations de saumoneaux provenant de la nature.

Mar. 2014 – Mar. 2019

Financement : Gouvernement du Canada, Fonds du Plan de Conservation National Co-financement : Tous les collaborateurs fournissant des contributions en nature.

Nom du responsable : Corey Clarke (Parcs Canada)

Équipe du projet : Betty House (ACFFA); Tom Taylor (Cooke Aquaculture); Chris Bridger (Centre des Sciences de la Mer Huntsman); Michael Beattie (Ministère de l’Agriculture de l’Aquaculture et des Pêches, N.-B.); Tim Robinson (Première Nation de Fort Folly); John Whitelaw (MPO)

Collaborateurs : Atlantic Canada Fish Farmers Association; Cooke Aquaculture; Pêches et Océans Canada (MPO); Première Nation de Fort Folly; Centre des Sciences de la Mer Huntsman; Mnistère de l’Agriculture de l’Aquaculture et des Pêches du Nouveau-Brunswick

Contact : Corey.Clarke@pc.gc.ca

PROGRAMME DE SÉLECTION ET DE DÉVELOPPEMENT DE STOCKS DE REPRODUCTION DES SAUMONS DE L’ATLANTIQUE POUR LA PRODUCTION COMMERCIALE AQUACOLE EN EAU SALÉE SUR LA CÔTE EST DU CANADA

L’objectif global du programme de sélection du niveau de performance et de développement de stocks de reproduction du saumon de l’Atlantique consiste à évaluer la variabilité génétique de caractères d’importance sur le plan commercial et à améliorer la productivité commerciale.

Les saumons de l’Atlantique (individus et familles) présentant des attributs supérieurs sur le plan commercial sont sélectionnés en vue d’établir une lignée contrôlée. On génère chaque année jusqu’à 86 familles en utilisant un plan factoriel partiel d’accouplement afin de créer des liens de demi-fratrie entre les familles. Ce plan factoriel partiel contribue également à maximiser la variété génétique. Les liens génétiques de demi-fratrie sont nécessaires à l’évaluation du degré de variabilité des caractères quantitatifs ainsi qu’à l’évaluation de la proportion des effets génétiques et environnementaux. Des saumons provenant de familles connues sont munis d’étiquettes à transpondeur passif intégré en vue de créer un noyau commun de stocks d’élevage ainsi que de réaliser des provocations expérimentales à court terme. Des individus provenant des mêmes familles sont aussi élevés dans des cages marines commerciales en vue d’être soumis à des évaluations de récolte finales. Jusqu’à présent, 300 familles, de quatre classes annuelles, ont été générées et munies d’étiquettes à transpondeur passif intégré. Avant la sélection des individus et des familles, on évalue la variation génétique et l’héritabilité de tous les caractères présentant un intérêt afin de créer la prochaine classe annuelle générationnelle selon un indice (« Total Merit Index »). À titre d’exemple, la croissance a été évaluée d’après le poids corporel total mesuré chez 41 918 individus provenant de 132 familles issues de 67 reproducteurs mâles et de 77 femelles, sur deux classes annuelles. Ces croisements ont résulté en une héritabilité estimée de 0,27 à 2,5 ans. Ces résultats se situent dans la plage d’héritabilités publiée pour le saumon de l’Atlantique de différentes régions géographiques.

Oct. 2010 – Sep. 2015

Financement : Agence de Promotion Économique du Canada Atlantique – Fonds d’innovation (APECA – FIA) Co-financement : Fondation de l’Innovation du Nouveau-Brunswick (FINB); Northern Harvest Sea Farms Ltd.; Centre des Sciences de la Mer Huntsman (CSMH)

Nom du responsable : Amber Garber (CSMH)

Équipe du projet : Susan Hodkinson, Chris Bridger (CSMH); Jane Tosh (U Guelph); Aaron Craig, Robin Muzzerall (Northern Harvest Sea Farms Ltd.)

Contact : agarber@huntsmanmarine.ca

www.huntsmanmarine.ca

EFFETS DE L’ALIMENTATION À PARTIR D’UNE DIÈTE À TENEUR ÉLEVÉE EN PROTÉINE D’ORIGINE VÉGÉTALE SUR LA CROISSANCE ET L’UTILISATION DES NUTRIMENTS DES SAUMONS DE L’ATLANTIQUE (SALMO SALAR L.) DIPLOÏDES ET TRIPLOÏDES, CARACTÉRISÉS PAR DES HORMONES DE CROISSANCE TRANSGÉNIQUES

Des recherches précédentes ont démontré que les saumons de l’Atlantique transgéniques étaient caractérisés par des taux de croissance significativement plus élevés et consommaient moins d’aliments que les poissons non-transgéniques. De plus, la provision limitée en farine et en huile de poisson d’origine sauvage met en évidence les préoccupations concernant la durabilité et le développement responsable de la production aquacole. L’objectif de ce projet était d’évaluer la capacité des saumons de l’Atlantique diploïdes juvéniles (2N) et des triploïdes (3N) TG, et NTG à utiliser une diète à teneur élevée en protéine d’origine végétale. Des groupes de saumon (30 g) en triplicat 2N/NTG, 3N/NTG, 2N/TG et 3N/TG ont été élevés en eau douce et nourri de deux diètes isoprotéiques, isolipidiques et isoénergétiques contenant soit une teneur élevée en protéine végétale (68 %) ou en farine de poisson (36 %) jusqu’à l’atteinte d’une croissance de 400 %. À la fin de l’étude, les saumons TG démontraient une augmentation du taux de croissance sans égard de la ploïdie et une augmentation de l’alimentation comparée avec le saumon NTG. Le ratio de conversion de la nourriture a été réduit chez les TG (moins de 20 % – 25 %) en raison de l’augmentation de l’apport protéique et de l’efficacité de la rétention comparativement aux NTG. La digestibilité des protéines, des lipides ainsi que de l’énergie était élevée pour tous les groupes lorsque comparée aux valeurs rapportées. De façon similaire, la composition finale des poissons TG et NTG produits était comparable aux valeurs rapportées pour la même taille. L’emphase est maintenant portée sur l’optimisation de la rentabilité des diètes pour saumons de l’Atlantique triploïdes transgéniques.

Les résultats de la présente étude indiquent que les saumons de l’Atlantique 2N/TG et 3N/TG ont la capacité de maintenir une croissance accélérée même lorsqu’ils sont nourris à partir d’une diète à teneur élevée en protéine d’origine végétale (68 %), ce qui peut avoir des avantages pour l’optimisation de la production de saumons de l’Atlantique transgéniques.

Mai 2012 – Mai 2013

Financement : l’Agence de Promotion Économique du Canada Atlantique – Fond d’Innovation de l’Atlantique (APECA – FIA)

Nom du responsable : Rachid Ganga (CATC)

Équipe du projet : Debbie Plouffe (CATC); Dawn Runighan (AquaBounty Technologies); John Buchanan (CAT)

Collaborateurs : Santosh Lall, Sean Tibbetts, Cheryl Wall (CNRC)

Contact : rganga@aquatechcenter.com

IMPACT DE LA DÉFORMATION OPERCULAIRE SUR LE BIEN-ÊTRE ET LA CAPACITÉ AÉROBIQUE DES POISSONS

Comme le tri des individus entraîne une perte financière dans le contexte des activités de pisciculture, toute action permettant de réduire le nombre d’individus devant être retiré des stocks contribuera à la viabilité de l’industrie. L’amélioration des connaissances scientifiques concernant l’impact sur le bien-être des poissons ayant des déformations operculaires permettra d’optimiser le tri.

Dans le cadre de la gestion courante des stocks, les salmoniculteurs retirent les individus présentant des déformations visibles des stocks même si souvent, ces décisions ne sont pas basées sur des indications claires que ces individus ne parviendront pas à croître dans des conditions d’aquaculture contrôlées. Par exemple, les individus ayant une malformation au niveau des opercules (c.-à-d., petits opercules), sont facilement identifiables en raison de leurs branchies visibles, et semblent généralement en bonne condition lorsque l’on considère leur taille et leur ratio poids/longueur. La mise à l’écart de ces individus entraîne possiblement une perte financière inutile. Les individus présentant de petits opercules n’ont pas les volets operculaires requis pour maintenir un écoulement d’eau unidirectionnel le long de leurs branchies. Ainsi, leur capacité à extraire l’oxygène est réduite ainsi que leur capacité aérobique. Bien que cette malformation soit problématique dans le cas de poissons sauvages pour certaines activités comme la migration, la capture des proies et l’évitement des prédateurs, l’impact sur le saumon d’élevage est méconnu. Ainsi, ce projet consistera en ce qui suit : 1) suivre au fil du temps des saumons de l’Atlantique juvéniles marqués présentant divers degrés de réduction operculaire afin de déterminer l’impact de la malformation sur leur survie et leur croissance; 2) mesurer la capacité aérobique de ces individus au moyen de tests physiologiques normalisés; et 3) déterminer l’impact de la génétique (effets familiaux) sur ces variables mesurées.

Juil. 2014 – Déc. 2014

Financement : Programme de Partenariats du Conseil de Recherches en Sciences Naturelles et en Génie du Canada (CRSNG) – Subvention d’engagement partenarial

Nom du responsable : Tillmann Benfey (UNB)

Équipe du projet : Tillmann Benfey, Krista Latimer (UNB); Amber Garber, Chris Bridger, Anne McCarthy (CSMH); Aaron Craig (NHSF)

Collaborateurs : Centre des Sciences de la Mer Huntsman; Northern Harvest Sea Farms Inc.

Contact : Benfey@unb.ca

ANALYSE DE L’INCIDENCE DES MALFORMATIONS DU SAUMON DE L’ATLANTIQUE EN PRODUCTION : CAUSES ENVIRONNEMENTALES OU GÉNÉTIQUES?

La possibilité de distinguer les effets de facteurs environnementaux et génétiques sur la fréquence et la prévalence des malformations dans le cadre de la production du saumon de l’Atlantique permettra aux producteurs commerciaux de mieux connaître les facteurs pertinents sur lesquels ils peuvent agir, et l’importance d’une sélection individuelle et familiale appropriée dans le cadre de programmes de sélection de stocks de reproduction. La réduction des malformations dans les stocks de production permettra d’améliorer la santé des poissons et de réduire le nombre d’individus de moindre qualité au moment de la récolte.

On observe souvent diverses malformations et anomalies dans le cadre de la production commerciale de saumons de l’Atlantique. La fréquence et la prévalence de bon nombre de ces malformations seraient attribuables aux conditions environnementales, mais on ne comprend pas très bien l’influence des facteurs génétiques. Le présent projet consiste à normaliser les effets environnementaux observés tôt dans l’élevage entre des bassins combinés propres à une famille et des systèmes de recirculation : densité, nourriture, température, saturation en oxygène, taux d’oxygène en mg par litre, pH, CO₂, alcalinité, ammoniaque total, nitrite et nitrate, et pression gazeuse totale. On choisit au hasard un groupe de descendants qu’on évalue selon le type et la prévalence de diverses malformations au sein de chaque famille lorsque les individus atteignent une taille minimale de 5 g. Les malformations osseuses étudiées comprennent : petits opercules, anomalies de la mâchoire ou de la tête et courbure de la colonne vertébrale. Les irrégularités associées à des problèmes oculaires, et les nageoires manquantes, usées, ou plus courtes qu’à la normale sont aussi notées. Toutes les observations (y compris celles qui sont normales) sont consignées et incluses dans l’analyse, de façon à déterminer si la prévalence et la fréquence peuvent être expliquées par des effets environnementaux, comme la densité dans le bassin ou tout autre facteur. Jusqu’à présent, près de 94 000 saumons de l’Atlantique provenant de plus de 300 familles et répartis sur quatre classes annuelles ont été évalués en vue de déterminer les effets de divers facteurs environnementaux et génétiques sur la variabilité et l’héritabilité, en ce qui concerne la prévalence d’une malformation particulière ou d’une combinaison de malformations.

Oct. 2010 – Sep. 2015

Financement : Agence de Promotion Économique du Canada Atlantique – Fonds d’Innovation de l’Atlantique (APECA – FIA) Co-financement : Fondation de l’Innovation du Nouveau-Brunswick (FINB); Northern Harvest Sea Farms Ltd.; Centre des Sciences de la Mer Huntsman (CSMH)

Nom du responsable : Amber Garber (CSMH)

Équipe du projet : Susan Hodkinson, Chris Bridger (CSMH); Jane Tosh (U Guelph); Aaron Craig, Robin Muzzerall (Northern Harvest Sea Farms Ltd.)

Contact : agarber@huntsmanmarine.ca

www.huntsmanmarine.ca

DÉTERMINATION DU CHEVAUCHEMENT SPATIAL POTENTIEL AINSI QUE DE L’INTERACTION DES PÊCHES COMMERCIALES (HOMARD, CRABE DES NEIGES) ET DES ACTIVITÉS DE PISCICULTURE DANS LA BAIE CONNIAGRE, À TERRE-NEUVE-ET-LABRADOR

Les résultats de ce projet fourniront de précieux renseignements qui orienteront les futures initiatives de développement de sites et qui contribueront à la durabilité des pêches et de l’industrie de l’aquaculture le long de la côte sud de Terre-Neuve-et-Labrador.

On a rarement l’occasion de recueillir et de comparer des données écologiques avant, pendant, et après l’approbation d’un site de salmoniculture ainsi qu’au moment de sa production. Ce projet d’une durée de quatre ans permettra la collecte de données environnementales et biologiques à deux sites de salmoniculture récemment approuvés dans la baie Connaigre, à Terre-Neuve-et-Labrador – une baie qui n’a pas encore soutenu de salmoniculture. Les données pertinentes seront recueillies avant l’établissement des sites et pendant le cycle de production complet, ainsi que pendant la période de mise en jachère. On se soucie particulièrement de modifications à l’habitat des crabes et des homards ainsi qu’aux changements à l’utilisation de l’habitat y découlant aux sites d’exploitation. Par conséquent, cette recherche examinera également les changements possibles à l’environnement benthique qui pourraient avoir des incidences sur les populations de homard et de crabe des neiges. Le projet de recherche vise essentiellement à cerner toute incidence mesurable causée par l’introduction de l’aquaculture sur les espèces commerciales pêchées actuellement dans la baie Connaigre.

Avr. 2012 – Juin 2017

Financement : Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Fish, Food and Allied Workers (FFAW); Cold Ocean Salmon Inc.

Nom du responsable : Dounia Hamoutene, Pierre Goulet (MPO)

Collaborateurs : Cold Ocean Salmon Inc.; Fish, Food and Allied Workers (FFAW)

Contact : Dounia.Hamoutene@dfo-mpo.gc.ca, Pierre.Goulet@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

RÉDUCTION DES REJETS D’AMMONIAC ET DE DÉCHETS SOLIDES PAR LES PISCICULTURES DE SAUMON QUINNAT

Les réactions métaboliques se produisant chez les poissons d’élevage produisent des déchets, comme dans tout type d’élevage. Certains de ces déchets sont azotés – que l’on pense notamment à l’ammoniac – et rejetés dans l’environnement. L’augmentation des rejets de déchets azotés peut se produire lors d’une diminution de l’efficacité avec laquelle les poissons utilisent les aliments pour croître et subsister. Le rejet de déchets azotés dans l’environnement peut avoir des incidences à la fois sur l’écosystème et sur la pisciculture de laquelle proviennent ces déchets. L’excédent d’azote qui est rejeté représente également des pertes économiques potentielles, dans la mesure où il indique que les aliments ne sont pas complètement utilisés par les poissons d’élevage. De plus, l’excédent peut également avoir des conséquences réglementaires sur les exploitations aquacoles. Les organismes de réglementation et l’industrie sont tous deux à la recherche de pratiques exemplaires qui permettront de réduire les concentrations rejetées.

Ce projet permettra de vérifier comment les régimes d’alimentation conçus pour stimuler la croissance compensatrice pourraient être utilisés afin de réduire l’excrétion d’azote lors de la production de saumon quinnat. L’exploitation adéquate de la croissance compensatrice, en alternant les périodes de privation et les périodes d’alimentation, offre la possibilité de réduire la quantité de déchets azotés rejetés dans l’environnement, tout en amélioration l’utilisation des aliments par les poissons d’élevage. Ce projet de recherche permettra d’améliorer la durabilité écologique des élevages de saumon quinnat en eau de mer et les résultats obtenus pourraient s’appliquer à la culture de toutes les espèces de saumon.

Avr. 2012 – Sept. 2015

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Agrimarine Industries Inc.

Nom du responsable : Ian Forster (MPO)

Collaborateurs : Agrimarine Industries Inc.

Contact : Ian.Forster@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

DÉVELOPPEMENT DE STOCKS DE SAUMON QUINNAT À RENDEMENT ÉLEVÉ POUR L’AQUACULTURE COMMERCIALE : HYBRIDATIONS GÉNÉTIQUES POUR MAXIMISER L’EFFICACITÉ DE LA CULTURE ET MINIMISER LES IMPACTS ENVIRONNEMENTAUX

Les stocks commerciaux d’hybrides optimisés, mis au point en fonction de différentes conditions de croissance, seront commercialisés à l’échelle nationale et internationale. Cette initiative favorisera le développement économique et environnemental du secteur aquacole canadien en pleine expansion. La recherche abordera aussi d’importantes questions concernant la conservation des salmonidés.

La salmoniculture est une industrie florissante et très précieuse au Canada. Toutefois, dans le cadre de la salmoniculture, il est important de trouver l’équilibre entre le rendement économique et les impacts environnementaux. Le saumon quinnat d’élevage constitue un marché spécialisé à haute valeur, ayant un fort potentiel de croissance et un faible niveau de préoccupation sur le plan environnemental (il s’agit d’une espèce indigène). Toutefois, le rendement de l’espèce n’a pas été évalué de manière systématique. Un stock de saumon quinnat hybride offrant un meilleur rendement et affichant un taux de survie et de croissance plus élevé et dont l’alimentation coûte moins cher est actuellement en développement. Le nouveau stock consommera moins de protéines et de lipides de source sauvage, et beaucoup moins de drogues et de produits chimiques à des fins de contrôle des maladies, ce qui réduira par le fait même son empreinte environnementale. Le projet générera des données sur les stocks de production du saumon quinnat qui serviront à accroître l’efficacité de la salmoniculture, ce qui aidera le Canada à devenir un chef de file mondial dans la culture du saumon du Pacifique. Le rendement est mesuré d’après la progéniture provenant de croisements entre des stocks sauvages et des stocks d’élevage. Cette progéniture devrait afficher une vigueur hybride, comparable aux lignées de maïs hybrides. Nous étudions les aspects moléculaires, physiologiques et comportementaux de la croissance, de la survie, et de la qualité de la chair.

Oct. 2013 – Oct. 2016

Financement : Conseil de Recherches en Sciences Naturelles et en Génie du Canada (CRSNG)

Nom du responsable : Daniel Heath (U Windsor)

Équipe du projet : Trevor Pitcher, Christina Semeniuk, Oliver Love, Dennis Higgs (U Windsor); Bryan Neff (Western U); Brian Dixon (U Waterloo)

Collaborateur : Yellow Island Aquaculture Ltd.

Contact : dheath@uwindsor.ca

DÉTECTION DE L’HYBRIDATION CHEZ DES SAUMONS DE L’ATLANTIQUE D’ÉLEVAGE FUGITIFS ET DES SAUMONS DE L’ATLANTIQUE SAUVAGES DANS LE SUD DE TERRE-NEUVE-ET-LABRADOR : COLLECTES SUR LE TERRAIN

La valeur monétaire de la production aquacole a maintenant dépassé la valeur totale de la pêche aux poissons sauvages. Assurer un équilibre entre l’expansion rapide de l’industrie et la durabilité environnementale demeure un défi de taille, avec des impacts tant sur les populations de poissons sauvages que sur la production industrielle. Les poissons qui s’échappent des exploitations aquacoles représentent une menace constante pour l’intégrité génétique des populations sauvages. En outre, ces poissons se reproduisent avec des poissons sauvages, ce qui entraîne une diminution des capacités d’adaptation locale. Dans le sud de Terre-Neuve-et-Labrador (T.-N.-L.), les populations de saumons de l’Atlantique sauvages demeurent à un bas niveau sur le plan historique, et l’espèce est considérée comme menacée par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC). On ne peut pas exclure les impacts possibles liés au développement de l’industrie aquacole comme facteur contribuant. Le but de cette étude est de prélever de jeunes saumons de l’Atlantique âgés de moins d’un an après une grande évasion (> 20 000 individus) qui a eu lieu en 2013 dans le sud de T.-N.-L. Cette évasion était égale ou supérieure en importance à l’abondance estimée du saumon sauvage dans la région. Compte tenu de l’ampleur de cette évasion et des signalements de saumons fugitifs matures en eau douce, ces échantillons devraient contenir des individus sauvages et hybrides. L’examen génomique de ces échantillons servira à quantifier les taux d’hybridation réussie et à évaluer l’impact génétique potentiel des saumons évadés des exploitations aquacoles de T.-N.-L. sur les populations sauvages de la région.

Aoû. 2014 – Sep. 2014

Financement : MPO – Programme de Recherche sur la Réglementation de l’Aquaculture (MPO-PRRA)

Nom du responsable : Ian Bradbury (MPO)

Équipe du projet : Lorraine Hamilton, Geoff Perry, Martha Roberston (MPO)

Contact : Ian.Bradbury@dfo-mpo.gc.ca

TOLÉRANCE THERMIQUE ET TOLÉRANCE AU PH DU SAUMON D’ÉLEVAGE, DU SAUMON SAUVAGE ET DU SAUMON HYBRIDE (MI-SAUVAGE, MI-D’ÉLEVAGE) DE PREMIÈRE GÉNÉRATION

Les résultats de cette recherche favoriseront l’obtention d’information concernant l’impact potentiel, sur les stocks sauvages, des poissons d’élevage s’étant échappés des sites aquacoles.

À Terre-Neuve-et-Labrador (T.-N.-L.), tous les saumons de l’Atlantique (Salmo salar) d’élevage proviennent de la souche du fleuve Saint-Jean (Nouveau-Brunswick). Les stocks sauvages se seraient adaptés à l’environnement local, de sorte qu’il faut se préoccuper du risque de croisement des saumons d’élevage avec les stocks locaux et distincts, sur le plan génétique. Les saumons d’élevage s’étant échappés peuvent partager des aires de frai avec leurs congénères sauvages, frayer avec eux et produire des hybrides peu adaptés à la vie en milieu sauvage. Cela pourrait ensuite nuire à la valeur adaptative et à la survie générale des stocks locaux de saumons sauvages. Des études sur l’interaction entre les saumons sauvages et d’élevage ont démontré que cet enjeu varie régionalement, et que cette interaction doit être étudiée plus en détail à T.-N.-L.

Ce projet examinera l’effet de l’origine génétique des saumons juvéniles sauvages, d’élevage et hybrides de première génération (génération F1 d’hybrides entre des saumons sauvages et des saumons d’élevage) exposés à une eau marine de faible pH et de basse température. Des informations supplémentaires seront ainsi assemblées sur la capacité de survie de ces poissons (en particulier les hybrides F1) dans les conditions environnementales locales (c.-à-d., pH réduit dans les cours d’eau et faibles températures de l’eau marine au printemps) présentes à Terre-Neuve-et-Labrador.

Avr. 2014 – Mar. 2015

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Cold Ocean Salmon; Northern Harvest Sea Farms NL Ltd.

Nom du responsable : Dounia Hamoutene (MPO)

Équipe du projet : Lynn Lush, Kimberely Burt (MPO); Julia Bungay (Cold Ocean Salmon); Jennifer Caines (Northern Harvest Sea Farms NL Ltd.)

Collaborateurs : Cold Ocean Salmon; Northern Harvest Sea Farms NL Ltd.

Contact : Dounia.Hamoutene@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

ENQUÊTE SUR LES SAUMONS DE L’ATLANTIQUE D’ÉLEVAGE FUGITIFS À TERRE-NEUVE-ET-LABRADOR

L’information recueillie dans le cadre de ce projet aidera à mieux gérer les fugitifs des élevages de saumons de l’Atlantique et documentera les méthodes pour le retrait des fugitifs tout en réduisant au minimum les impacts sur le saumon de l’Atlantique sauvage ainsi que d’autres espèces sauvages.

La production aquacole de saumon de l’Atlantique a connu une croissance constante à Terre-Neuve-et-Labrador au cours de la dernière décennie, passant d’environ 3 000 tonnes en 2001 à 22 196 tonnes en 2013. Il y a des préoccupations relatives aux effets génétiques et écologiques des fugitifs sur les populations sauvages de saumon de l’Atlantique et d’autres espèces, mais peu de données empiriques locales sont disponibles. Le MPO mène des pêches expérimentales dans le but de capturer les fugitifs, recueille des échantillons biologiques et intervient activement en cas de signalements liés à l’observation de fugitifs potentiels dans les eaux intérieures et côtières de la côte sud. On recueille de l’information sur la répartition, l’alimentation, la survie, les stades du cycle biologique, l’état reproducteur ainsi que les principales caractéristiques morphologiques pour faciliter l’élaboration d’un guide d’identification. Ce guide permettra de différencier avec précision les saumons sauvages et des saumons d’élevages fugitifs ainsi que d’orienter les interventions et les efforts de récupération en vue de minimiser les effets environnementaux potentiels.

Oct. 2013 – En cours

Financement : Pêches et Océans Canada (MPO)

Nom du responsable : Chris Hendry (MPO)

Équipe du projet : Geoff Perry, Ellen Careen, Carole Grant, Ian Bradbury (MPO)

Contact : Chris.Hendry@dfo-mpo.gc.ca

DÉVELOPPEMENT D’UNE MATRICE DE POLYMORPHISME MONONUCLÉOTIDIQUE À FAIBLE DENSITÉ POUR LA DÉTERMINATION DE LA PARENTÉ CHEZ LE SAUMON DE L’ATLANTIQUE

Le « Center for Aquaculture Technologies Canada (CATC) » a été fondé en 2012, dans le but précis d’utiliser des technologies de pointe pour améliorer la production aquacole. En reconnaissant la nécessité de déterminer rapidement et de manière rentable la parenté des poissons, le CATC s’est appliqué à développer un panneau à faible densité de 96 polymorphismes mononucléotidiques (SNP) permettant de déterminer la parenté chez le saumon de l’Atlantique. Les avantages de l’utilisation de la plateforme de génotypage SNP à faible densité du CATC comprennent, pour un coût relativement faible par échantillon, l’adaptabilité à des analyses à haut débit, la souplesse, et la spécificité aux utilisateurs.

Des loci SNP déjà identifiés pour le saumon de l’Atlantique et deux SNP visant à détecter la présence du gène propre au mâle conservé parmi les salmonidés ont été sélectionnés pour la matrice. Les résultats des travaux de validation comprenant plus de 2 500 frères/sœurs ou demi-frères/demi-sœurs provenant de 57 familles ont révélé qu’un minimum de 69 SNP pourrait servir à déterminer les liens de parenté et le sexe génétique avec une exactitude de 99 %. L’espace supplémentaire sur la matrice pourrait servir aux marqueurs propres à l’utilisateur.

L’utilisation d’une matrice de SNP à faible densité permettrait de procéder à un génotypage automatisé et rentable du saumon de l’Atlantique à l’appui de programmes d’élevage sélectif, de traçabilité, et de gestion des populations sauvages. Plus important encore, le coût relativement faible encourage les utilisateurs finaux à appliquer les résultats de décennies de recherches sur la génomique du saumon.

Le CATC offre maintenant ce service de génotypage SNP aux autres producteurs et éleveurs de saumons de l’Atlantique. Maintenant que la matrice de SNP a été testée et validée, la même technologie peut être appliquée à l’évaluation des stocks, à la traçabilité, et à la surveillance des populations sauvages.

Oct. 2013 – Fév. 2014

Financement : Initiative de Recherche sur l’Aquaculture et les Pêches de l’Î.-P.-É. Co-financement : Conseil de Recherches en Sciences Naturelles et en Génie du Canada (CRSNG) – Bourse postdoctorale industrielle du programme de réseaux stratégiques

Nom du responsable : Debbie Plouffe (CATC)

Équipe du projet : Marcia Chiasson (CATC); America Fujimoto, Jason Stannard, John Buchanan (CAT)

Contact : dplouffe@aquatechcenter.com

aquatechcenter.com

DEVELOPPENENT DE MÉTHODES HISTOLOGIQUES QUANTITATIVES POUR COMPRENDRE LE MÉTABOLISME OSSEUX DES POISSONS ET PRÉVENIR L’APPARITION D’ANOMALIES VERTÉBRALES CHEZ LES SALMONIDÉS D’ÉLEVAGE

Nos efforts visent à participer à l’amélioration de la formulation de nouveaux aliments à faible teneur en phosphore et à fournir de premiers outils pour faciliter la sélection de souches de truites plus performantes et moins polluantes.

L’apparition d’anomalies vertébrales liées à des carences nutritionnelles dans les élevages intensifs de salmonidés a des impacts négatifs sur les rendements de la production ainsi que sur la santé et le bien-être des poissons. Les premiers signes d’une déficience en phosphore chronique chez les truites arc-en-ciel sont le développement de vertèbres petites, espacées ou biconcaves. La création de nouvelles méthodes histologiques quantitatives (voir figure) pour analyser la morphologie, la minéralisation et la structure des différents tissus vertébraux nous permet de différencier certains mécanismes osseux en fonction des types d’anomalies observées. Chez les individus développant des vertèbres espacées, la production de matrice non minéralisée (ostéoïde) serait maintenue lors de la déficience, ce qui permettrait aux vertèbres de se minéraliser normalement lorsque la situation revient à la normale. Chez les individus ayant des vertèbres biconcaves, qui tendent à évoluer vers des anomalies plus sévères (c.-à-d., vertèbres compressées), la minéralisation de l’os semblerait plutôt être maintenue au détriment d’autres mécanismes de remodelage osseux. Ces résultats indiquent que certains individus pourraient bénéficier d’une meilleure stratégie pour traverser les épisodes de carence en phosphore. Si ces différents phénotypes étaient corrélés à des génotypes spécifiques, nos résultats offriraient des critères de sélection de souches de poissons moins enclins à développer des anomalies squelettiques.

Sep. 2010 – Aoû. 2014

Financement : Ministère du Développement Économique, de l’Innovation et de l’Exportation (MDEIE) – Programme de Soutien à des Initiatives Internationales de Recherche et d’Innovation (PSIIRI) Co-financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA); Société de Recherche et de Développement en Aquaculture Continentale Inc. (SORDAC); Ressources Aquatiques Québec (RAQ) – Programme de bourse FONCER; Université Laval – Programme de bourse du Bureau International

Nom du responsable : Grant Vandenberg (U Laval)

Équipe du projet : Marie-Hélène Deschamps, Jérémy Le Luyer, Noémie Poirier Stewart, Émilie Proulx (U Laval)

Collaborateurs : Nadia Aubin-Horth, Claude Robert, Arnaud Droit (U Laval); Dominique Bureau (U Guelph); Ann Huysseune, Eckhard Witten (Universiteit Gent); Jean-Yves Sire (U Paris 6); Chantal Cahu, Dominique Mazurais (IFREMER); Kenneth Overturf, Ron Hardy (U Idaho); Tom Hansen, Anna Wargelius, P.E. Fjelldal (Havforskningsinstituttet)

Contact : Grant.Vandenberg@fsaa.ulaval.ca

ESSAIS DE REPRODUCTION ENTRE DES SAUMONS SAUVAGES ET DES SAUMONS D’ÉLEVAGE

Les saumons de l’Atlantique actuellement élevés sur la côte sud de Terre-Neuve-et-Labrador viennent de la souche de poissons du fleuve Saint-Jean, au Nouveau-Brunswick. L’introduction de cette souche non indigène de l’espèce a soulevé la question de l’impact potentiel que pourraient avoir ces poissons d’élevage sur les stocks sauvages, s’ils s’échappaient dans la nature. Cette étude visait à déterminer le succès de reproduction potentiel entre des poissons d’élevage matures et des poissons sauvages de stocks provenant d’une rivière de la province en réalisant des croisements artificiels entre les deux groupes.

On a constaté que les gamètes des poissons sauvages (œufs et sperme) étaient de meilleure qualité (c.-à-d., masse et diamètre des œufs plus importants; disponibilité globale d’énergie plus élevée) lorsqu’on les comparait à ceux des poissons d’élevage. Les individus issus de croisements hybrides (sauvage-élevage) affichaient des taux de fertilisation plus élevés que les individus issus de croisements sauvage-sauvage et élevage-élevage. Les taux de fertilisation les plus élevés étaient observés lorsque les œufs provenaient de femelles sauvages. Cependant, le taux de survie de ces hybrides était inférieur à celui observé chez les individus issus de croisements entre des individus sauvages. De plus, les caractéristiques chimiques de l’eau des rivières, comme le pH par exemple, ne semblaient pas être un obstacle physique aux œufs et au sperme des poissons d’élevage.

Bien que les croisements effectués étaient complètement artificiels, cette recherche contribue à améliorer notre compréhension des effets potentiels de l’interaction entre des saumons d’élevage qui se sont échappés et leurs congénères sauvages. Des études supplémentaires sont nécessaires sur la survie et la valeur sélective des première et deuxième générations d’hybrides dans les conditions d’une rivière afin de mieux comprendre le résultat de ces interactions potentielles.

Avr. 2010 – Mar. 2013

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Gray Aqua Group Ltd.

Nom du responsable : Dounia Hamoutene (MPO)

Collaborateurs : Gray Aqua Group Ltd.

Contact : Dounia.Hamoutene@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

PÉRIODES MIGRATOIRES ET RÉPARTITION DU SALMONIDÉ JUVÉNILE DANS LES ÎLES DISCOVERY ET LE DÉTROIT DE JOHNSTONE

Cette recherche aidera à expliquer comment les salmonidés juvéniles utilisent le détroit de Georgia, y compris la zone des îles Discovery, en mettant l’emphase sur le saumon rouge du fleuve Fraser et, dans une moindre mesure, sur le saumon quinnat. Elle fournira également l’information nécessaire pour évaluer pleinement les risques de transfert de maladies des saumons d’élevage aux saumons sauvages, comprendre les conséquences potentielles de ces transferts, et informer les politiques sur la gestion des exploitations aquacoles.

Les relevés de Pêches et Océans Canada (MPO) au chalut et à la senne coulissante ont grandement contribué à accroître la compréhension de la migration et de la santé des salmonidés juvéniles dans le détroit de Georgia, en Colombie-Britannique, surtout en ce qui concerne le saumon rouge. Des relevés menés en 2010-2012 ont révélé que les saumons rouges du fleuve Fraser n’entrent pas dans la zone des îles Discovery (une zone de pisciculture) avant la fin mai, et qu’ils se répartissent ensuite largement dans cette zone pour au moins une partie du mois de Juin Afin d’évaluer les risques associés à l’interaction entre les poissons sauvages et d’élevage, il est nécessaire d’obtenir de l’information sur les principaux domaines suivants : 1) connaissances des voies migratoires du saumon et de la durée de sa résidence à proximité des exploitations aquacoles, 2) connaissances de la prévalence des agents pathogènes et des maladies chez les populations sauvages et d’élevage, et 3) connaissances des conditions environnementales et des hôtes durant les périodes au cours desquelles le saumon sauvage réside à proximité des exploitations aquacoles. De plus, il faut recueillir de l’information pour mieux comprendre quand et pendant combien de temps les saumons juvéniles sont présents à proximité des exploitations aquacoles, ainsi que pour décrire la période de migration du saumon rouge juvénile du fleuve Fraser à partir du détroit de Georgia. Pour obtenir cette information, un échantillonnage sera réalisé au moyen d’un relevé au chalut couvrant une période de trois ans dans le détroit de Georgia et d’un relevé de trois ans à la senne coulissante combiné à des relevés hydroacoustiques dans le détroit de Johnstone.

Avr. 2014 – Mar. 2016

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Marine Harvest Canada (MHC); Grieg Seafood BC Ltd.; Cermaq Canada Ltd.

Nom du responsable : Stewart Johnson (MPO)

Équipe du projet : Marc Trudel, Chrys Neville (MPO); Diane Morrison (MHC); Barry Milligan (Grieg Seafood BC Ltd); Peter McKenzie (Cermaq Canada Ltd.)

Collaborateurs : Marine Harvest Canada Inc.; Grieg Seafood BC Ltd.; Cermaq Canada Ltd.

Contact : Stewart.Johnson@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

RÉSISTANCE INDIVIDUELLE ET FAMILIALE À LA MALADIE BACTÉRIENNE DU REIN DE LA SOUCHE DE LA RIVIÈRE ST-JEAN CHEZ LE SAUMON DE L’ATLANTIQUE

La résistance du saumon de l’Atlantique à la maladie bactérienne du rein (MBR; causée par le pathogène Renibacterium salmoninarum) améliorera la santé, le bien-être, la croissance et la survie des saumons. La sélection génétique de la résistance permettra aussi de réduire la nécessité d’utiliser des traitements antibiotiques chez les stocks porteurs de la maladie.

La MBR est un problème pathogénique constant et récurrent qui survient annuellement dans l’industrie aquacole du saumon de l’Atlantique. Aucune méthode n’existe encore pour l’éliminer complètement, malgré l’utilisation de différentes stratégies. Dans le cadre de ces études, la bactérie responsable de la maladie bactérienne du rein provenant de l’isolat FFA-198 de la baie de Fundy (CRP, Fredericton) a été injectée par voie intrapéritonéale dans des saumons de l’Atlantique. Dans le premier test de provocation, 1 037 saumons de l’Atlantique représentant 48 familles ont reçu l’injection. L’étude a été interrompue au moment où la mortalité a diminué, 40 jours après l’injection (59,4 % de mortalité cumulative). La transmissibilité héréditaire estimée pour cette classe d’âge du nombre de jours avant le décès ajusté en fonction du poids corporel total était de 0,28. Un test d’immunofluorescence indirecte a été effectué sur chacun des 421 saumons de l’Atlantique survivants à la fin de l’étude. De ce nombre, 148 ont obtenu des scores de 0 au test d’immunofluorescence indirecte, ce qui signifie que la bactérie injectée avait été éliminée efficacement (d’autres tests de confirmation sont prévus). Dans la classe d’âge subséquente, 1 304 saumons provenant de 83 familles ont subi le test de provocation. Cette épreuve de provocation a duré 117 jours et le taux de mortalité était inférieur à 50 %. Les variations des taux de survie entre les familles étaient toutefois évidentes. Des analyses de données supplémentaires seront effectuées pour cette classe d’âge.

Oct. 2010 – Sep. 2015

Financement : Agence de Promotion Économique du Canada Atlantique – Fonds d’Innovation de l’Atlantique (APECA – FIA)

Nom du responsable : Amber Garber (CSMH)

Contact : agarber@huntsmanmarine.ca

www.huntsmanmarine.ca

LES EFFETS ÉCOLOGIQUES DES DIODES ÉLECTROLUMINESCENTES (DEL) BLEUES UTILISÉES DANS LES EXPLOITATIONS PISCICOLES MARINES DE LA COLOMBIE-BRITANNIQUE

L’utilisation d’éclairage artificiel dans les exploitations piscicoles est une technique couramment utilisée pour retarder la maturation sexuelle et augmenter la taille des poissons produits. Les éleveurs de poisson manifestent actuellement le désir d’explorer l’utilisation des DEL émettant de la lumière bleue. Ces DEL bleues sont plus efficaces, consomment moins d’énergie et durent plus longtemps que les lumières halogènes blanches, ce qui en fait un choix plus intéressant d’un point de vue économique. Cependant, l’éclairage artificiel peut affecter la diversité et l’abondance d’organismes indigènes à proximité de l’exploitation piscicole. Cette étude a porté sur l’évaluation de ces effets potentiels. On a constaté que l’utilisation nocturne de DEL bleues dans un site expérimental attirait le poisson et le zooplancton dans une plus grande mesure, comparativement à des cages de contrôle non éclairées. On n’a noté aucune différence significative dans l’abondance de phytoplancton (en absence de prolifération phytoplanctonique) ou l’établissement d’invertébrés benthiques entre les DEL bleues et les cages de contrôle. On a aussi équipé de DEL bleues une exploitation piscicole afin de déterminer l’effet de celles ci sur la maturation, la croissance du poisson, et le nombre de poux du poisson, comparativement à une exploitation munie de lumières halogènes blanches. On n’a constaté aucune différence significative entre le nombre de poux du poisson dans les exploitations piscicoles munies de DEL bleues et celles munies de lumières halogènes blanches, mais il était difficile d’établir des comparaisons directes. Les résultats du projet ont permis de mieux comprendre l’effet des DEL bleues sur le biote indigène, mais il est nécessaire de poursuivre les travaux de recherche afin de déterminer les effets et les répercussions directs de l’utilisation de DEL bleues dans des exploitations piscicoles. Cette information permettra à Pêches et Océans Canada (MPO) de continuer à soutenir le développement durable des activités piscicoles en Colombie Britannique et de mieux gérer la relation complexe entre l’aquaculture et l’environnement.

Avr. 2011 – Déc. 2013

Financement : MPO – Programme Coopératif de Recherche et Développement en Aquaculture (MPO – PCRDA) Co-financement : Grieg Seafood BC Ltd.

Nom du responsable : Hannah Stewart (MPO)

Collaborateurs : Grieg Seafood BC Ltd.

Contact : Hannah.Stewart@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)

ÉLABORER DES PROCÉDURES OPÉRATIONNELLES NORMALISÉES POUR QUANTIFIER LA DENSITÉ DU SPERME ET DILUER LA LAITANCE DES STOCKS DE SAUMON DE L’ATLANTIQUE MÂLE DE LA RIVIÈRE ST-JEAN OU EN PROLONGER LA DURÉE DE VIE AFIN D’AMÉLIORER LA GESTION D’UN PROGRAMME DE STOCK GÉNITEUR

Une absence de fertilisation des oeufs, une mauvaise fertilisation ou une fertilisation sous-optimale entraîne une perte de revenus pour l’industrie de l’aquaculture. De plus, la réduction du nombre de mâles présents dans une population reproductrice se traduit par une économie des coûts et permet également une utilisation plus vaste des mâles de plus grande qualité (p. ex., les mâles qui ont la valeur de reproduction estimée la plus élevée dans un programme de stock géniteur).

La cryopréservation de la laitance est une technologie essentielle pour améliorer les programmes commerciaux de stock géniteur et les efforts des banques de gènes vivants. Il existe des produits pour diluer la laitance de densité élevée afin que le rapport laitance-œuf soit constant et pour accroître la durée de vie des spermatozoïdes bien au-delà de leur espérance de vie naturelle. Ces produits sont régulièrement utilisés ailleurs sur le saumon de l’Atlantique. Cependant, aucune exploration méthodique du stock de saumon de l’Atlantique de la rivière St-Jean n’a été effectuée. Les travaux effectués dans le cadre de ce projet décrivent l’utilisation d’un photomètre étalonné pour le saumon de l’Atlantique, fourni par Cryogenetics, pour quantifier la densité du sperme provenant de mâles représentatifs du programme de stock géniteur du saumon de l’Atlantique au Centre des sciences de la mer Huntsman (CSMH). Jusqu’à maintenant, les résultats montrent que le taux de fertilisation est généralement plus élevé avec la laitance diluée qu’avec la laitance fraîche. La laitance diluée permet également de fertiliser un plus grand nombre d’œufs récoltés comparativement aux pratiques habituelles de l’industrie fondées sur la laitance non diluée. Il est possible d’augmenter la durée de vie de la laitance jusqu’à 16 jours avec le produit AquaBoost Extender et les résultats montrent que le taux de fertilisation de la laitance fraîche diluée et de la laitance à durée de vie prolongée est le même. La prolongation de la durée de vie de la laitance permet aux programmes de stock géniteur de gagner du temps, puisqu’il n’est plus nécessaire de prélever la laitance chaque jour où des œufs sont prélevés. Les liens génétiques seront également plus faciles à gérer pour un programme de stock géniteur dont l’accès à certains mâles est nécessaire moins fréquemment.

Oct. 2014 – Mar. 2015

Financement : Programme d’Aide à la Recherche Industrielle (CNRC-PARI)

Nom du responsable : Amber Garber (CSMH)

Équipe du projet : Susan Hodkinson, Chris Bridger (CSMH); Maureen Ritter (Canada Cryogenetics Services); Jorn Ulheim (Cryogenetics)

Contact : agarber@huntsmanmarine.ca

www.huntsmanmarine.ca

IMPACTS GÉNÉTIQUES ET GÉNOMIQUES DES SAUMONS D’ÉLEVAGE FUGITIFS AU CANADA ATLANTIQUE : ÉVALUATION DE L’UTILISATION D’ÉCAILLES DE SAUMONS DE L’ATLANTIQUE ARCHIVÉES COMME SOURCE D’ADN PRÉALABLE AUX IMPACTS

Les saumons s’étant échappés des exploitations aquacoles représentent une menace pour la persistance et la stabilité des populations de saumons sauvages, ces impacts se produisent par l’entremise d’interactions génétiques et écologiques entre les deux types de saumons. Les interactions génétiques directes découlent du croisement entre des saumons d’élevage fugitifs et des poissons sauvages, ce qui entraîne des changements à l’échelle de la population, notamment la diminution des capacités d’adaptation locale et une perte de la valeur sélective. Cependant, la présence et l’ampleur de ces impacts génétiques sont difficiles à quantifier en pratique, en grande partie en raison de l’absence de données génétiques de référence (c.-à-d., ADN préalable aux impacts). Les activités de surveillance du saumon de l’Atlantique menées par le passé ont permis de recueillir des écailles en vue d’établir l’âge des poissons, et ces écailles archivées pourraient représenter une excellente source d’ADN préalable aux impacts. Le principal objectif de ce projet est d’étudier l’utilisation de diverses méthodes d’extraction pour optimiser les prélèvements d’ADN et d’estimer le taux de succès du génotypage à partir d’écailles de saumon de l’Atlantique archivées. L’ADN extrait sera quantifié et utilisé pour le génotypage préliminaire des microsatellites afin de démontrer l’utilité de l’approche. Le but ultime est d’effectuer des comparaisons futures d’échantillons d’ADN de saumons de l’Atlantique avant et après le développement de l’aquaculture au Canada atlantique afin de quantifier la présence et l’ampleur des impacts génétiques causés par les saumons d’élevage s’étant échappés et, ainsi, documenter directement les stratégies d’atténuation grâce à la quantification des impacts dans le temps et l’espace.

Sep. 2014 – Mar. 2015

Financement : MPO – Programme de Recherche sur la Réglementation de l’Aquaculture (MPO-PRRA)

Nom du responsable : Ian Bradbury (MPO)

Équipe du projet : Lorraine Hamilton, Patrick O’Reilly, Geoff Perry (MPO)

Contact : Ian.Bradbury@dfo-mpo.gc.ca

RÉPARTITION SPATIOTEMPORELLE ET SURVIE DE SAUMONS DE L’ATLANTIQUE D’ÉLEVAGE APRÈS LEUR RELÂCHEMENT EXPÉRIMENTAL À PARTIR DE CAGES MARINES

L’expansion de l’industrie aquacole de Terre-Neuve-et-Labrador (T.-N.-L.) et le déclin des stocks de saumons sauvages ont suscité des questions quant aux impacts possibles de l’évasion de saumons d’élevage à partir des exploitations sur les populations sauvages locales. Malgré la sensibilisation accrue de l’industrie et la mise en place d’un code de confinement, des évasions se produisent encore. Récemment, des poissons d’élevage qui s’étaient évadés en 2013 ont été capturés dans les rivières Garnish et Little (côte Sud de T.-N.-L.) ainsi que dans les eaux côtières. Il est nécessaire de mener des recherches pour mieux comprendre les risques potentiels que posent les saumons fugitifs pour les populations de saumons sauvages, car des études réalisées à l’étranger ainsi que des études portant sur des rivières canadiennes de Colombie-Britannique et du Nouveau-Brunswick ont montré que des saumons de l’Atlantique d’élevage frayaient dans les rivières. Le but de ce projet est d’établir la durée et les lieux de résidence, les routes migratoires et les taux de survie de saumons de l’Atlantique d’élevage fugitifs en surveillant les mouvements de groupes de saumoneaux, de postsaumoneaux et d’adultes après des évasions simulées à différents moments de l’année. L’établissement des routes migratoires suivies par les poissons fugitifs ainsi que les profils de résidence de ces poissons et la manière dont ces profils varient avec le moment de l’évasion (effets saisonniers) aideront à concevoir des stratégies de recapture plus efficaces.

Les connaissances acquises grâce à cette initiative permettront de mettre en place une réglementation environnementale fédérale et provinciale axée sur l’écosystème étant améliorée et basée sur des connaissances scientifiques fondées qui se traduira par l’adoption de stratégies susceptibles d’atténuer les impacts des saumons de l’Atlantique d’élevage fugitifs sur l’environnement et sur les populations de saumons sauvages.

Aoû. 2014 – Mar. 2017

Financement : MPO – Programme de Recherche sur la Réglementation de l’Aquaculture (MPO-PRRA)

Nom du responsable : Dounia Hamoutene (MPO)

Équipe du projet : Brian Dempson, Keith Clarke, Curtis Pennell, Kimberley Burt, Lynn Lush, Geoff Perry (MPO)

Contact : Dounia.Hamoutene@dfo-mpo.gc.ca

SAUMONS ET PUCES : APPLICATION COMMERCIALE DE LA GÉNOMIQUE EN VUE DE L’OPTIMISATION GÉNÉTIQUE DES SAUMONS ATLANTIQUES D’ÉLEVAGE SUR LA CÔTE EST DU CANADA

Les compagnies aquacoles ont de plus en plus recours aux technologies génomiques dans le cadre de leurs programmes d’élevage, car elles permettent de doter les stocks de poisson de caractéristiques d’intérêt, comme une meilleure croissance et une résistance aux maladies accrue. Dans le but de conserver sa position concurrentielle à l’international, Cooke Aquaculture/Kelly Cove Salmon (KCS) s’associe à Elizabeth Boulding et son équipe universitaire de l’Université de Guelph. Cette collaboration vise à intégrer les marqueurs génomiques dans le programme d’élevage actuel de Kelly Cove Salmon, et ainsi d’améliorer l’efficacité de ce dernier tout en augmentant la résistance des saumons aux maladies et parasites.

KCS vise la mise en place d’une technique génomique de pointe, les puces à ADN ou puces SNP, qui comparent les polymorphismes nucléotidiques (SNP). Associées aux méthodes traditionnelles d’élevage, cette technologie serait susceptible d’accroître notablement les taux de survie des œufs et des jeunes poissons, ainsi que les performances atteintes dans l’eau de mer. Kelly Cove s’attend également à une hausse de la qualité et des ventes de ses saumons, et à une augmentation du rendement grâce à la réduction des dépenses en vaccins et médicaments.

Avr. 2014 – Mar 2017

Financement : Génome Canada, Genome Atlantic Co-financement : CNRC – PARI

Nom du responsable : Keng Pee Ang (KCS); Elizabeth Boulding (U Guelph)

Équipe du projet : Jake Elliott, Frank Powell (KCS); Larry Schaeffer (U Guelph)

Contact : Keng.Pee.Ang@cookeaqua.com

genomeatlantic.ca/projects

EXAMEN GÉNOMIQUE PRÉALABLE RAPIDE DES SAUMONS DE L’ATLANTIQUE D’ÉLEVAGE QUI SE SONT ÉCHAPPÉS ET DES HYBRIDES GRÂCE À UNE SÉRIE DYNAMIQUE NANOFLUIDIQUE À HAUT RENDEMENT

À Terre-Neuve-et-Labrador, la culture du saumon de l’Atlantique a augmenté de manière considérable depuis la fin des années 60. Parallèlement à cela, une hausse du nombre de poissons d’élevage échappés a été constatée, augmentant ainsi les chances d’interactions génétiques entre le saumon de l’Atlantique sauvage et celui issu de l’élevage. L’évaluation des répercussions potentielles de ces poissons échappés sur les populations de saumon sauvage est difficile en raison de la complexité des souches domestiquées, y compris des souches européennes potentiellement utilisées pour améliorer la production. Dans le cadre de ce projet, nous développons un panel de marqueurs génétiques de type polymorphismes mononucléotidiques (SNP). Ces marqueurs seront utilisés pour quantifier l’impact génétique des saumons de l’Atlantique échappés des élevages sur les populations de saumon sauvage, ainsi que la fréquence et l’étendue géographique des croisements entre saumons domestiqués et saumons sauvages.

Grâce à des données génomiques existantes et à de nouvelles données générées à partir de l’analyse du génome entier, nous travaillons à l’identification d’un panel de marqueurs pouvant être utilisés pour l’analyse d’échantillons sur une plateforme de génotypage à haut rendement (c’est-à-dire une série dynamique nanofluidique Fluidigm). Cet outil d’analyse génomique quantifiera de manière rapide, précise et rentable la présence de poissons échappés, le nombre de jeunes hybrides, ainsi que l’étendue de l’introgression au sein des populations sauvages. Ce travail est une première étape dans l’identification des répercussions des interactions entre les saumons d’élevage et les saumons sauvages au Canada atlantique et dans le développement de mesures d’atténuation adéquates.

Sep. 2014 – Mar. 2014

Financement : MPO – Programme de recherche sur la réglementation de l’aquaculture (MPO – PRRA)

Nom du responsable : Ian Bradbury (MPO)

Équipe du projet : Lorraine Hamilton, Geoff Perry, Patrick O’Reilly, Dounia Hamoutene, Martha Robertson (MPO)

Collaborateurs : Elizabeth Barlow (Terre-Neuve-et-Labrador); Jon Carr (Fédération du saumon Atlantique); Ross Hinks (Première Nation Miawpukek)

Contact : Ian.Bradbury@dfo-mpo.gc.ca

DURABILITÉ DE L’ÉLEVAGE DE POISSONS : UNE APPROCHE ÉCOSYSTÉMIQUE

L’élevage de poissons et de mollusques dans l’océan est aussi important que la pêche aux fins de la production de produits comestibles de la mer. Les préoccupations en matière de gestion des maladies et des déchets, de même que les interactions avec les pêches commerciales, ont suscité des controverses au sein de l’industrie, des régulateurs gouvernementaux et des communautés riveraines. Toutefois, il existe de nombreuses améliorations écologiques possibles à mettre en place pour la culture du saumon en parcs en filets.

Cooke Aquaculture, la plus grande compagnie d’aquaculture locale d’Amérique du Nord, a collaboré avec l’Université Dalhousie, l’université des océans du Canada, dans le cadre d’un programme de recherche sur la durabilité de l’aquaculture. Le professeur Jon Grant a obtenu la présidence de la chaire de recherche industrielle Cooke/CRSNG (Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada) en aquaculture durable, avec des recherches portant notamment sur la modélisation des simulations. Cette méthode utilise des modèles informatiques et une cartographie des écosystèmes d’aquaculture pour prévoir le déplacement des maladies et des particules de déchets par les courants océaniques. Un programme de terrain reposant sur des instruments océanographiques et des échantillonnages au niveau des sites côtiers, y compris au niveau des élevages Cooke, est mis en œuvre afin de vérifier la fiabilité de ces prévisions. Plusieurs scénarios de planification sont explorés grâce à cette méthode, qui peut aider les sites d’élevage à minimiser la prolifération des maladies et l’accumulation des déchets. À l’échelle des élevages locaux, ces modèles seront utilisés pour tester la conception des filets afin d’en améliorer la sécurité, et de favoriser la santé au sein des élevages de poissons.

Ce programme permettra d’accroître considérablement la capacité de l’Université Dalhousie en matière de formation des étudiants en aquaculture, ce qui aura l’avantage d’intégrer des travailleurs compétents à l’industrie de l’aquaculture, et d’ouvrir un nouveau chapitre dans la pratique de l’élevage de poissons soucieuse de l’environnement.

Jan. 2014 – Jan. 2019

Financement : CRSNG Co-financement : Cooke Aquaculture Inc.

Nom du responsable : Jonathan Grant (Dalhousie U)

Contact : Jon.Grant@dal.ca

myweb.dal.ca/jgrant

DE MEILLEURS ALIMENTS POUR DE MEILLEURS POISSONS : PLATEFORME DE BIOMARQUEURS POUR LA MISE AU POINT DE NOURRITURE AQUACOLE COMMERCIALE

La santé des saumons d’élevage au Canada peut être menacée par des maladies infectieuses La qualité des aliments peut avoir des conséquences sur la santé des saumons et sur leur capacité à résister aux infections. Toutefois, il n’existe actuellement aucune méthode de mesure de l’impact de la nourriture au-delà des taux de croissance : si les poissons grandissent plus rapidement, on peut supposer que les aliments ont les vertus recherchées.

Ce projet vise à élaborer des outils permettant de mieux évaluer la santé des saumons en étudiant leurs gènes. Des scientifiques de l’Université Memorial de Terre-Neuve (MUN) et d’EWOS Innovation s’associeront pour concevoir une plateforme de quantification de l’expression de nombreux gènes liés à la santé et à la performance ne nécessitant qu’un seul échantillon biologique. L’équipe de scientifiques aura recours aux technologies issues de la génomique pour constater l’ampleur des effets de divers régimes sur la santé des poissons au niveau moléculaire. Les renseignements de précision ainsi obtenus permettront à EWOS Innovation d’adapter avec un maximum d’exactitude les recettes comprenant des produits non issus de la mer, comme des plantes terrestres, d’optimiser la performance des poissons et d’élaborer des aliments cliniques capables d’endiguer les maladies portant atteinte aux effectifs des saumons. Au cours du projet, EWOS Innovation, qui compte parmi les plus grands producteurs d’aliments aquacoles du monde, aura l’opportunité de commercialiser des aliments nouveaux et de haute qualité favorisant la santé des poissons.

Le projet de recherche renforcera la salmoniculture au Canada, notamment en réduisant l’incidence des maladies chez les saumons d’élevage. En sus, certains des résultats obtenus seront communiqués sous couvert de propriété intellectuelle afin de soutenir la croissance du secteur. Enfin, l’utilisation des matières premières canadienne dans la confection des aliments fera l’objet d’une attention particulière, consolidant un peu plus le marché de l’approvisionnement en aliments.

Oct. 2014 – Sep. 2017

Financement : Génome Canada; Genome Atlantic Co-financement : EWOS Innovation

Nom du responsable : Richard Taylor (EWOS Innovation); Matthew Rise (MUN)

Équipe du projet : Simon Wadsworth, Jason Mann, Adel El-Mowafi (EWOS); Christopher Parrish (MUN)

Contact : Richard.Taylor@ewos.com;
mrise@mun.ca

genomeatlantic.ca/projects

STRATÉGIE D’ALIMENTATION CYCLIQUE VISANT À RÉDUIRE LES RÉPERCUSSIONS ÉCOLOGIQUES DE LA SALMONICULTURE EN MILIEU MARIN

La croissance compensatoire, soit la croissance rapide observée lors des périodes d’alimentation suivant des périodes de privation de nourriture, a été associée à une meilleure utilisation de l’aliment (rétention de protéines) chez les poissons. Le déclenchement d’une croissance compensatoire des poissons dans des conditions de culture pourrait nécessiter une alimentation moindre pour un gain en biomasse donné, ce qui permettrait de réduire les pertes d’azote et d’autres sous-produits alimentaires dans l’environnement.

Un essai a été réalisé sur de jeunes saumons quinnat en eau de mer afin de vérifier la valeur de l’utilisation d’une stratégie d’alimentation cyclique (privation périodique de nourriture) visant à améliorer l’efficience et réduire les répercussions écologiques de l’élevage de saumons. Un aliment pour saumon d’élevage commercial a été donné à des saumons quinnat dans le cadre de différents cycles d’alimentation, notamment : alimentation quotidienne (contrôle); 5 jours d’alimentation jusqu’à satiété, 2 jours de privation; 7 jours d’alimentation, 7 jours de privation; 14 jours d’alimentation, 14 jours à demi-ration; et alimentation quotidienne à demi-ration.

Les poissons nourris quotidiennement ont présenté la croissance la plus importante, mais le gain de poids des poissons nourris dans le cycle « 5 jours d’alimentation, 2 jours de privation » représentait 89,2 % de celui des poissons nourris quotidiennement, alors que leur consommation de nourriture représentait 81,9 %. L’amélioration de l’efficience alimentaire pourrait être liée à la réduction du taux d’azote perdu dans le milieu marin sous forme d’ammoniaque dans la culture du saumon.

L’amélioration de l’utilisation de l’aliment par le saumon, du moins lorsqu’il est jeune, offre la possibilité de réduire les répercussions écologiques et d’améliorer l’efficience (coût par unité de production) de la salmoniculture. Désormais, le défi à relever grâce à de nouvelles recherches consiste à étendre, à des poissons plus grands, les effets bénéfiques de l’alimentation cyclique sur l’efficience de la production.

Avr. 2013 – Mar. 2015

Financement : MPO – Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (MPO – PCRDA)

Nom du responsable : Ian Forster (MPO)

Équipe du projet : Robert Walker, Lawrence Albright (Agrimarine); Mahmoud Rowshandeli, Biswajit Biswas (MPO)

Collaborateurs : Agrimarine

Contact : Ian.Forster@dfo-mpo.gc.ca

Programme coopératif de recherche et développement en aquaculture (PCRDA)